不得不狼狈地撤走。
大沽战役后，清政府并没有打算推翻《天津条约》，但是侵略者却要借题扩大侵略利益。同时，他们看到侵略计划还是要通过清政府才能实现，决定用武力压迫清政府使它成为自己更加驯顺的工具。1860年，英法联合组织更庞大的侵略军，北上进攻。英法统帅事先都奉有两国政府的指示，即如果清帝从北京逃走，中国的无政府状态将有利于太平军及各地人民起义的发展，而对英、法不利，所以必须注意维持清政府。侵略军先占据了舟山、烟台、旅顺等地，继于8月攻陷大沽、天津。9月下旬，侵略军攻至北京城外。咸丰帝仓皇逃往热河，留其弟恭亲王奕诉在北京谈判。侵略军在北京进行了极其野蛮的抢劫破坏，北京西北郊宏伟壮丽，被誉为“万园之园”的清帝离宫圆明园经过焚劫后，变为废墟。
由奕诉出面和英法侵略者签订的《北京条约》，除了全部承认《天津条约》的内容外，还增加了若干新的条款。这两批条约的主要内容综合起来如下：1．外国公使驻北京，这在当时是侵略者控制清中央政权的一个重要手段。2．开放新口岸，包括沿海的天津（《北京条约》）、牛庄（后来在营口设埠）、登州（烟台）、台湾（台南）、淡水、潮州（汕头）、琼州和沿长江的镇江、南京、九江、汉口共11个口岸。3．允许外国教士深入内地传教，外国教士从此可以借传教名义在各地进行不法活动，并且霸占田地，广置产业。4．外人参与海关行政。5．修改税则，形成世界少有的低税率。6．允许鸦片公开进口。7．赔款给英、法各800万两（《北京条约》）。8．割“九龙司地方一区”给英国。
俄国东西伯利亚总督穆拉维夫于1858年5月28日用武力胁迫黑龙江将军奕山签订《瑷珲条约》，将黑龙江以北大块土地割给俄国。1860年11月14日，俄国借口“调停有功”，又强迫清政府签订《中俄北京条约》，将乌苏里江以东的大片土地也割给俄国。西北地区，除1851年开放的伊犁、塔城两处外，加开喀什噶尔一处通商。
《天津条约》和《北京条约》使中国丧失了大片的领土和大量的主权，中国的半殖民化程度从此迅速加深。通过第二次鸦片战争，外国侵略者一方面打击了对他们还存有疑惧而不够顺从的清政府，但是更重要的是把濒于崩溃的清政府扶植起来，通过它来控制中国，并且直接帮助它来绞杀中国农民革命。
英法联军占据北京期间，留京贵族大臣如奕诉、文祥等，表现了与外国侵略者较为合作的态度。咸丰帝及在其身边掌握大权的怡亲王载垣、郑亲王端华和协办大学士户部尚书肃顺等人，却仍对列强抱疑惧态度。他们事实上把政治中枢移到热河。奕诉等一再请咸丰“回銮”，咸丰批示：“设使朕率意回銮，夷人又来挟制，朕必将去而复返。”咸丰十一年七月（1861年8月），咸丰帝死在热河，继位的载淳只有五岁。他的生母那拉氏（即慈禧太后或称西太后） 和奕 共同定计，于当年九月（1861年11月）回到北京时发动政变。咸丰帝临死时指定的八个“顾命大臣”中，载垣、端华、肃顺三人被杀或迫令自尽，其他五人被革职。政变后改元同治（1862—1874年），那拉氏和咸丰帝的皇后钮祜禄氏（慈安太后）一同垂帘听政，实权操于那拉氏之手，这样开始了她将近半个世纪的统治（自1861年迄1908年去世，共47年）。奕诉以议政王名义掌握军机处，兼领新设立的总理各国事务衙门 。这次宫廷政变使英国所培植的势力占了上风，英国资产阶级把政变当作自己的胜利。英国公使卜鲁斯报告英国外交部说：“这次危机之决定转向有利于我们在华利益的方向，实受我们所执行的路线的极大影响。”
太平天国领导集团的内部分裂，使革命力量受到严重的损失，从这时起，军事上便由原来的胜利进攻转为被动局面。1856年12月，武昌第三次失守，湘军从上游步步下逼。1858年4月，九江也被湘军攻陷。在天京周围，清军江南大营从1857年6月起加强围攻。这样，在1858年，太平天国所控制的地区已经很狭小了。敌方曾国藩等甚至估计在1858年6、7月即可攻下天京。但是，当时全国各地的抗清斗争还在发展，清朝统治下的湖北、江西等处人民也纷纷起义，要求加入太平天国队伍。杰出的青年将领李秀成 和陈玉成 ，领导部队奋力战斗，挽转了危急的局面。
李秀成和陈玉成都是贫雇农出身，在革命队伍中经过长期锻炼成为优秀的军事统帅。他们密切合作，于1858年9月击溃清军在浦口一带的江北大营，又于11月在庐州（合肥）三河镇歼灭湘军主力之一李续宾部。这两个战役的胜利，解除了天京的围困和安徽的危急，起了稳定战局的重大作用。
洪秀全的族弟洪仁玕 于1859年从香港来到天京，受封为干王，得到天王重用。他在香港和外国传教士的接触中，接受若干资本主义的思想影响，到天京后，就提出《资政新篇》，主张仿效西方，兴办工厂、矿山、铁路、银行、报馆等等。这种主张在当时是很先进的。洪秀全对这些建议大都批示为“可行”，但太平天国缺乏实现这些措施的具体条件，因而这些建议实际是被搁置了。当时天王信用亲属而疏忌主要将领。洪仁玕是洪氏诸王中比较有作为的一人，但和陈玉成、李秀成等将领不能和衷共济。上下内外不能通气，使太平天国后期政治日趋于衰败。
1859年底，清朝将领和春、张国梁统领的江南大营，以密营深壕层层围困天京。1860年初，李秀成轻骑入京，力请出外谋救应，定计以奇兵奔袭杭州，吸引江南大营分兵往救，再回师破江南大营。他带部队六七千人直趋杭州，于3月19日破城而入。江南大营果然分出主力由张玉良统带驰救杭州。李秀成迅速退军，与陈玉成、杨辅清、刘官芳、李世贤等军分路合攻清江南大营。5月初，在南京东南的雄黄镇（即淳化镇）大会战中，清军前后不相救应，江南大营望风溃退。张国梁在丹阳战死，和春逃至苏州浒墅关自缢。李秀成进军迅速攻下常州、无锡、苏州、嘉兴。苏南除上海一隅，全入太平军掌握，形势为之一振。
李秀成率军从苏、常东下，引起以上海租界为侵华基地的外国侵略者的恐慌。1860年夏，英法联军还在北方和清军作战，在上海的外国侵略势力已和江浙官吏地主勾结，由美国人华尔（T.Ward）招募外国雇佣兵组成“洋枪队”，企图阻挡太平军，但他们两次被李秀成打败。在上海的英、法军队公然直接和太平军作战。1861年春，陈玉成和李秀成从长江两岸进攻武汉，求解安庆之围，英国侵略者又出面干涉阻挡。太平军未能攻取武汉，反而于9月间失了安庆。太平天国在上游的重镇至此全失。
安徽军事挫败期间，李秀成正在攻取浙江。1861年底，太平军再克杭州，清巡抚王有龄自杀。苏南和浙江成为太平天国最后两三年中的重要根据地。
苏浙一带农村阶级矛盾尖锐，地主阶级势力大，农民也有长期斗争的传统。太平军东下得到贫苦农民的热烈欢迎。在江苏常熟，原被“逼捐勒缴[租税]之户，皆有奚为后我之说” 。在浙江余姚，1861年11月，原先（1858年）由进行减租斗争的佃农们组织的“十八局”，为太平军何文庆部领路攻城 。另一方面，苏、浙地主团练武装也作顽强的反抗，一时不易肃清。清督办团练大臣庞锺璐所率常熟城乡团练顽抗了三个多月。浙江湖州举人赵景贤率领团练据城困守直到1862年6月，前后历时及两年。1860年夏，无锡“各乡团练名白头局者蜂起”，其中有靠近苏州的荡口镇华翼纶局和靠近江阴的河塘桥镇杨宗濂局，号称最强 。浙江诸暨包立身纠集一二万人盘踞包村半年多，十分凶悍。太平军对这些反动武装采取严厉镇压手段，但也往往满足于招抚或约和，使恶势力得以保存下来，伺机蠢动。特别是在苏州附近的永昌徐氏和周庄费氏，都一面假意敷衍太平军，一面和清方官吏暗通声气，并指派爪牙混入太平军，窃据乡官职位，鱼肉人民。太平军没收了大官僚、富豪的财产，如常熟地区“翁、庞、杨、王诸宦 田尽入公”。对于一般土地，太平军继续执行与前期相同的办法，即承认土地私有，但责令地主报明土地数量，领取田凭。也允许地主收租，但租额一般加以规定或限制。在苏南地区，阶级关系复杂，乡官成分不纯。不少地主抗拒不肯登记领凭，甚至设立租息局强迫抗租、欠租的农民缴纳地租，并且怂恿某些乡官出面劝说。有些被阶级异己分子把持的地方政权甚至替地主撑腰。但正如当时目击情况者所记的，在常熟南乡，虽然有告示禁止农民“霸租、抗粮”，“犯者处斩”，但“其所统官员，又任佃农滋事，与示正大相反” 。1861年春，无锡的乡官派书吏依照旧额按户收租，城中地主在四城门外设立“总仓厅”责令佃户完粮。这引起佃农的暴动，“总仓厅”都被拆毁，结果地主们到乡都只能收到半租 。
清政府在1860年江南大营溃败后就任命曾国藩为两江总督，到1861年底，清政府又任命曾国藩统辖苏、皖、赣、浙四省军务。曾国藩设指挥所于安庆，派曾国荃 率湘军主力由上游进攻天京，派左宗棠 率另一部湘军从江西进入浙江，派李鸿章 纠合安徽地主武装组成“淮军”，由英国轮船运到上海，俟机进攻苏常。李鸿章到上海后，和英、美、法侵略者合作，发展淮军势力。
1862年，淮军、英、法军队和“洋枪队”（经一再扩编，由清政府下令改称“常胜军”）联合进攻嘉定、青浦、太仓等地。李秀成从太仓指挥部队出击，连战皆捷，打得“洋人敛兵不动”。浙江方面太平军也对侵略者作猛烈抵抗，在宁波阻击英、法军队的进攻，在慈溪击伤“常胜军”头子美国人华尔（次日毙命）。正当李秀成欲攻上海时，长江上游告急，庐州失陷，陈玉成在寿州被叛徒诱执送至清军中，于1862年6月壮烈就义。曾国荃部进围天京，洪秀全一日三诏促李秀成回援。10月和11月之间，李秀成在天京外围苦战四十余天，未能攻破敌人营垒。
1863年3月，在李鸿章和英国侵略者官方商量之后，由英国军官戈登统领“常胜军”，并以洋枪洋炮武装淮军。从5月起，淮军就和英国侵略者联合反扑，相继攻陷太仓、昆山、吴江，进犯苏州。浙江方面，左宗棠在年初攻陷浙西的严州；法国侵略者组成洋枪队（自称“常捷军”）在3月间攻陷绍兴。接着，他们又联合攻陷富阳，窥取杭州。
太平天国革命已处在危急关头。混入革命队伍的阶级敌人和动摇分子不断发动叛变。1863年1月，常熟守将骆国忠献城叛投淮军，使敌人势力深入苏福省的中心地区。12月，叛徒郜云宽等刺杀守苏州的主帅谭绍光降敌。同月，熊万荃等也在浙江海盐、平湖、海宁、乍浦、嘉善叛变。天京长期被围，洪秀全已经丧失初期的革命进取精神，只是一味迷信靠天，丝毫不作筹划。李秀成建议“让城别走”，冲出天京另图发展。但洪秀全只想困守，拒绝此议。天京军民在粮困援绝的艰苦条件下，顽强战斗。1864年6月，洪秀全因病不肯服药而死 ，幼天王洪天贵福继位。7月19日，天京陷落。李秀成突围，在近郊被俘，他写了数万言的自述后被杀。洪天贵福后来也被俘，死在江西。
太平天国农民战争虽然以失败而结束，但它以暴风骤雨之势，席卷了大半个中国，并且在南京建立了自己的政权，和清政府南北对峙达十余年之久。这场中国历史上规模最大的农民战争猛烈地冲击了封建统治，坚决地抗击了外国的武装侵略，用血和火在中国近代史上写出了壮烈的一章。
从英国伦敦和利物浦两港输华的：
（根据《英国蓝皮书》,1847年，对华商务关系小组委员会报告书，第145、147页。）
1840年3月18日，英国商人麦克维卡（J. Mac Vicar）致外交大臣巴麦尊信说，1838年棉纱输华值超过20万英镑，棉织品达50万英镑，共70万英镑。但1838年数字特高，前后几年都不到70万英镑。
马士：《中华帝国对外关系史》（中译本）卷一，第239页。马士的统计不包括美国人运卖的土耳其鸦片。
马克思《鸦片贸易史》，见《马克思恩格斯全集》卷十二，第588页。
黄爵滋，字德成，号树斋（1793—1853年），江西宜黄人。
林则徐，字元抚，又字少穆，晚年署埃村老人（1785—1850年），福建侯官人。
邓廷桢，字维周，号嶰筠（1776—1846年），江苏江宁人。
关天培，字仲因，号滋圃（1780—1841年），江苏淮安府山阳县人。
裕谦，字衣谷，
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