察看陛下的错误，而是暗暗地回避，陛下由此得到什么好处。
“陛下如果能确实知晓斋祭无益，一旦翻然悔悟，天天到正朝，与宰相、侍从、言官商讨天下的利害，清洗数十年累积的过失，置身于尧、舜、禹、汤、文、武圣贤之中，使大臣们自己也洗刷数十年阿谀君王的羞耻，置身于皋、夔、伊、傅的行列，何患天下不能治理好，何患万事不被梳理顺。这只是陛下振作一下的事。放弃它不做，热衷于轻举度世，伤精劳神，在捕风捉影、茫然不知之中寻求修炼本性，我看终身劳苦，却最终一无所成。现在大臣取俸禄而喜好阿谀，小官吏害怕被治罪就闭口不语，我很愤恨。因此冒死罪，愿尽绵薄之力，唯求陛下赐恩。”
世宗接到奏章，非常恼怒，扔到地上，环视左右的人喊：“赶快抓住他，不要让他逃跑了。”宦官黄锦在旁边说：“这个人素有痴名。听说他上奏章的时候，自知触犯皇上该死，就买了一副棺材，告别妻儿，在朝廷等候治罪，童仆也都逃散，没有人留下，他不会逃离。”沉默不语，过会儿又取过奏章阅读，一天读了几遍，被它感动而叹息，将奏疏留在中宫几个月。曾说：“此人可以与比干相配，但是我不是商纣。”遇上过问患病，烦懑不乐，召见内阁大臣徐阶商议传位的事，说：“海瑞所讲的都是实话。我现在病了很久，怎么能巡视朝廷事务。”又说：“我不自我谨慎珍惜，招致这场病患。假使我能到便殿去，怎么会遭此人的骂呢？”于是逮捕海瑞投放到诏狱，追究主使人。不久把他移交刑部，判处死罪。案宗上报后，仍被留在世宗手中。户部司务何以尚揣摸皇帝没有杀海瑞的意思，上书请求释放他。世宗发怒，命令锦衣卫将他杖击百次，禁锢在诏狱，昼夜棒击审讯。过了两个月，皇帝去世，穆宗即位，两人都被释放。
世宗刚死，外界大都不知道。提牢主事听了，以为海瑞将被任用，设宴款待他。海瑞自己疑心要赴刑场，放纵饮用，不顾虑什么。主事就附在他耳边说：“皇帝去世了，先生即将出狱效力了。”海瑞问：“真的？”随即大哭，将吃进的东西全呕吐了，倒在地上，整夜哭泣不停。不久获释，恢复旧职。很快改派到兵部，提拔为尚宝丞，调任大理寺。
隆庆元年(1567)，徐阶被御史齐康弹劾，海瑞说：“徐阶侍从先帝，没有能终止神仙土木的过失，畏惧龙威保全职位，的确有罪。然而自从他执政以来，忧患国事，肚量宽弘，值得称赞。齐康甘心做鹰犬，搏噬好人，他的罪又高过高拱。”人们赞同他的说法。
历任两京左、右通政。隆庆二年(1568)夏天，以右佥都御史身份巡抚应天的十府，下属官吏害怕他的威严，有劣迹的人大都自动免职。有势力的人家用朱丹漆门，听说海瑞来了，又漆成黑色。监理纺织营造的人，被减去众多随从。海瑞锐意革故鼎新，奏请疏浚吴淞、白茆，让河水畅流入海，百姓因此受益，他一贯痛恨大户兼并土地，极力折损豪强，安抚贫穷羸弱。贫民的田地被富户兼并，一概替他们夺回，徐阶罢免相位居住乡里，海瑞一样查问其家里的情况而不宽免。他的命令雷霆万钧，有司惶恐奉行，有势力的豪强为了躲避，逃往其他郡。奸民往往乘机告发，所以大姓人家时常有遭诬告蒙冤屈的。他又裁减邮传冗费。士大夫离开了该地一律不提出供饮食，因此怨言很多，都给事中舒化批评海瑞迂腐不通晓政体，应该把他置于南京的清闲之地，穆宗仍然优待海瑞下诏奖励。不久给事中戴凤翔弹劾海瑞庇护奸民，鱼肉官吏，沽名钓誉扰乱政事，于是调他督职南京粮储。海瑞抚慰吴地刚半年，百姓听说他将离去，哭声载道，绘像在家中祭祀。他即将就任新职，遇上高拱主管吏部，此人一向怀恨海瑞，将他的职务并入南京户部，于是海瑞告病回家。
万历初年，张居正主持朝政，也不喜欢海瑞，指使巡按御史考察他的清廉。御史到山中察看，海瑞真诚地招待他，两人对坐用餐，房舍狭小，御史叹息着离去。张居正害怕海瑞的耿直，虽然朝廷内外交相推荐，他始终不召见海瑞。万历十五年(1587)冬天，居正已死，吏部拟任用他做左通政。神宗很看重海瑞的名声，授予他旧职。第二年正月招他任南京右佥都御史，又改任南京吏部右侍郎，海瑞当年七十二岁，上书陈述衰老将死，愿比附古人尸谏的大义，大略讲：“陛下励精图治，但政治还不理想，原因是贪婪官吏的刑罚轻了。大臣们不能谈论缘由，反而借助待士有礼的说法，对此赞不绝口掩饰其过失。待士有礼，但是百姓又有什么罪刑呢？”于是他列举太祖剥皮囊草的刑罚以及洪武三十年(1397)的定律贪污八十贯处绞刑的例证，称现在应该用这些刑罚惩治贪官。其他方面时政的谋划，话语非常切实。唯独劝皇帝施行酷刑，当时舆论认为不妥。御史梅昆鸟祚弹劾他。神宗虽然认为海瑞的言语过分，但明了他的忠诚，撤了昆鸟祚的职。
神宗屡次打算召用海瑞，执政的人暗中阻拦，于是任命他为南京右都御史。南京各官向来苟且懒惰，海瑞身体力行矫正此风。有位御史偶尔演戏取乐，海瑞打算遵循太祖法令杖责他。百司惶恐，都患其苦。提学御史房寰担心被纠察和揭发，准备先行发难，给事中钟宇淳也鼓动，房寰再次上书对海瑞丑化诋毁。海瑞也多次上书请求退休，神宗安抚挽留，不同意他辞职。万历十五年(1587)，海瑞死在职任上。
海瑞无儿子。死时，佥都御史王用汲进他家察看，发现他用的是穷寒的士人都不能忍受的麻布帐和破竹箱，王用汲哭泣着退下，凑钱给他送葬。百姓罢市。丧事在江上举行，穿戴白衣帽的送葬人夹岸，哭着洒酒祭奠的人百里不绝。神宗追封他为太子太保，谥号忠介。
海瑞生平学行，主要是刚强，因为他自号刚峰，天下人称他为刚峰先生。他曾说：“想天下治理安平，必须推行井田制。不得已就推行限田制，再不行就实行均税制，尚且可以保存古人的遗志。”所以自从任县令到巡抚，他都致力清丈田亩，颁行一条鞭法。主要意思在于利民，不过行事不能说没有偏颇。
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