皇帝颇为感动。王锡爵于是奏请皇帝多召见大臣面叙，保护圣体。退出后又上奏极力请求，并且劝谏：“外廷认为贵妃利用皇帝的宠爱而居心叵测，这种归罪皇贵妃的说法恐怕令郑氏全族不得安心。希望陛下深思。”皇帝得到奏疏，更加动心，手书诏令告谕王锡爵：“卿每次上奏都提及皇贵妃，为什么？他们屡次劝告我，我知道祖训，后妃不得参与宫外事，怎么敢就依从？”王锡爵上奏称：“现在与皇长子相伴的人，只有皇贵妃的儿子，天下人不怀疑皇贵妃而怀疑谁呢？皇贵妃不引以自责而责备谁？祖训不参与宫外事，是不参与外廷的用人行政之事。就像册立，是陛下的家事，而皇三子又是皇贵妃的亲儿子，陛下该不会与皇贵妃谋划吧？而且皇贵妃长期侍奉圣体，至亲爱贤惠，外廷议论纷纷，没有不归怨她的，我不忍心听说。我一个六十岁的老人，极力辩驳天下人之口，归功于皇贵妃，陛下尚且有疑虑。然而必定像众少年盛气攻击皇贵妃，而陛下反倒心情愉快吗？”奏疏呈入，皇帝点头称是。赵志皋、张位也极力请求。过了几天，于是有了皇子出阁学习的命令。而且皇帝下令广购珠玉珍宝，供作出阁礼仪之物，计值为三十多万两。户部尚书杨俊民等人拿先制进行争辩，给事中王德完等人又极力劝谏。皇帝就亲手写诏书告谕王锡爵，想改变时间。王锡爵婉言奏请，才没有真的改期。第二年二月，皇子出阁的礼仪完成，一切都如同东宫的礼仪，朝廷内外为此感到安慰。
王锡爵在内阁的时候，曾经请求罢除江南的织造，停止江西的陶器贡奉，减少云南的贡金，拨出内府的钱财赈济河南的饥荒。皇帝都没有反对，宠爱之情超过前后的诸位辅臣。他营救李沂，极力争辩不应该施行廷杖，尤其受世人称道。只因为阿谀二王并封之旨意被众人议论。不久，郎中赵南星遭贬斥，侍郎赵用贤放逐回乡，上疏救助的人都遭谴责或贬职，众人都认为是王锡爵所为。虽然他接连上奏自我表白并援救众人，人们最终不能谅解他。于是王锡爵屡次上奏称病请求退休。皇帝不想他离去，为他拨出内库的钱修建斋戒之所，祷祈他痊愈。王锡爵极力推辞，八次上奏皇帝才同意。先已累次加封太子太保，至此命令他改任吏部尚书，进入建极殿，赏赐他路费，乘坐驿车，由行人护送回乡。回乡七年，册立太子，皇帝派遣官员带着敕令向他问候，赏赐他银币、羊、酒。
万历三十五年(1607)，朝廷推举内阁大臣。皇帝已经任用了于慎行、叶向高、李廷机，还想念王锡爵，特意加封他为少保，派遣官员去召唤他。他多次推辞，皇帝不同意。当时，言官锋芒正盛，王锡爵秘密上奏竭立诋毁，其中有“皇上对奏章一概留在宫中，特别鄙夷它们，称之为禽鸟的声音”等话语。言官听说这些后大为愤恨。给事中毅然最先弹劾他，同官胡嘉栋等人也议论不已。王锡爵也自己关门自养，最终推辞而不赴京。又过了三年，他在家中去世，享年七十七岁。赠封为太保，谥号文肃。
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