鎮總兵官加左都督。
時臺中癘疫盛行，從征將士冒炎威、宿風露，惡氣薰蒸，水土不服，疾病亡故者多。參將林政、王萬化、遊擊許華，先後俱歿于軍。
八月十有三日辛未，怪風暴雨，屋瓦齊飛。風雨中流火條條，竟夜燭天。海水驟漲，所泊臺港大小船，擊碎殆盡，或飄而上之平陸。拔大樹，傾牆垣，萬姓哀號，無容身地。施世驃、藍廷珍各終夜露立風雨中。軍士蜂擁相攜持，不敢動，稍舉足則風颺顛仆，或裂膚破面流血。翼日霽靜，郡無完宅，壓溺死者數千人，浮屍蔽江，瓦桷充路。署臺廈道陶範、府縣高鐸、孫魯等，躬歷民家，拊循流涕，發倉賑貸，瘞死扶傷。以風災飛報上聞，朝廷發帑金賜恤，殘黎始得更生。
諸羅一縣未被風災，而餘孽楊君、李明等聚黨劫掠鹽水港。藍廷珍遣人緝捕，悉擒之。又林君等煽誘奸民，豎旗六加甸，俱為知縣汪紳文所獲，並解至府，會同陶範、高鐸、孫魯等質訊。僉議押解內地。廷珍曰：『甫平思亂，既赦復叛，此曹不可活也。今解入內地，不能不牽累無辜，恐民間人人自危。且上下審駁奏報，往返動隔經年，海外反側地，非樹威不足彈壓。吾於就撫者加之恩，擒者棄諸市，庶奸徒悚息，可淨盡根株耳。亟梟示眾。定民心而固疆圉。有罪某自當之。軍中義得專殺，無預諸君事也』。皆曰：『諾』。九月壬辰，梟楊君、林君等為首四人，竿示其處，餘黨分列杖斃、枷馘、責逐過水。
復有黃輝、卓敬在舊社紅毛寮聚謀為亂，聲言羅漢門阿猴林有王忠等數千人接應，剋日攻府。藍廷珍發兵擒捕，搜獲偽劄，與陶範、高鐸、孫魯等會訊。輝與敬直承不諱，並斬之。
陳章訪緝餘孽，復于南路觀音山招撫陳福壽以來。廷珍大喜，留福壽軍中，以家人禮待之，服食皆從厚。遠近賊徒，聞風思歸誠者益眾。杜君英久處山中，晝伏夜走，聞福壽就撫，頗心動。藍廷珍檄外委守備施恩、陳祥，以諜者林生入羅漢門說之。君英恐見賣，欲得福壽面詢情實，即與俱來。廷珍遣福壽同施恩等往。福壽尚病，載牛車以行。君英遂出。廷珍待以恩禮，一如福壽，飲食、居處、遨遊，兩人不相離也。君英尚留其子杜會三未出。越三日，知乃父無恙，千總何勉往說之，會三就撫。蓋九月中旬十數日間，陳福壽、杜君英、杜會三俱羅而致焉。
提督施世驃自風災驚悸疾作，以九月望日癸卯卒於軍。藍廷珍奉檄署理提督印務。
陶範、高鐸見君英等諸賊出入自由，疑日久有意外患，言于廷珍曰：『此曹皆元兇大憝，上所留意，今報獲，旦暮必致京師，與朱一貴並鞠，而公寬大至此，倘逸去奈何』？廷珍曰：『極知此賊失一，身家隨之。但王忠、陳成、鄭文苑餘孽未盡，不得不然』。二人視福壽，君英等所居處，與廷珍臥榻止隔窗櫺，復謂曰：『將軍膽太大矣！推誠至此極耶！萬一中夜有變，將何及』？廷珍曰：『無傷也，遲浹旬即送之廈』。陶範、高鐸皆曰：『難矣！公以撫為名，待之心腹。美衣豐食，恣其宴遊。彼安肯舍而他之。畏罪憚行，作何措置？留之則局不可了，有脫逃生變之憂；抑之則將束縛驅迫，駭人耳目，又恐中山遊魂，謂公從前皆偽』。廷珍曰：『有以處之』。
十月甲戌，呼杜君英等至幕中，紿之曰：『頃接制府來書，欲授若輩備弁，令星速赴廈考驗。天霽風和，即日登舟可乎』？江國論不可，廷珍罵曰：『汝貌輕福薄，固知非有官者之相』。叱退之。杜君英、陳福壽許諾，廷珍大喜，賜金為贐，遣左右送之行。舁婦人輿至幕中，使乘向海岸登舟。呼江國論、鄭元長來，國論等度不可免，強諾請行，亦賜贐舁輿送之去。繼呼杜會三至，亦如之。蓋廷珍欲遣解諸賊，預備三舟，委弁目在舟以俟。自幕府至海濱，分令親隨丁壯，沿途徙倚，密為防備。順則善遣之行，逆則于幕內綑手足，閉輿中如婦人，不動聲色，市井可無有知者。君英等巽順以行，舟中亦善待之。至廈，總督滿保奏報，奉旨解陳福壽、杜君英、會三赴京師，與朱一貴對質。朱一貴、李勇、吳外、陳印、王玉全、翁飛虎、張阿山俱凌遲處死，親屬同坐。陳福壽、杜君英、會三以就撫從寬，斬于市。其餘在軍前擒撫諸賊，先後解到廈門，如黃殿、黃日昇、郭國正、劉國基、林曹、江國論、林騫、林璉、陳正達、盧朱、張岳、張看、鄭惟晃、鄭元長等，總督滿保發臬司收禁福州府獄候審，擬就地正法。
十有一月已丑，臺灣鎮總兵官陳策卒。署提督藍廷珍移咨總督滿保，檄金門鎮總兵官黃英之臺署事。
庚寅，南路餘孽復叛。為首■〈艹〈束刂〉〉 瓜成（即陳成）、蘇清、楊美、林阿尾等，集眾豎旗于石壁寮。隨發南路兵追勦。癸已黎明，千把總何勉、杜雄等率兵搗賊穴，擒蘇清、高三二名。成等奔潰。楊美、王教逃匿下淡水，知縣劉先泗擒獲之。
藍廷珍以羅漢門諸山素為匪類逋逃藪，不大舉搜捕，掃清巖谷，無以淨盡根株。分遣遊擊王良駿、薄有成、守備呂瑞麟率兵從角宿、岡山、刈蘭坡嶺一路搜入羅漢門，守備閆威由仁武莊、土地公崎、阿猴林一路，守備李燕、蔡勇由卓猴、木岡社一路。已亥午刻，咸會羅漢內門之中埔莊。別遣把總林三、陳雲奇、鄭榮才、游寬往大武
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