免罪行，因为四方的亡命之徒都逃窜、藏匿在该地区，倚仗杨应龙的反叛从中取利，因此，对朝廷官府过往的驿卒和文书，总是设置障碍阻拦。邢..便传文给重庆知府王士琦，让他到綦江催促杨应龙到安稳听候审讯。杨应龙派其弟弟杨兆龙到安稳，建好馆舍，储备好干粮，到郊外叩头迎接王士琦，按礼仪隆重地向他敬献猪牛羊等礼物，并说：“杨应龙已将下面的罪魁祸首绑缚起来，在松坎等待判罪。杨应龙之所以不敢到安稳来，就是害怕坠入安稳的仇人所设下的无法预测的灾祸之中。请求阁下到松坎去接受杨应龙的认罪。”王士琦说“：松坎以往也是上奏勘查之地。”便一个人骑马前往。杨应龙果然双手反绑着立于道旁，见到王士琦后哭着请求免己死罪，情愿帮朝廷收执其他罪人，献上罚金，让自己享受安国亨的境遇。安国亨，也是以往遭到攻讦，因对自己的罪行感到害怕而不出自己的地界的人，所以杨应龙引用他的例子来比照自己。王士琦为此向邢..请示，邢..答应了杨应龙，杨应龙便将黄元等十二人绑缚起来献给官府。官府验明以后，将黄元等人抵杨应龙的死罪，判杨应龙输送四万金子帮助采伐树木以赎自己的罪，革去杨应龙的官职，让他的儿子杨朝栋代理他的职务，他的次子杨可栋留在官府追赎其父的罪行，黄元等人在重庆闹市被斩首，总督将此事处理结果上报朝廷。此时倭寇还没有消灭干净，兵部想对杨应龙缓一手以专事东方的倭寇；朝廷也因为杨应龙以往积有功劳，就同意了总督的处理结果，在松坎设置同知来治理该地，任命王士琦为川东兵备副使，负责弹压、治理该地区的事务。
杨应龙获宽大处理后，对所犯的罪行更不思悔改。不久，杨可栋在重庆去世，杨应龙就更加痛恨官府。他敦促官府将其儿子的尸体送回来归葬，没有结果。官府传文书给他，要他交完赎罪的金钱，他大言不惭地说：“我的儿子能活过来，银子就送到。”他带兵驱赶一千多僧人替他儿子招魂；分别派遣土目据守关隘。他还以优厚待遇招抚各地苗人，将苗人中的健壮者称为硬手；播州百姓中家底稍殷厚些的，财产都被他没收以供养苗族人。苗族人全都愿意出死力为他效劳。
二十四年(1596)，杨应龙带兵残害了余庆，抢劫了大阡、都坝地区，对草塘、余庆二个司和兴隆、都匀各卫所实行焚烧抢劫，还派其同党包围黄平，杀戮了重安长官全家，其势又大为旺盛。二十五年，流动抢劫了江津和南川，兵临合江索讨他的仇人袁子升，将袁子升用绳缒到城墙下车裂而死。此时，兵备王士琦被调派去征讨倭寇，杨应龙便统领苗兵大肆劫掠贵州洪头、高坪、新村等屯。之后，又侵犯湖广的四十八个屯，阻塞驿站交通。他还刺探原先上奏要求惩罚他的仇人宋世臣和罗承恩的下落，知道他们带着家属隐藏在偏桥卫，便攻破该地，在城中大肆搜索，杀戮他们的父母，奸淫他们的妻子女儿，其行为非常悲惨残酷。
二十七年(1599)，贵州巡抚江东之命令都司杨国柱带领三千士兵进剿杨应龙，争夺三百落。贼人假装败北，将官军诱入三百落全部歼灭，杨国柱等人全部战死。江东之为此被罢官，以郭子章代理江东之的职务，起用李化龙节制四川、湖广、贵州等地的军事，调拨东征的刘纟廷、麻贵、陈瞞、董一元等将领南征。此时杨应龙乘大军还未集结，带兵进犯綦江。綦江城内新招募的士兵还不满三千人，贼兵八万人掩杀过来时，游击张良贤带兵与杨应龙展开巷战，结果战死，綦江陷落。杨应龙尽杀城中百姓，把尸体投入江中后把江面都盖满了，江水也全被血水染红。杨应龙还勾结九股地区没有汉化的苗人和黑脚苗人协助自己，屯兵官坝，声称要伺机进攻四川。不久，他又带人焚烧了东坡、烂桥、湖南、贵州等地的路标。
二十八年(1600)，杨应龙率兵五路齐发，攻破龙泉司。此时总督李化龙已移驻到重庆，所征调的军队也已集结，便在二月十二日誓师，分八路进军。这八路军队中，每一路约有三万人，其中朝廷所调拨的官兵占三成，土司地区征调的土兵占七成，旗鼓甲仗森严壁垒而列，苗人大为惊慌。总兵刘纟廷攻破其前锋，杨朝栋只身逃脱，贼人为此丧胆落魄。于是官军便连续攻克桑木、乌江、河渡三个关隘，夺取了天都、三百落等地的粮囤。贼人遭受连续失败后，乘间隙突然进犯乌江，诈称官军在水西的陇澄会师，诱骗永顺的土兵进入该地后，突然斩断桥梁，淹死将士无数。不久刘纟廷攻破九盘，进入娄山关。娄山关是贼人的前门，关上万峰耸天，中间只有一条小路可通。刘纟廷从山间小道上攀藤而上，破除栅栏，攻陷了娄山关。四月初一，官军屯驻在白石，杨应龙率领各地苗兵与官军决一死战。刘纟廷亲自勒马冲击杨应龙的中坚苗兵，又派兵从两翼夹击，将杨应龙打败，追击到养马城，又连续攻破龙爪、海云等险要的村屯，直逼海龙囤。这些都是贼人所倚仗的天险，所谓飞鸟和猿猴都过不去的地方。此时，偏、沅两地的官军已攻破青蛇囤，安疆臣也夺取了落氵蒙关，到达大水田，焚烧了桃溪庄。贼人见形势危急，父子相互抱头痛哭，上囤死守并给每路官军递投降书，以缓官军进兵的速度。总兵吴广进入崖门关，扎营在水牛塘，与贼人力战三天，打退了敌人。贼人施诡计，让一个女人在囤上拜表痛哭，边哭边说“：田氏向官军投降。”又诈称杨应龙已仰头喝药而死，将此报告给吴广。吴广轻信此言，按兵不动。不久，吴广发现了贼人的诈计，用兵猛攻，焚烧了二个关隘，夺取了贼人砍柴汲水的道路。八路大军集结到海龙囤，筑起了长长的包围圈，轮番向贼人发动攻击，贼人知道此次必死无疑。碰上李化龙的父亲新近逝世，皇帝下诏让他在军中带孝作战。李化龙认为贼人所居的前囤地势太险无法逾越，命令马孔英率领劲兵猛攻后囤。天气老是下雨，将士们在泥淖中苦战。六月四日，天气忽然晴朗，刘纟廷身先士卒，攻克土城。杨应龙感觉更加紧迫，散发金子招募死士为他抗拒官军，没人响应。杨应龙起身，提着刀到堡垒上巡视，看见四面火光冲天，大批官军已登上囤，攻破土城杀了进来。杨应龙便仓皇地同二个爱妾一起在室内自缢，并引火自焚。吴广抓获了杨应龙的儿子杨朝栋，急忙寻找到杨应龙的尸体，冲出火焰。贼人的叛乱终于平息。
从出师到消灭贼人历时一百一十四天，八路大军共斩敌人首级二万多个，活捉杨朝栋等一百多人。李化龙将此大捷公开上报，将俘虏献到朝廷，用锉磋磨杨应龙的尸体，将杨朝栋、杨兆龙等人在闹市车裂。播州从唐朝归入杨氏，传了二十九代，达八百多年之久，到杨应龙手上终于灭亡。
三十一年(1603)，播州残余的逆贼吴洪、卢文秀等人又发生叛乱，总兵李应祥等人带兵讨伐平定了他们。朝廷于是便将播州一分为二：属四川的部分称为遵义府；属贵州的这一部分称为平越府。
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