他海上强国签订的条约中的最惠国条款。恭亲王和伊格纳捷耶夫在同一天在条约议定书上签了字，以表示清帝批准了条约和伊格纳捷耶夫对条约的承认。
清帝国丧失了最东北的广袤而宝贵的土地，因为清政府没有看到这些土地的价值，并且依然坚持把汉人限制在中国本土这一过时的政策。但这是一个宝贵的教训。一个愈来愈着眼于全中国的清政府汲取了这个教训，于是大开方便之门，让汉族移民进入帝国的其他边境。以后的中国亚洲腹地的历史是一个汉族移居、中国化以及原来的非中国人的社会并入大中国的历史。
即使面对着这样的损失，仍不应否认清政府的成就。尽管有着国内的叛乱和欧洲人的压力，清王朝仍得以幸存，它的制度也只作了最小限度的改变而延续了下来。根据清政府所能调动的力量来看，很难想象要它做出更多的成绩来。
1861年，清、俄两国的边界大臣根据他们的调查，交换了边界的地图和详细说明。他们在1861年6月28日（俄历16日）签订了勘分东界约记，使这些地图和说明书成了正式文件，约记便成为中俄北京条约的附件（与俄国接壤的新疆边界到1864年塔城议定书——勘分西北界约记——签订时才确定）。有一段时间，俄国政府中的有些部门还有人大讲要进一步在满洲和蒙古取得领土的好处，但在7月11日（俄历6月29日），政府最后拒绝了这些建议，理由是英、法似将夺取可能会威胁俄罗斯帝国的朝鲜和其他地区，作为对俄国任何进一步扩张的反应。俄国政府通知驻中国的公使、驻库伦的领事和东西伯利亚的总督，万一清王朝垮台，“我们的行动方针将是促使蒙古和满洲的独立”。［22］ 类似这种有关蒙古、满洲和新疆的政策已经成了伊格纳捷耶夫训令内容的一部分，但俄国人同英、法、美三国人士一样，宁愿维持清王朝的现状。
俄国还坚持重订边境贸易的规定。清政府同意作彻底的审查，因而在1862年3月4日（俄历2月20日），恭亲王和俄国公使巴留捷克上尉签订了中俄陆路通商章程二十二条。1862年的通商章程建立了一项制度，即对从恰克图至天津的俄国商队和在蒙古边沿地方经商的俄国商人，由俄国当局颁发证书，而由清当局予以认可，从陆路运进的俄国货的税比经海路进口的欧洲货的税低三分之一。
1862年解决的最后一个问题是关于提供武器和教官的建议，以前普提雅廷向中国提出此议时原是为了对付英、法两国，后来重新提出的目的就转为镇压中国的反叛者了。1858年，普提雅廷曾命令鲍乃迪提议给清廷两万支步枪、二十门大炮和若干名教官。但清方已对俄国的建议——特别是提供教官的建议——产生怀疑，所以在接受武器和教官时显得如此犹豫不定，以致俄国政府虽然决定派几名教官和运一万支步枪经蒙古到清帝国，还决定通过海路秘密运来五十门大炮，可是自己的军队也需要武器的穆拉维约夫却竟然在1859年把整个载运物资截留在西伯利亚。1860年，在北京举行的中俄北京条约批准仪式上，伊格纳捷耶夫再次提出俄国供应武器的建议，甚至还答应提供俄国海军支援去镇压太平军。后一建议没有结果，但运送武器的建议虽几经周折（其中还包括曾国藩提出过反对意见），最后仍被批准；1862年夏，两千支步枪和六门大炮终于运到。但当几名俄国教官在恰克图附近开始训练清军使用这些武器时，英国公使对清政府施加强大压力，迫使它在同年把他们遗送回国。俄国政府推迟运送它所答应提供的武器的剩余部分，直到它对中俄陆路贸易的新税率感到满意时为止；最后，由英国人训练的神机营在1865年使用这些武器来保卫北京和镇压满洲的盗匪。
在俄国，还酝酿着一些计划，要俄国参加英法联军支持清王朝的镇压太平军的干涉行动，来抵销英、法在华势力的增长。但俄国与英国冲突的可能性依然存在，而且俄国还面临波兰的叛乱；因此从长期利益考虑，决定以不动用俄国舰队为上策。俄国没有干涉。
到1860年，偷越俄国欧洲边境从海上进入俄国的走私茶叶数量已经增至其进口茶叶总量的三分之一。由于签订了北京条约，俄国政府就把海上茶叶贸易合法化，但降低了恰克图的茶叶税，这样就使海上进口的茶叶的税率比较高一些。此后，俄国与中国的海上贸易大幅度增长，茶叶则是主要的进口货。俄国船只从广州和上海载运茶叶和其他中国器物至敖德萨，这种做法有损于恰克图的贸易。即使以中国国内的运输费用而言，采用这条路线也是比较合算的，因为从茶园运茶叶至沿海口岸只要约二十天时间，每普特的运输费用只要一卢布三十二戈比，而运经恰克图则需三个多月，运费则高达每普特十卢布。［23］
但是就贸易总额而言，恰克图的中苏边境贸易在整个十九世纪中仍高踞首位。从长远观点看，新疆的那条路线证明是比较漫长和花钱的，黑龙江和乌苏里江上日益发展但尚无章法可循的中俄贸易——直到十九世纪九十年代在文献中才有统计材料——的重要性似乎依然比较有限。总的来说，在中俄贸易方面中国是顺差。俄国人购买
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