张格尔没有再从浩罕那里取得援助，而东突厥斯坦人却因和卓的事业而仍然深深地陷于分裂。黑山派出于反对他们的白山派敌手的目的依旧依附清朝。在某些地方白山派试图促使黑山派转变，［9］ 但是在别处，特别是在和阗，他们用他们的转为优越的地位来算老帐。因而，亲清的阿克苏的阿奇木伯克伊萨克穆罕默德鄂对（亦即在十八世纪曾帮助清朝征服六城地区的库车鄂对的玄孙），就派遣密使到和阗去散播不和。伊萨克本人是哈迪里亚派的信徒，没有发现他与纳赫什班迪教团的黑山派有什么联系，［10］ 但黑山派的伯克们响应伊萨克煽动，夺取了和阗的控制权并宣称他们效忠于清帝国。由于大雪阻碍了满洲人派兵来援，白山派的军队重新恢复了张格尔的权威，只有黑山派的和阗伯克中一个名叫阿明的人带着两千名属民逃到阿克苏。张格尔在此期间编造了喀什噶尔的财产清册，把没收来的巨额公私财产的大部分当薪饷付给了他军队中的浩罕人。他抢掠了伯克们的家，“向富商大量敲榨勒索”，并“对人民实行暴虐统治”。他纵人大肆屠杀，甚至使得白山派的支持者都感到了失望。
1827年初，总数为二万二千人的卷土重来的清军，从阿克苏出发攻打张格尔。荒凉的土地迫使他们差不多要携带人和牲畜所需的全部粮秣，才能勉强满足军队的巨大的给养需要。张格尔逃往山区，他的士兵带走了“巨大价值的资产”，这些都是清军快到来时他们从六城地区居民那里抢来的东西。［11］ 最富有和最重要的白山派同情者同他们一起迁居到浩罕领土内。当清军八千人在帕米尔搜捕和卓未能得逞之后，政府转而对那些和侵略者合作的人进行报复，并在喀什噶尔安排了一支八千人的驻军，而把九千名军队撤回中国本土。一支穆斯林民兵也编成了。
清朝接着向所有邻近的统治者发出牒文，要求引渡张格尔。穆罕默德阿里厚着脸皮接连派了两个使者到喀什噶尔去，否认他曾援助过张格尔，并提出愿意派遣一支万人的军队去捕捉他，假如北京愿意付出费用的话。清政府被激怒了，一度想要切断六城地区的全部对外贸易。
当帝国军队前进时，清帝要求他的最高级官员考虑在西部六城地区废除伯克官制，用一种象青海和东部康区那样的土司制度来取代。伊犁将军长龄提出这样的建议：任命一个羁养在北京的玛赫杜姆家族成员做喀什噶尔统治者，用以赢得人民的同情，并保护六城地区不受张格尔和浩罕的侵犯。武隆阿则主张一并放弃喀什噶尔、英吉沙尔、叶尔羌与和阗，而在它们的东面设置一道坚固的防线。由于这些建议被认为是失败主义的和不能接受的，清帝委派直隶总督那彦成去管理六城地区，并颁布赏格，对凡能俘获张格尔的人给予官爵和酬金。控制六城地区是很重要的。在发生麻烦的那一年，清当局曾发现一个名叫亚历山大·加德纳的英国人，他乔装打扮，穿着土著服装，从巴达赫尚通过叶尔羌进入拉达克。［12］
1828年，伊萨克穆罕默德鄂对派了一名间谍到山中散布清军撤退的假消息，并收买了张格尔的柯勒克孜族岳父他依拉克，使和卓带着五百人回到了新疆。当和卓发觉到自己是受骗上当时他逃跑了，但这时害怕清朝报复的柯勒克孜人出卖了他，一个后来在鸦片战争中扮演重要角色的中国官员杨芳将他捕获。张格尔的一部分追随者逃掉了，其中有一大批刀朗人（即和卓的家奴——译者）逃到了浩罕。另一些人逃到了拉达克，拉萨的驻藏大臣派遣特使到列城去要求引渡他们，拉达克王即予照办。［13］ 白山派认为伊萨克穆罕默德鄂对应对张格尔的被俘直接负责。作为奖赏，清朝指定他当喀什噶尔的阿奇木伯克。民间将他依拉克出卖张格尔的故事编成了一首流行的突厥语歌谣。
北京极力把捕获和卓看作一项光辉成就，同时却掩饰只有少数兵力的张格尔却能困扰帝国的军队逾七年之久的事实。讨伐张格尔之役曾经需要调动三万六千人的军队，花费了政府一千多万两银子。［14］ 事实上许多人相信，张格尔“失败的真正原因”完全不是清朝的军事力量，而是在于东突厥斯坦白山派和黑山派的分裂。［15］ 清朝的将军们向北京的清帝献俘，政府将张格尔寸磔处死。长龄传檄谕知柯勒克孜人和浩罕，要求引渡张格尔家族的全部成员。但是勒柯克孜人没有照办，浩罕则以伊斯兰法律为由公开拒绝引渡（张格尔家族是伊斯兰教祖的后裔）。
那彦成到达喀什噶尔以后提出大量行政改革措施，建议将犯叛乱罪的人（包括本地人和安集延人）的土地和财物加以没收。这些土地每年可收粮五万六千担，他主张以三万八千担作驻军饷项，其余一万八千担用来提高官员们的俸禄。
从国内观点看，这些主张不管有多大价值，却从未付诸实施，因为那彦成的对外事务的建议带来了灾难性的后果。简言之，那彦成的建议是要完全停止对浩罕的贸易，直到汗国交出阿法其·玛赫杜姆家族为止。所有在六城地区居住不满十年的浩罕人应予放逐，他们贮藏的大黄、茶叶和其他财物应予没收。在六城地区居住十年以上的全部浩罕人应使之归化；应与柯勒克孜人和解，以便使他们与玛赫杜姆家族及浩罕人疏远。“叛民”的妻子儿女应发配为奴和流放到乌鲁木齐和伊犁等地。
清政府不但想用这些措施平息山区来的骚乱，还想使浩罕统治者安分守己。北京已经注意到，浩罕君主在十八世纪之采用汗的称号是一种僭越，特别因为在突厥语和满洲语中，“汗”是清帝本人的称号。因此，北京拒绝承认浩罕统治者为“汗”，继续用早些时候的头衔“伯克”来称呼他。然而，浩罕的战略位置促使清帝在藩国谒见时称呼浩罕统治者为“吾儿”（在亚洲腹地的词语中仅次于皇帝），而不是用“吾臣”，而在浩罕的信件中，统治者继续称自己为汗。此外，在喀什噶尔的每次朝见中，穆罕默德阿里的使节并未能履行规定的礼仪，也许更为过分的是，在正式文书中他的名字是有泥金书写的。［16］
清朝政府立即赞同实施那彦成的建议。那彦成回到了北京。他的继任人喀什噶尔参赞大臣札隆阿和叶尔羌办事大臣壁昌在1828年着手行动：没收安集延商人的大黄和茶叶，把他们从六城地区赶走。在准噶尔地区，官府也驱逐那些居住在伊犁的安集延商人。清朝重新建起各地的满城，与回城离得较远，但在英吉沙尔、叶尔羌及和阗，商业区仍旧留在城外。只有在喀什噶尔，清政府方将商业区安置在满城之中。
非浩罕人为了商业事务可以照常入境，政府允许布哈拉人经由巴达赫尚和喀尔提锦来喀什噶尔，但是，当局对外国人课以重税，以维护一种新的官铺制度的利益。旨在开辟财源以供养新疆驻军的官铺是仿效政府垄断对准噶尔地区的哈萨克人贸易的办法建立起来的，它享有和所有外国人——包括柯勒克孜人在内——优先进行贸易的权利。但是，清朝给予柯勒克孜人一份从安集延人那里没收的大黄和茶叶，用以保持他们的好感。一所官办茶局（创始于1826年）于1828年在古城开始顺利地向陕西私商运入准噶尔地区的各类茶叶征税。然而到1829年末，官铺在六城地区引起的不满和困难多于收入，因此当局废除了这些官铺。
其他为驻军而开辟财源的一些努力是采取了扩大和改良六城地区耕地的方式。张格尔的圣战中断了前此为东突厥斯坦日益增长的人口而开垦未经灌溉的土地（“死地”）的努力，1828年六城地区的严重粮荒使得大量建议涌向清帝面前。松筠主张在东突厥斯坦开展军屯。长龄建议把所有从叛逆者那里没收来的土地上的佃户转为国家农户，使之为驻军生产粮食。武隆阿和署理陕甘总督鄂山极力主张从中国内地招徕移民。虽则这一意见预示着将来的趋势，但却是同清朝将汉人和亚洲腹地居民加以分隔的长期实行的政策背道而驰的；因此，新疆当局不得不满足于灌溉计划、已增加的户口登记数和税收。但是，六城地区的人口因圣战而减少了，这些措施是不够的。
那彦成提出的停止和浩罕贸易的措施，从根本上打击了汗国的财富和力量。浩罕已经获得了对喀什噶尔的东西方商队贸易的控制权，并以损害塔什干和突厥斯坦的城市而扩大了这种控制，它又一直在寻求柯勒克孜和哈萨克同准噶尔地区的商业贸易，还想控制印-俄贸易的东方路线。
“披巾和其他印度商品”、狐皮和羊羔皮有东、西两种商路：一是经由西边的一条迂回路线，通过喀布尔和巴尔赫到布哈拉，然后运到浩罕；［17］ 一是由夏季线和冬季线这两条东边路线通过拉达克到叶尔羌的市场，浩罕商人就在叶尔羌购买这些货物。清政府是否曾经允许商队享有通过帝国领土的特权，这还不清楚，但是政府完全了解汗国力图垄断新疆的对外贸易，所以为了防范这种企图，它正式拒绝批准浩罕商队经拉达克去印度。因此，浩罕商人只好在色勒库尔和叶尔羌购买印度货物，把它们经过浩罕运到俄国市场去出售。叶尔羌于是成了印俄贸易的一个中心。浩罕商人享受了能够将他们购买的货物经由自己的国土运到俄国的好处，但是汗国不能阻止非浩罕人在叶尔羌或色勒库尔购买印度货物，也不能阻拦这些货物运往伊犁或塔尔巴哈台再往前运到俄国领土去。
清朝的禁商政策甚至不许浩罕商品通过伊犁和塔尔巴哈台，因而在浩罕引起物价飞涨，随之而来的是两年经济困难。清政府对于浩罕高级官员的恳求书信无动于衷。但在此期间，浩罕把禁商看成是侵略六城地区和汗国加紧控制新疆贸易的一个机会。白山派在喀什噶尔的势力仍是如此强大，浩罕的贸易又是如此重要，因而浩罕实际上在六城地区处于支配的地位。只要有玛赫杜姆家族的侵略，人民中至少有些人必定会闹事。“浩罕如狼，东突厥斯坦人如羊”。况且，在被驱逐和没收财产的浩罕商人中间情绪激昂，特别是当柯勒克孜人带着他们被没收的大黄和茶叶出现在浩罕市场上时更是如此，而柯勒克孜人却夸耀说，这些东西是“大清皇帝”送给他们的礼物。［18］
1830年秋天，浩罕汗带着一支主要由柯勒克孜人，也有一些安集延人、流浪的刀朗人和其他喀什噶尔亡命者组成的军队，侵入六城地区。然而，在跨过清朝边境以前，在乌什地方，决定让汗留在浩罕，［19］ 张格尔的大哥穆罕默德玉素普被指定为名义上的统帅。真正的指挥官是浩罕汗国的高级官员哈克·库里明巴希，他是最高司令，第二把手是穆罕默德沙里夫阿塔利克。跨过边境后侵略者分兵三支，几乎同时包围和攻打喀什噶尔、英吉沙尔和叶尔羌三地。清朝驻喀什噶尔的戍军本已缩减，现在又被攻其无备。玉素普进入了自己的原籍城市，指定了他自己的地方长官（阿奇木）。喀什噶尔地区的黑山派人民大批逃往阿克苏（虽然他们中约一千人在喀什噶尔的满城中避难），甚至白山派中的许多人也不愿响应侵略者要他们拿起武器的号召。但是，这次侵略并非搞复辟，其性质马上变得很明显，因为玉素普本人没有行使什么领导权，而且一千多名浩罕商人跪在满城外面向清当局申述说：侵略是由清政府不公正地处理无罪的商人引起的；他们要求恢复贸易和发还被没收的财产。
在叶尔羌，壁昌在城内只带有清兵五、六百人，还有大约四千五百名本地民军，但是他有较多的时间做防御准备。他很快把商人和小商贩都搬入满城，把市场的摊子和建筑物烧个干净，什么也没有给侵略者留下。在和叶尔羌地区伯克们慎重计议之后，壁昌派遣他的军队出外封锁通向叶尔羌的主要战略据点。他配置一千名本地民军防守回城和满城；他从所辖地区各个据点集结军队，同时又派出四百名清军在叶尔羌东门外把守。逼近叶尔羌的侵略军大约有步、骑兵七千到一万人。［20］ 清守军用大炮轰击他们，杀死了三百多人，侵略者终于撤走。在作第二次尝试时他们 再次被击退，这时他们已经听到清援兵正从阿克苏开来的消息。柯勒克孜人和安集延人都撤退了，只留下刀朗人，他们试图以玉素普的名义召集一支叶尔羌土著的军队。然而，叶尔羌主要是黑山派的地方，大多数居民宁可逃走也不愿参与白山派的事业。因此，刀朗人抢掠城镇和乡村，在纠集起一支千人的队伍之后，对叶尔羌进行了第三次和第四次攻击，但都被壁昌的军队击退。
与此同对，在喀什噶尔的札隆阿却无法迫使和卓停止围攻。在喀什噶尔和英吉沙尔，
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