。沈一贯、沈鲤因为楚王的事情都请求离去，李廷机又请求再做追究。神宗认为楚王即位二十多年，为什么到现在才揭发，况且丈夫攻击，妻子作证，不能作为凭证，于是罢除了对楚王一事的追究。郭正域四次上奏请求离去。楚王感到安全后，就上奏弹劾郭正域，大意与杨应文所说一样；并且揭发了他几件违法的事情，请求剥夺郭正域的官职。神宗下交部院集体讨论，李廷机稍稍指责郭正域，却称他已经离职可以不再苛求。给事中张问达却称藩王想有晋升或贬责大臣的权势，不足为训，于是没有治郭正域的罪却命令巡按御史调查楚王所揭发的事，做出报告。
不久，兴起妖书的事情。沈一贯认为沈鲤与自己地位相近，而且郭正域刚被罢免，因此陷害他，那么两人必受重创，于是对神宗讲此事是大臣中有人相互倾轧所为。是想稍稍挑起事端，以触动皇上。不久，锦衣卫都督王之祯等四人认为妖书有名，说是其同僚周嘉庆所作。东厂又捕捉了妖人..生光。巡城御史康丕扬替..生光鸣冤，称妖书、楚事是同一回事，请求稍稍延缓刑罚，造乱的兄弟可以将首领献给朝廷。意思是指郭正域和他的哥哥国子丞郭正位。神宗恼怒，认为庇护叛贼，将他除名，沈一贯极力救助才幸免。康丕扬先后捕获僧人达观、医生沈令誉等人，但是同知胡化却告发妖书出自教官阮明卿之手。不久，厂卫又捕获一名叫毛尚文的嫌疑犯。几天中锁链声相闻，都城中人人自危。周嘉庆等人都被投入诏狱。周嘉庆当即因没有证据，下令革职回乡。沈令誉以前曾经往来于郭正域的家，达观也时常游访贵人的门庭，曾经被郭正域驱逐，毛尚文却是郭正域的仆人，沈一贯、康丕扬等人想从这几个人的口词中引出郭正域，但是胡化所揭发的阮明卿，是钱梦皋的女婿。钱梦皋大为愤恨，上奏公开攻击郭正域，称：“妖书刊印传播，不前不后，恰好在楚王的奏章呈送到的时候。大概郭正域是沈鲤的门徒，而沈令誉是郭正域的食客，胡化又是他的同乡且同年中举，一群妖人结成死党。请求治断根本，判定郭正域为祸害楚王的罪魁祸首，勒令沈鲤在家闲住。”神宗命令郭正域回原籍听候审查，赶紧严刑审讯几位被捕的人。达观被拷打致死，沈令誉也几乎死去，都不承认。法司逼迫胡化诬告郭正域和归德公。归德是沈鲤所住的县名。胡化大声呼喊：“阮明卿是我的仇人，所以告发他。郭正域考取进士后二十年没有通音信，怎么一起撰写妖书？我也不知道谁是归德。”神宗知道胡化冤枉，释放了他。
都督陈汝忠审讯毛尚文，又派兵在杨村包围了郭正域的船，将老妇、婢女和书童等十五名男女全部逮捕，与..生光一起拷问，最终没有收获。陈汝忠拿锦衣告身引诱毛尚文说：“能够告发乱贼，就能得到它。”让他诬告沈令誉，并且由奶妈龚氏十岁的女儿作证明。等到会审，东厂太监陈矩追问女孩说：“你看到几种妖书的版本？”回答：“满屋。”陈矩笑着说：“妖书只有两三张纸，版本怎么有满屋呢？”责问毛尚文说：“沈令誉告诉你哪天刊印妖书？”毛尚文回答：“十一月十六日。”兵部尚书王世扬说道：“妖书在初十查获，而十六号又刊印，有两本妖书吗？”拷问..生光的妻妾和十岁的儿子，用针刺穿手指，必求诬告郭正域，都没成功。..生光仰视钱梦皋、康丕扬，大骂道：“死就死吧，为什么教唆我迎合你们的心愿，胡乱诬告郭侍郎呢？”都御史温纯等人极力维护，事情才渐渐化解，然而仍然不能结案。
光宗在东宫，多次对身边的侍从说：“为什么想杀我的好讲官呢？”众人听到此话都很惊惧。詹事唐文献与同僚杨道宾等人到沈一贯处争辩，李廷机也极力要求落实，案狱更加缓解。刑部尚书萧大亨准备文告，仍想治郭正域的罪。郎中王述古将稿纸扔到地上，萧大亨才作罢。于是判处..生光死刑，释放了诸位受牵连的人，郭正域获得幸免。当狱案危急的时候，巡逻兵围困了沈鲤的住处和郭正域的乘船，铃声和打更的梆子声通宵达旦。又传说郭正域已被逮捕，迫使他自杀。郭正域回答：“大臣有罪，应当在都市受处决，怎么能自己抛尸荒野。”不久，幸而无事，才回乡。回乡三年，巡按御史史学迁上奏楚王所揭发的事情的调查报告，无罪。给事中顾士琦趁机请求召回郭正域，皇帝没有答复。
郭正域知识广博，勇于承担重任，有经邦济世的大略，严于律己，所以人们敬重他。被当权的宰相扼制，不能再受任用，在家居住十年后去世。四年后，被赠封为礼部尚书。光宗的遗诏，加恩泽于旧学，赠封他为太子少保，谥号文毅，将他的儿子录用为中书舍人。
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