林俊，字待用，福建莆田人。成化十四年(1478)进士。初任刑部主事，升任员外郎。他为人耿直，不随俗浮沉，凡是牵涉到权贵人物，尚书林聪就交给林俊办理。一次他上书请把妖僧继晓斩首，并把权宦梁芳问罪，宪宗大为恼火，把他打入诏狱中拷讯。后府经历张黹攵搭救他，也被关了进去。太监怀恩极力营救他们，林俊才被贬为姚州判官了事，张黹攵贬为师宗知州。当时朝廷中言路久已隔绝，他们两个这下可说是名震京城，人们为他们编了一句话，说是“御史在刑曹，黄门出后府”。不久因为正月初一发生星变，宪宗省悟过来，就恢复了林俊的官职，改派他到南京去了。
弘治元年(1488)，林俊因人推荐升任云南副使。鹤庆玄化寺据说是有活佛，逢年过节这里聚集了上万名男女，争着用钱往佛面上涂贴。林俊下令烧了这尊佛像，所得的捐款用来帮助穷苦百姓偿还拖欠的款项。后来他又拆毁了三百六十处滥建的祠堂庙宇，木料都撤下来修筑学宫。千崖地方的土著人刀怕愈想夺走侄儿的宣抚官，把他的大印劫去几年不还。林俊传令过去警告他，刀怕愈这才归还了侄儿的大印。后来，林俊又升任按察使，五年调到湖广去了。在这期间他因为雨雪灾异上书评议时政的得失、利弊，又说德安、安陆修建王府以及增修吉王府都工程浩大，耗费亿万钱财，百姓受不了这样的征派。所以他奏请按照宁王、襄王、德王府的旧例来办，一切都务必减省，不必使用琉璃砖瓦和白玉雕栏，并请将此订为律例。孝宗没有听从。
九年，他上书称病引退，没等批复就径自回去了。很久之后，因人推荐朝廷起用他为广东右布政使，他不接受任命；又起用他为南京佥都御史，总管操江事宜。十四年(1478)正月初一，陕西、山西地震水涌，林俊借此上书讲述自古以来宫闱、外戚、太监、权臣的祸患，并且请求孝宗停止设坛求福，减少织造供应，清理役满官员，停止工程建设，削减内府供应，节制各种赏赐，戒除游佚享乐，疏远邪佞小人，亲近贤良之人。又请求预先教育太子，进而荐举侍郎谢铎，少卿储馞、杨廉，已退休的副使曹时中，处士刘闵，说他们可以做太子的辅导官。孝宗回答说知道了。过后，林俊又屡次上书请求退休，推荐时中来接替自己，孝宗不答应。江西新昌的一个百姓王武率领一帮人做了贼盗，巡抚韩邦问不能扫除他，朝廷传令林俊前往巡视。林俊亲自走入王武的巢穴之中，王武便请为他效命，林俊把所有的贼党都给擒拿了。孝宗发布诏书就让林俊取代邦问，林俊援引朱熹代唐仲友、包拯代宋祁的往事竭力推辞。孝宗不答应他的推辞。于是林俊改定政纲，使各种政务从此焕然一新。王府征收岁禄，大都向百姓多增收一倍，因为林俊说了话才大大削减了数额。宁王宸濠贪婪、横暴，林俊却屡次抑制他。宁王请把王府改为琉璃瓦，约费银两万两。林俊说应该保持原样，不要犯上像叔段请求京边肥地、吴王所得几杖的赏赐那样的不吉利。宁王恼了，一心想找他的茬子，却没抓到他什么把柄。后来碰到皇上生日，林俊却巡查自己的部属，就上书弹劾他，林俊因此被扣发了三个月的俸禄。不久他母亲去世，他就归乡守丧去了。
武宗继位后，言官纷纷荐举林俊，江西人在朝中做官的也联名上书请让林俊恢复原职。于是武宗提升他为右副都御史，再次让他去巡抚江西，但碰上他父亲去世，他在家守丧，没能上任。正德四年(1509)，武宗起用他巡抚四川。眉州人刘烈发起叛乱，失败后逃走了，一帮不得志的人们假托他的名字四出剽掠。林俊张榜绘像缉捕，没能抓到。恰好这时保宁的反贼蓝廷瑞、鄢本恕、廖惠等跟着闹起来，气势更加猖狂，从保宁转攻巴州。林俊在华垄突然撞上了他们，就乘坐一顶轿子独自到他们营前，给他们讲解利害关系，反贼听后就围着他下拜，愿意约定时间投降。后因为大雨连绵误了约定日期，他们就又叛走，打下了通江。林俊在龙滩河打败了他们，又派遣知府张敏等人追击，在门镇子打败他们，捉住了廖惠。蓝廷瑞逃奔到陕西西乡，越过汉中三十六盘，到达大巴山。官军追上去，又把他打得大败。然后林俊移兵攻击泸州反贼曹甫，同时派人前往招安。曹甫佯装着听他们的命令，却让他的弟弟曹..一如既往地抢劫。指挥李荫斩下了曹..的人头，反贼就转移到江津，分兵七营，打算攻打重庆。林俊征调酉阳、播州的士兵增援李荫，在五年元旦那天发起围攻，打下了敌人四个兵营，活着的贼人逃入百姓家里，官军把他们全给烧死了。然后官军乘胜攻打反贼的老营，指挥汪洋等中埋伏死掉了。李荫继续进兵，在离贼营十五里的地方，曹甫带着几十个骑兵出来，碰上李荫的部队，就败逃回去。官军乘胜进兵围困敌营，俘虏及烧死的盗贼有两千多人。后来，本恕、廷瑞被永顺的土著百姓彭世麟捉住。林俊论功升任右都御史。曹甫的余党方四逃到思南后又攻占南川、綦江，窥视泸州。林俊又多调了一些士兵，派副使何珊、李钺等把他们打得败逃而去。捷报传给朝廷后，武宗用加盖玉玺的诏书奖励了林俊。
林俊在部队里，与总督洪钟议事往往意见不一。一些太监的子弟要跟着冒认军功，林俊总是不许这样
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