灭了他，扶植原黑山派首领后裔尤素甫接手统治。尤素甫建立了以黑山派为主要势力的第二个“霍加政权”。1755年，艾合买提汗的两个儿子波罗尼都与霍集占（史称“大小和卓”）消灭了尤素甫的“黑山派”政权，白山派势力再度得势。
1543年蒙古瓦剌分裂为准噶尔、和硕特、土尔扈特、杜尔伯特四部。后来准噶尔部强大起来，和硕特被迫迁到青海和西藏，土尔扈特被迫迁到前钦察首都萨莱（阿斯特拉罕），杜尔伯特也屈服于准噶尔。1678年准噶尔灭亡准噶尔汗国。哈萨克大中玉兹也臣服于准噶尔，小玉兹臣服于俄罗斯。后来准噶尔干脆灭掉和硕特汗国，统治西藏。这时整个中亚的形势是：准噶尔独霸天下，俄罗斯伺机而动。1720年清军击败准噶尔，占领西藏，1724年清军占领青海。1757年清军攻占北疆，对准噶尔实行种族灭绝政策，1759年清军扑灭叶尔羌汗国残余势力维吾尔族大小和卓，平定南疆，设伊犁将军，管辖天山南北。此后一个世纪，中亚变成了清朝和俄罗斯的天下。
1885年，俄罗斯吞并哈萨克、乌兹别克等整个中亚，清军固守新疆，直到1990年，中亚是俄罗斯称霸，中国退守。
1900年中亚五国脱离俄罗斯独立，中国在新疆的防守才得以根本改观，并积极参与中亚的石油开发计划。同时，塔吉克、阿富汗属于塞种人，说东伊朗语（波斯语），成了伊朗争夺的对象；突厥国家吉尔吉斯、哈萨克、乌兹别克、土库曼成了突厥领袖土耳其的文化势力范围。
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