舟扼險迎敵。前鋒林亮、董方以六船冒死直進，亦施大砲攻擊。遙望砲臺火藥堆積纍纍，亮命砲專攻，火藥桶中之火起，燔斃賊無算，賊潰，遂入鹿耳門。
維時海靈助順，潮水漲高八尺，藍廷珍率王萬化、林政等四百餘艘，連檣並進。林亮、董方乘勝掩殺，燬賊船。把總蘇榮爭先，亦同登岸，奪取鹿耳門砲臺，焚其營壘。遊擊林秀、薄有成、守備魏大猷、葉應龍追殺逸賊。蘇天威逃入安平鎮城，與賊目鄭定瑞列兵迎敵。林亮、董方奮勇先登，復陷賊陣。藍廷珍率參將王萬化、林政、遊擊魏天錫、邊士偉、朱文、謝希賢、鄭耀祖、胡璟、郭祺、王紹緒、齊元輔、金作礪、范國斗、李祖、陳允陞、守備呂瑞麟、洪平、鄭文祥、劉永貴、康陵、蘇明良等各弁兵繼之。賊敗走。林亮、董方復登安平鎮城，豎立大軍旗幟，延珍出示安民，蓋日猶未晡也。
安平既得，令鄭耀祖、王紹緒專守安平城，許華守鹿耳門，王萬化、林政、林秀、邊士偉、李祖、康陵、蘇明良駐劄鯤身頭，列守要害。安平百姓喜王師至止，老幼趨蹌，爭給軍食，少壯者自充鄉兵，願導官軍殺賊。是夕，施世驃船到鹿耳門。丁未，乘潮入安平。
朱一貴遣楊來、顏子京、張阿山、翁飛虎率賊眾八千餘人犯安平。林政、王萬化、邊士偉、林秀、王紹緒、鄭耀祖、李祖等各率兵迎敵。千總游全興以張彥賢等十四員同在四鯤身與戰。藍廷珍指揮攻擊。我兵鎗砲連環如雨。復遣朱文、魏天錫、謝希賢、胡璟、林亮、魏大猷、呂瑞麟、葉應龍、劉永貴等駕小船，沿岸夾擊。賊大敗。追至七鯤身瀨口。戊申，魏天錫、謝希賢、魏大猷率把總牛龍、外委守備陳章等，以輕舟載槍砲硝磺烈焰，于塗墼埕、水仔尾等處燒賊巨艦凡四。
己酉，朱一貴復遣李勇、吳外、張阿山、翁飛虎、陳印、楊來、郭國正等率賊眾數萬人，駕牛車，列盾為陣，復犯安平。乃以齊元輔、金作礪、呂瑞麟、蘇明良、范崇勳率弁兵為左拒，王萬化、林政、邊士偉、李祖、康陵率弁兵為右拒，鄭耀祖、王紹緒為後應。賊目翁飛虎率所部烏龍旗為前鋒，驅車擁盾冒砲火衝突，群賊大隊並至。左右兩軍邊士偉、呂瑞麟等大戰于二鯤身。藍廷珍親督大砲，連環齊發，倒賊烏龍旗，破牛車陣。林秀、王良駿、朱文、謝希賢、胡璟、林亮、魏大猷、蔡勇、劉永貴各乘小舟，駕大砲，附岸夾攻。賊眾大敗，入水死者千餘人，斬獲殺傷不計。自是賊人退保府治，不敢再至鯤身，惟沿岸列砲，晝夜固守。我軍分駕小舟，迫岸攻擊，與賊相持。
有西港仔士民，具羊酒到安平鎮，叩迎王師，載家屬為質，願引大兵從西港仔登岸殺賊。提督施世驃然之。庚戌夜，密遣林亮、魏大猷、洪平、董方以兵一千二百名往西港仔。次日，藍廷珍知其事，急言于世驃曰：『謀算必出萬全，不可怙勝輕舉。聞賊多在蕭壟、麻豆間，西港仔乃其肘下；且距府不遠，呼召立應；又多竹林可埋伏，彼若以數千人分佈要害，四面掩擊，亮等一軍危矣』！世驃瞿然曰：『如何』？廷珍曰：『當用全力，以大軍繼之』。世驃曰：『誰當行者』？延珍曰：『此非他人所能任，某不敢辭。公當分遣將備，于瀨口、塗墼埕等處盡力攻擊。賊聞我師北來，必棄營遁，府治恢復，在此一二日間耳』。
辛亥初昏，藍廷珍留所部官兵三分之一會攻府治，率舟師五千五百餘人夜向西港仔進發。翼日黎明，在竿寮鄉登岸，令諸舟悉回安平。諸將曰：『登岸棄舟，何也』？曰：『示軍士必死無還心！今日戰勝，明當直抵府治耳』。言未已，諜者報賊在蘇厝甲，與林亮、魏大猷決戰，勢甚張。廷珍分兵八隊：以魏天錫、金作礪、葉應龍、武舉倪鴻範等率兵千人，副林亮、魏大猷、洪平、董方為前鋒；林政、李祖兵千人為左翼；王萬化、邊士偉兵千人為右翼；復以胡璟、劉永貴、范國斗、范崇勛分兵千人為左、右奇兵；蘇明良兵四百為後應；呂瑞麟兵七百為遊兵；廷珍親率陳允陞、陳章、林君卿、周宣、藍弘沛、何期有等領親丁精銳五百人為中軍；並進。賊目林曹、江國論、黃殿、林騫、林璉等率眾來迎。前鋒軍奮力衝殺，左右兩翼奇兵繞賊陣後，首尾夾擊。遊兵突出竹林，橫衝賊陣。中軍虓闞殺進，鎗砲震天。賊大敗，潰亂奔竄，追斬俘獲，縱橫遍地。薄暮至犁頭標。廷珍料賊必夜劫營，漏初下，傳令撤帳房，捲旗幟，露刃伏芒蔗間。賊果至，不見大營，大驚。須臾，我軍突出衝殺，賊大敗奔散。自是膽落，不復有戰心矣。
癸丑，廷珍督大兵南下，復敗賊於木柵仔，追殺至蔦松溪，直搗臺郡。朱一貴率群賊數萬遁去。廷珍收復府治，出示安民，駐劄萬壽亭。水師提督施世驃于先一日傳令水陸官兵並進。遊擊林秀、王良駿、薄有成、齊元輔、郭祺、王紹緒、鄭耀祖、守備鄭文祥、千總游全興與張彥賢等十四員，從七鯤身陸路至瀨口，攻府治之南；遊擊朱文、謝希賢、守備高得志、蔡勇等分坐小船，于鹽埕、塗墼埕、大井頭攻府治西南。賊盡驅精銳拒戰。我軍賈勇爭先，遂奪塗墼埕，燬賊營。至晚屯南較場。癸丑，與總鎮藍廷珍俱會府治。萬姓歡呼，復見天日，家家戶外設香案，拜迎王師。廷珍一一慰撫之。遣外委守備陳章飛航至廈，赴總督覺羅滿保軍前報捷。乙卯，提督施世驃登岸，率大兵屯較場，藍廷珍仍駐萬壽亭。
據弁兵先後報獲殺害歐陽總兵之達家勇、殺害許副將之黃龍、殺害羅參將之陳碧、各付其子歐陽敏、許方度、羅世正等，自行處死，以報父仇，凌遲、剖肝、碎屍、揚骨，聽從其便。臺人快之。
閏六月朔日庚申，陳章報捷至廈門。總督滿保檄藍廷珍署理臺灣鎮總兵官事。會巡撫呂猶龍繕疏以捷聞，則施世驃在臺灣軍中，已先自題奏上達矣。
初，臺灣警報于六月至京師，皇帝惻然不忍加誅，乃為諭曰：『諭臺灣眾民：據督臣滿保等所奏，并伊等進摺家人所言，臺灣百姓似有變動。又奏稱滿保于五月十日領兵起程等語。朕思汝等俱係內地之民，非賊寇之比，或因饑寒所迫，或因不肖官員刻剝所致。一二匪類唱誘，眾人殺害官兵，情知罪不能免，乃妄行強拒，其實與眾何涉。今若遽行征勦，朕心大有不忍。故諭總督滿保，令其暫停進兵。汝等若即就撫，自諒原爾罪；若執迷不悟，則遣大兵圍剿，俱成灰燼矣。臺灣止一海島，本地所產，不敷所用，祗賴閩省錢糧養生。前海賊佔踞六十餘年，猶且剿服，不遺餘孽；今匪類數人，又何能為？諭旨到時，即將困迫情由訴明，改惡歸正，仍皆朕之赤子。朕知此事非汝等本願，必有不得已苦情，意謂坐以待斃，不如苟且偷生，因而肆行擄掠。原其致此之罪，俱皆不肖官兵。汝等俱係朕歷年豢養良民，朕不忍勦除，故暫停進兵。若總督、提督、總兵官統領大兵前往圍剿，汝等安能支持？此旨一到，諒必就撫，不得執迷不悟，妄自取死！特諭』。又敕浙江將軍塔拜，以甲二千赴閩協防。巡撫呂猶龍按察使董永芠迎勞於浦城，辦理夫船。永芠素有才名，方嚴不阿，一路問民疾苦，捐俸錢恤災傷，多方撫慰，故兵行而民不擾。浙兵至閩，欲借宿民居，呂猶龍不可。召兩司計議。永芠曰：『靖亂以安民為本，若宿民居，民不堪也』！命署福州府馮璼分撥諸佛寺居之。於是浙兵駐閩者數月，得相安一無所苦。
上諭至閩，則六月二十有五日也。總督滿保檄委興泉道陶範親賫諭旨，往臺灣安撫百姓，並署理臺廈道事。調汀州知府高鐸知臺灣府，分委建寧通判孫魯往署臺灣府同知並臺灣知縣事，海澄知縣劉光泗往鳳山，漳浦知縣汪紳文往署諸羅，俱隨大兵安輯流亡，慰撫各莊社民番。
伊時臺郡既平，提督施世驃、總兵官藍廷珍分遣大兵擴清南北二路。以至王萬化、林政、邊士偉、魏天錫帶領官兵勦撫南路逸賊，收復南路營鳳山縣，擒斬賊目顏子京、鄭定瑞等，安撫下淡水、大崑麓各處人民社番，而南路五百里地方俱皆平復矣。以林秀、薄有成、范國斗、齊元輔、郭祺、胡璟、李祖、鄭文祥、劉永貴、董方、林君卿及游全興帶同張彥賢等十四員往北路勦撫逸賊。原任遊擊劉得紫先于壬子乘間投大師，施世驃、藍廷珍嘉其抗賊不屈，優待之。得紫募丁壯百五十人，請殺賊報仇雪恥，是行與焉。戊午，敗賊于大穆降，斬獲甚多，賊黨降者散者十之九。朱一貴率數千人走灣裏溪。大軍追至茅港尾、鐵線橋，收復鹽水港。朱一貴走下加冬。
俸滿千總林君卿率外委千總張佛等二十人先大軍二十里前行，追殺賊眾，奪牛車、馬匹、砲械。與陳尚珍、楊秀計議，潛通張岳，欲擒朱一貴，先謀去偽軍師王君彩。一貴收君彩殺之。而漳浦人王仁和素往來溝尾莊，與莊民楊石友善，知其族楊旭、楊雄等為一方巨擘，可與謀。以言餂之，石許焉。仁和密告於藍廷珍。廷珍給仁和外委守備，並楊旭、楊石、楊雄等守備、千總各銜劄，令謀擒朱一貴。復有蘇山、黃遵為李祖賫書與楊旭，亦令計擒一貴。於是楊旭與王仁和、楊石、楊雄、陳尚珍、楊秀等密糾溝尾前莊、後莊、小槺榔、新埤、佳走、後潭等莊鄉壯以待。
閏六月五日甲子，一貴率千人至溝尾莊索飯食，楊旭等椎牛餉之，許號召六莊鄉壯相助。一貴往月眉潭，乏食。乙丑夜，其黨散去六百餘人。丙寅，楊雄紿一貴復回溝尾莊。薄暮霖雨，旭備館舍，將一貴等分宿民家，傳集六莊鄉壯，佯為守護。潛以水灌賊砲。夜五鼓，大譁，稱官兵至，金鼓火砲齊鳴。諸賊倉皇驚起，不知所措。楊雄、楊旭、楊石、王仁和等遂擒朱一貴、王玉全、翁飛虎、張阿山等四人，散其餘眾。吳外、陳印各率黨逸出。旭縛一貴等置牛車，赴八掌溪交遊擊林秀，王仁和馳報藍廷珍。廷珍令解赴施世驃軍前，而自往會訊。一貴尚自尊大，欲與提軍抗禮，昂然而立。廷珍至，叱之跪，一貴猶妄稱「孤家」，詞甚不遜。廷珍怒，命捶其足。於是一貴及其黨皆跪，伏罪請死。乃檻送廈門，聽總督覺羅滿保解京正法。又有大排竹人民斬楊來首級獻林秀，秀函至府，竿示藁街。復據林秀等官兵、李必第、楊雄等鄉壯報獲吳外、陳印、李勇、陳正達、盧朱及就撫之林曹、林騫、林璉、鄭惟晃、張看等，俱先後解至軍前。
分遣朱文、謝希賢、呂瑞麟、洪平及自澎調至之守備閆威，以兵收復北路營諸羅縣，擒斬賊目萬和尚等。北路營千總陳徽、把總鄭高率鄉兵來迎。先是陳徽等于六月丙辰起民兵攻復諸羅縣，斬賊目賴元改頭祭羅參將，因王師未至，縣治復為翁飛虎、江國論所奪，仍入山。至是乃出。招撫賊目曾賢、李德，隨朱文等安輯各莊社民番。
分遣汀州鎮中營遊擊景慧帶領官兵收復笨港。又遣林亮、魏大猷、洪平以舟師赴笨港接應，平定沿海上下。而援淡之遊擊張駥、守備李燕、劉錫、千總李郡、淡水營守備陳策等，引兵南下半線。時朱文等已平諸羅，謝希賢引兵北上，與張駥等合。而北路千餘里地方盡皆平復矣。
元兇既擒，餘黨解散。尚有當日倡謀渠魁偽稱國公如杜君英、陳福壽、劉國基、江國論、薛菊、王忠、陳成、鄭文苑及君英之子杜會三等未獲。總督滿保檄藍廷珍擒撫之。重懸賞格，遣目弁外委分途緝捕。
方朱一貴作亂時，有下淡水客莊民人侯觀德、李直三等建大清義民旗，奉皇帝萬歲牌，聯絡鄉壯拒賊。一貴遣陳福壽、劉國基、薛菊、王忠、劉育等領賊眾數萬攻其莊。六月十有九日已酉，侯觀德等逆戰于淡水溪，敗之，陣斬劉育，殺賊兵及迫入水死者數萬計，屍骸狼藉溪沙澗。陳福壽窮蹙自刎，為賊徒所救。聞王師已進安平五日，乃遁入山。劉國基、薛菊、王忠俱逃之郎嬌藏匿。至是外委陳章遣諜至郎嬌蹤跡之。國基等三人皆在。章因與林尚、蘇庚駕舟赴郎嬌招撫，諭以國恩寬大，邀與俱來。三人皆首肯。有提督差員某繼至，責賊迎拜不如禮。王忠聞之曰：『今如此，到郡可知』。遂逃去。章以劉國基、薛菊見藍廷珍。廷珍好言慰藉，以恩禮加之。
七月癸丑，江國論、鄭元長等復聚餘黨豎旗于阿猴林。藍廷珍發兵追勦。群賊已散，繫旗林木中，國論、元長逃北路。其黨陳逸謀于差員張騰霄，騰霄偕逸往撫之，乃與俱至。廷珍為之美衣服，聽其出入遨遊，而陰使人為之備。於是就撫諸賊，皆忻然自慰曰：『江國論且然，我曹無患矣』。
六月，捷報至京。朝廷先得施世驃奏，大喜，特授賫摺人戴進官把總，賜世驃東珠、朝帽、蟒袍、黃帶，異數有加。又以淡水營守備陳策陞補臺灣鎮
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