廷是否能进一步完成全国统一的关键。雍正五年（1727年）策妄阿拉布坦死，由其子噶尔丹策零代领其众。雍正七年（1729年），清兵分两路会攻伊犁，北路军失利，准噶尔军追入喀尔喀，蒙古郡王策凌于厄尔德尼昭（光显寺）大败准噶尔军。雍正十年（1732年），噶尔丹策零率军东下，又为策凌所败。清朝政府乃于雍正十二年（1734年）与噶尔丹策零议和。
乾隆时，准噶尔在西藏、青海、喀尔喀蒙古等地的势力，已相继被清朝政府肃清，而准部统治者之间又长期发生了内乱。乾隆二十年（1755年），清兵在西北各蒙古部落的支持下，攻占了伊犁，但策妄阿拉布坦的外甥阿睦尔撒纳降而复叛。阿睦尔撒纳要清朝允许他一人独领四部，清朝没有满足他的愿望，于是战火又起，直到乾隆二十二年（1757年），准部才全部被清兵平定。清朝统治者恨准部长期反抗，下令屠杀，统治者挑起的战争，使无辜的准部人民受到迫害。以后清军即在伊犁等地分驻将军、参赞大臣、领队大臣，巩固了对天山北路蒙古等族聚居地区的统治。原隶属于准噶尔的蒙古唐努乌梁海地，在这时也并入清王朝的版图之内。
乾隆三十五年（1770年）十二月，远居俄国伏尔加河下游的土尔扈特蒙古不堪沙俄政府的压迫，在其首领渥巴锡的带领下，历经千辛万苦，行程万余里，于翌年六月到达伊犁。土尔扈特为厄鲁特蒙古四部之一，明末时因不堪准噶尔部奴役西迁俄国。此时他们返回故土，并向乾隆皇帝献上明永乐时敕封瓦剌首领马哈木的印信。乾隆皇帝即予优厚抚恤和妥善安置。这是清朝完成统一大业中的光辉一页。
居住在天山南路的主要民族是信仰伊斯兰教的维吾尔族。维族有夙称发达的农业、畜牧业、园艺业和纺织业。这里的农奴主倚仗政治和宗教的特权，对人民进行着控制。
清朝初年，维族人民在准噶尔部的残酷统治下，生活更加痛苦，他们不仅遭受本族农奴主的剥削，还要向准噶尔提供极繁重的贡赋和徭役。准噶尔部不时在各“回城”“索子女，掠牲畜”，引起维族人民不断起来反抗。在准噶尔统治者的蹂躏下，有些人口繁盛、物产丰盈的城市，几年后就由于户口逃亡死绝，只剩下一片荒土 。
乾隆时，清兵平准部，原来被准部俘虏的维族各城的首领大、小和卓木（即布那敦与霍集占）乘机逃返“回疆”。大、小和卓木为了恢复他们过去对回疆的统治，号召各回城举兵反清，一时各部从者数十万。乾隆二十三年（1758年），清兵入回疆，大、小和卓木率兵抵抗，在库车、叶尔羌、黑水营等地连败清兵。由于大、小和卓木在各地“虐用其民，厚敛淫刑”，逐渐失掉各回城人民的支持，士卒也日益离散，于是在清军增援后的强大兵力的威胁下，终致败走国外，同行的只有“妻孥旧仆三四百人” 。乾隆二十五年（1760年），清朝政府已平服了天山南路，即在喀什噶尔等地分驻参赞大臣、领队大臣、办事大臣，而皆统属于伊犁将军，至是也巩固了对天山南路的管理。清朝在维族地区规定了较轻的赋役制度，税额仅为原来准部所取的1/20，在一定程度上减轻了维族人民的负担。
雍正时，清朝政府任命鄂尔泰为云、贵、广西三省总督，在广阔二三千里的“苗疆”（贵州地区），云南东川、乌蒙、镇雄三土司以及云南西南部与缅甸连界的各边地，大规模施行改土归流。鄂尔泰等对各少数民族的土司采取了招抚和镇压两种办法，先后招降贵州苗、瑶各族二千余寨，又缴纳广西土司的敕印和军器二万余件，并在云南设置了普洱府，以便于对西南各族的管理。
在改土归流的过程中，由于官吏的暴虐和对各族人民的掠夺屠杀，引起了不断的苗民起义。雍正十三年（1735年），台拱苗寨奋勇抗清，一直到乾隆初年才停止，清廷派兵在“苗疆”前后烧毁了苗寨1224座，屠戮苗民达1.7万余人 。
乾隆时又有大小金川的战役。大小金川在四川西北部，是藏族定居地区，“万山丛矗，中 汹溪”，土产惟青稞、荞麦，俗信喇嘛教，居民皆住石碉中。乾隆十二年（1747年），大金川土司莎罗奔势力强大，起兵攻击邻近各部落，清朝政府派张广泗率兵镇压，“久而无功”，乾隆杀张广泗。后又改用岳钟琪，莎罗奔出降，但久而复叛。乾隆三十一年（1766年），清朝政府又派阿尔泰联合九土司攻大金川，大金川反与小金川等部共抗清兵。三十六年（1771年），清兵为大小金川土司所败，乾隆杀阿尔泰。清朝集中兵力，前后耗饷达7000万，至四十一年（1776年）才把大小金川压服 。清朝于该地设美诺厅（后改懋功县）、阿尔古厅，直接由四川省统辖，四川西北部诸土司也逐渐改土归流。
改土归流的主观目的是为了对西南各族人民进行直接的管理，但也有其积极的一面，它改善了某些少数民族地区落后闭塞的面貌，有利于国内各民族间经济、文化的进一步联系，因而也多少促进了少数民族地区社会经济的发展。
乾隆时期，清朝的国内辖地除顺天府和盛京外，还包括称为本部的18行省和称为藩部的内蒙古、青海蒙古、喀尔喀蒙古、西藏、新疆等地。清王朝的疆域北至恰克图，南至海南岛、西沙群岛，西至葱岭，东至外兴安岭、库页岛，已经成为一个幅员广阔、国势强大的统一的封建国家。清王朝的建立和疆域的巩固，无论是对防止西方殖民主义者的入侵或促进国内各族人民经济、文化的联系和发展，在客观上都有积极的意义。
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