马文升，字负图，钧州人。相貌奇异很有气力。景泰二年(1451)，考中进士，授御史职。历任山西、湖广巡按。业绩显著。返回京师负责各道的奏章。母丧期满后越级升为福建按察使。成化初年，被召为南京大理卿，后因父丧返乡。
满四之乱，陕西巡抚陈价被捕受审，朝廷起用在家服丧的马文升为右副都御史代替陈价。他急驰到军中，与总督项忠平定满四叛乱。事迹记载在《项忠传》里。按功升为左副都御史，依旧巡抚陕西。文升多次上奏条列对国家有益之事，致力于选将练兵，在从安边营到铁鞭城修筑烽火台，铲除强贼。对西固不服从命令的番族全消灭之。治理茶政，换番马八千多匹，以供应士兵使用。救济巩昌、临洮饥民，安抚流民，业绩突出。当时，孛罗忽、满都鲁、..加思兰年年侵犯边境。文升在韦州驻兵，而在诸堡设下埋伏，终于在黑水口打败入侵之寇，斩首二百，为其岭取名为“得胜坡”，刻石记功而还。文升立了很多军功，向朝廷上奏报捷却从不夸张，朝中亦无人为其直言叙论。因此得到赏赐不多。到九年(1473)冬，总制王越因为大捷向朝廷奏报，文升也派儿子马..报功。廷臣经调查核准马文升奏报不真实，罚文升停发三个月的俸禄。
十一年(1475)春，马文升代替王越总制三边军务，不久任兵部右侍郎职。第二年八月，整顿辽东军务。巡抚陈钺贪婪凶暴，将士稍有小过总是罚其交纳马匹，由此马价猛涨。文升上奏安定边防十五件事，因而请禁止罚马，陈钺为此对文升怀恨在心。文升回到兵部转左侍郎。十四年春，陈钺由于滥杀、冒功引起激变，宦官汪直想自己去平定之。宪宗命令司礼太监怀恩等七人到内阁会同兵部商议。怀恩想派大臣前去安抚，以阻止汪直前往。文升立刻答应道“：好。”怀恩回复宪宗，宪宗即命文升前往。汪直不高兴，要自己的家臣王英一起去，文升谢绝了。疾驰到镇，宣读圣谕抚慰众人，无人不听安抚。又请求对以前因平定也先之乱失去授官、玺书的十几人，授以官职。事情平定后，汪直想夺其功劳，向宪宗请求后带王英驰至开原，再下令招抚。文升就把功劳归于汪直，然而汪直内心有愧。文升又与汪直行对等之礼，视其左右为奴，汪直更加不高兴。而陈钺更加巴结汪直，得到汪直欢心，日夜诬陷文升，意欲打击中伤文升而找不到机会发作。文升回来，赐牛羊猪三牲。第二年春，因为辽东屡次失事，宪宗派汪直同定西侯蒋琬、尚书林聪等去巡视。时逢余子俊弹劾陈钺，陈钺怀疑是马文升的意图，更加紧排挤文升。汪直奏告文升行事乖僻，禁止边人买卖农具，致使边人叛乱。宪宗就将文升捕入诏狱，贬去戍守重庆卫。汪直已经排挤掉马文升，则与陈钺大肆发兵冒取战功，陈钺由此骤升至尚书。
十九年(1483)，汪直垮台，马文升恢复官职。第二年被起用为左副都御史巡抚辽东。文升是第三次到辽东，辽东军民听说他要来了都欢欣鼓舞。文升来后进一步约束宦官，总兵不得随意克扣，人们更加高兴。
二十一年(1485)，马文升晋职为右都御史，总督漕运。淮安、徐州、和州发生饥荒，文升从江南调去十万石粮食、盐价银五万两救济。这年冬天，召为兵部尚书。第二年，被李孜省诬陷，调到南京。
孝宗即位，授马文升左都御史职。弘治元年(1488)，上言道：“宪宗朝，岳镇、海渎诸神庙，采用方士的话放置石匣子，周围环绕符..，贮存金书道经、金银钱、宝石以及五谷作为压邪物，应该销毁。”意见被接纳。他又上言十五件事，经过讨论后全都付诸实行。孝宗仿古天子亲耕籍田，教坊进献杂剧。文升严肃地说：“新任天子应当知道农事的艰难，演戏是什么意思？”孝宗立即赶走教坊人员。御史徐瑁、贺霖因没顺从皇帝的旨意被下狱。文升说天子初政不宜立即惩罚言官，徐、贺被释放。不久孝宗命文升提督十二团营。
第二年，代余子俊为兵部尚书，仍督团营。当时天下持久太平、兵政荒废松弛、西北部落少数民族时时伺机入侵。文升严格考查将校，贬退三十余个贪婪懦弱的军官，奸人对他十分怨恨，夜间持弓伺其门旁，有的写谤书射入东长安门内。孝宗知道了，诏锦衣卫缉捕，给文升二十二个骑士，保卫他进出。文升请求退休，孝宗下诏慰留不许。
小王子率数万骑兵在大同塞下游牧，气势汹汹。文升因病休假，孝宗派宦官带太医去探视，借此问计。文升说小王子被别的部落才打败不久，没有什么作为，请暗地做些防备，而在外则虚张声势地威慑之，那么小王子必定会离去。按计实行，果然如此。文升的继母去世，孝宗下诏起用他，文升二次上疏推辞，都得不到允准。西北别部野乜克力的首领分别称为亦刺思王、满哥王、亦刺因王，他们各遣使到肃州边界，请求进贡并且开互市贸易。巡抚许进、总兵刘宁代其请求，文升说互市可以，入贡不行。入贡之请就推辞了。
吐鲁番袭击占领了陕巴，而命令牙兰据守哈密，僭称可汗，入侵沙州，迫使罕东诸部依附自己。马文升说此寇凶暴乖戾，不给他重创就不知道害怕，宜用汉代陈汤旧例袭斩之。了解到指挥杨翥熟悉番情，召杨询问对付的办法。杨
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