，何也？蓋木之本質不類（如鹽木為柁，遇波濤乃不搖動；餘則否），輕重亦異（木老則堅而重，否則輕）；必得良材，輕重配合，如人一身筋骨相配，然後善於運動也。故水師必講於造舟者，此其一也。水師之灣泊，猶陸師之安營。凡水師不能於外洋覓戰，皆於進港交鋒；所以灣泊之處，即是戰爭之場。我舟先至，利在居要以爭上風；然風信難憑，透發之後，往往轉變，先要泊穩；儻一澳中有南風澳、北風澳不同，則甯泊南風澳以待；此又老將之持重，不可執一而論也。故水師必明於灣泊者，此其一也。水師之入港，猶陸師之克城。凡港門為賊所守，而險隘尤為賊所恃；兵法有挾制其險而攻其虛之說，以險處多虛，故險可制而虛可攻耳。故水師必詳於入港者，此其一也。此水師之大概也，而其要在機；曰扼要、曰伺隙、曰察變、曰虛中四者。夫扼要則握其權矣，伺隙則分其力矣，察變則奪其守矣，虛中則避其害矣；此所以能於衽席之上以過吾師，克期取敵捷如也。要而言之，師之用在舟，舟之用在水，水之用在風；舟與師相習，風與水相遭，其用在於變而通之以盡利，神而明之存乎人。易曰：「刳本為舟，剡木為楫；舟楫之利，以濟不通，蓋取諸渙」。渙者，風水之義。聖人一言盡之矣』（同上）。
『彭湖出洋巡哨，由媽祖宮澳開駕，向西至西嶼頭，經內塹、外塹，復收泊西嶼頭內大果葉登岸。大果葉二里，左為緝馬灣，右為小果葉，南四里至內塹；接季輪撥千、把各一員。澳口砲臺一，東山頂烽臺三。內塹西南三里至外塹澳口，砲臺一，西山頂烽臺三。再北經緝馬灣、小里葉，八里至小池角，西北四里至大池角，十五里至小門，砲臺一，烽臺一；四里至鴿界頭橫礁，三里至竹篙灣，仍回至大里葉，十里，登舟。由內港駕至北山瓦硐港寄泊，登岸，四里至通梁，三里至後藔，二里至大北山山頂瞭望。北為吉貝嶼、姑婆嶼、土地公嶼、鐵砧嶼、目嶼、白沙仔嶼險礁，東為灣貝嶼、藍笨仔嶼、鳥嶼、雞膳嶼、碇齒嶼。欲赴吉貝各嶼，須出吼門往北；若逆流、逆風，未可駕駛。瓦硐港四里至大赤嵌社南，有塘汛，按季輪撥千、把各一員；一里至小赤嵌，三里至港仔，東二里即崎頭，東南一里至鎮海，三里至港尾，二里至城前，仍至瓦硐港，登舟。從吼門出洋哨巡，由西嶼頭外收入內垵寄泊，回媽祖宮澳』。『再媽祖宮澳開船出哨，由西往南，經雞籠嶼、四角仔、桶盤嶼、虎井，直抵八罩、金雞澳，入挽門汛（南北風可泊五、六船）；按季輪撥千、把各一員，汛後山頂砲臺一。由塘口往西南一里至網垵，南為半砰嶼、頭巾礁、鐵砧嶼、碀仔嶼，西南為大嶼，西北為花嶼、貓嶼、草嶼，西北半里至甕菜堀，北四里至花宅，四里至水垵；垵口北砲臺一（南風時可泊船），復回挽門汛。東隔半里為將軍澳，與挽門汛對峙（立冬後可泊四、五船）。東臨海有石山，名船帆嶼，山頂砲臺一。向北為金雞嶼（南北風俱可泊船），在將軍澳後，北有馬鞍嶼。由挽門登舟，出金雞嶼口往東南，至東吉、西吉、鋤頭精嶼，至文良港駕回，經過鎖管港、豬母落水、虎井、嵵裏、風櫃尾、雞籠嶼、四角仔，回媽祖宮澳』。『陸巡由媽祖宮澳四里至暗澳，有巡檢司；三里至東衛，五里至大；城北三里至隘門仔，一里至林頭仔、垵南、香鑪嶼、鼓架礁，四里至尖山仔，一里至文良港、東鼻頭，烽臺一，可望陽嶼、陰嶼；北五里至果葉仔，二里至奎壁港，北三里即奎壁港山；西三里白灣阬，二里至湖東，二里至湖西，五里至紅羅罩；北三里至青螺仔。紅羅罩半里至西溪仔，南三里至太武仔，西三里至港底，北一里至東石，六里至沙港頭，南三里至鼎灣，西北三里至中墩嶼，潮退可通；西南二里至潭邊，南二里至港仔尾，三里至蚱腳嶼，二里至東衛，四里至西衛，三里至後堀潭，四里至媽祖宮澳』。『再陸巡用大杉板往嵵裏後山登岸；嵵裏澳口砲臺一，山頂烽臺一。五里至風櫃尾澳口；砲臺一，烽臺一。東二里至井仔垵，東南四里豬母落水，東北二里鎖管港，西北一里雞母塢，北五里至鐵線尾，八里至烏嵌，五里至雙頭掛，與大城北相對；三里至菜園，三里至暗澳，回媽祖宮澳』（副將薄有成出哨月報）。
康熙辛丑，兵部奏准：彭湖係臺灣咽喉緊要適中之地，移臺灣總兵駐澎湖，臺灣陸路改設副將。金門總兵黃英奏言：「彭湖為臺灣之門戶，今將臺灣總兵移改彭湖，臺灣設立副將，與水師彼此接應，遙度形勢，盡善之謀無大於此。臣閱地勢輕重，彭湖雖稱三十六島，居於臺、廈之中，究皆一抔之土，錯落彈丸，除媽宮、八罩略有人煙，餘悉冷落荒嶼，原設副將儘堪防守。茲臺灣南北延袤二千餘里，村莊、番社，閭井戶口，不下百餘萬，叢山深林，最易藏奸，非總兵不足以資彈壓。況安平水師及南北路副、參各員，與臺灣副將職位不相上下，有事勢必各懷己見，非若總兵可行調度。今若將總兵設在彭湖，與臺灣懸隔，往來船隻俱候風時；臺灣水陸各營儻有緊急事機，不能朝發夕至。是彭湖固臺灣之門戶，而臺灣實彭湖之腹心，形勢重於彭湖，關係沿海各省要害。請將總兵仍設臺灣，庶得居重馭輕之道，以造海宇無疆之福」。提督姚堂亦為陳請，仍照舊制駐劄。
安平水師額設戰船：中營平字號十八號，內趕繒十、雙篷艍六、雙篷■〈舟古〉二；左營定字號十六號，內趕繒八、雙篷艍八；右營澄字號十八號，內趕繒十、雙篷艍八。彭湖水師額設戰船：左營綏字號十八號，右營甯字號十八號，與安平中、右營同。趕繒長四、五丈至七、八丈，雙篷艍長二丈至五丈。設為分、總巡哨之法，每年二、三、四、五月為一巡期，六、七、八月為一巡期；輪撥本營將備一員帶領兵船四分巡所轄洋面，副將統領兵船四總巡各營所轄洋面。大趕繒配兵六十、小趕繒五十、大艍四十、小艍三十四。巡期滿日，官兵船隻撤回安平水次。十月至正月，各船配兵一半，於本轄水汛巡哨。澹水營舊撥左營趕繒二，近又撥道標波字號趕繒四；又道標雙篷艍四，亦歸鎮標。各船三年小修、六年大修、九年再大修、十二年拆造；小修自三十兩至一百五、六十兩，大修自四十兩至二百三十餘兩，拆造自五十兩至三百六十兩不等。
鳳山打狗港距鹿耳門水程三更，北風盛發，鹿耳門港道狹隘，舟不得進，而打狗可揚帆直入，由此登岸者甚多。水師把總配哨船二隻，領兵防汛。下澹水離邑既遠，奸宄易滋，陸路千總領兵防汛。此二處，為南路水陸扼要之地。
偽鄭在臺，民人往來至半線而止。自歸版圖後，澹水等處亦從無人蹤。故北路營汛，止大肚安設百總一名，領兵防守；沙轆、牛罵二社，則為境外。自海盜鄭盡心脫逃，部文行知：夥盜供稱鄭盡心約在江、浙交界之盡山、花鳥、臺州之魚山、福建臺灣之澹水等處藏匿；維時總兵崔相國分撥千總一員領兵分防澹水。自後遂以為常，而業戶開墾，往來漸眾。
鎮標原額兵三千三百五十名，道標兵三百六十名。康熙六十一年，提督姚堂奏准將道標裁歸鎮標。安平協二千五百名，彭湖協二千名，南路營八百九十名，北路營八百九十名，澹水營五百名；全郡共兵九千四百九十名（合撥閩省將軍兵五百名，共一萬）。六十年，總督滿保疏請於府治增一千名，四面協護。南路增一千名，以五百駐岡山，前護本營，後護府東，並保護羅漢門口；以五百駐下澹水、新園，後護本營，前查龍橋東之阿猴林等處。北路增一千名，以五百駐斗六門，後護半線，前護本營，並查笨港海口，防禦生番；以五百駐半線，後護澹水，前護斗六門，稽查鹿仔港，防護大江口。再北路營去府兩日，又有大河，不能即時接應，於適中之地亦應增五百名，前則協護府治，後則稽查北路橫港海口，堵截內山。共計增兵三千五百名。九卿議覆：「匪類聚眾為亂，並非兵少之故；添設官兵，甚屬無用」。遂寢其議。
癸巳九月，福督范時崇題准：在臺逃亡汰革兵丁，不得在臺募補，應於各原營挑選年力精壯有家業者，計有十名以上，即撥百隊一名，押往補額。兵米：鎮標三營，臺邑支給；安平水師，鳳山支給；彭湖水師，諸羅支給。
半線、澹水兵米，向皆折給：半線每石連腳價至九錢，澹水每石連腳價至一兩五錢；盡派里民。邑令周鍾瑄於半線建倉三間，貯榖三千七百有奇；澹水建倉二間，貯谷千餘；隨便撥補，就地礱給。
偷渡來臺，廈門是其總路。又有自小港偷渡上舡者，如曾厝垵、白石頭、大擔、南山邊、鎮海、岐尾；或由劉武店至金門、料羅、金龜尾、安海、東石，每乘小漁船私上大船。曾厝垵、白石頭、大擔、南山邊、劉武店係水師提標營汛，鎮海、岐尾係海澄營汛，料羅、東石、金龜尾系金門鎮標營汛，安海係泉州城守營汛：各汛亦有文員會同稽查。余有清臺地莫若先嚴海口一疏。
近海港口哨船可出入者，只鹿耳門、南路打狗港（打狗山南岐後水中有雞心礁）、北路蚊港、笨港、澹水港、小雞籠、八尺門。其餘如鳳山大港、西溪、蠔港、蟯港、東港（通澹水）、茄藤港、放■〈糸索〉港（冬月沙淤，至夏秋溪漲，船始可行）、大崑麓社、寮港、後灣仔（俱瑯嶠地）、諸羅馬沙溝、歐汪港、布袋澳、茅港尾、鐵線橋、鹽水港、井水港、八掌溪、猴樹港、虎尾溪港、海豐港、二林港、三林港（二港亦多沙線，水退去口五、六里）、鹿仔港（潮長，大船可至內線，不能抵港，外線水退，去口十餘里，不知港道，不敢出入）、水里港、牛罵、大甲、貓干、吞霄、房里、後壟、中港、竹塹、南嵌、八里坌、蛤仔爛，可通杉板船。臺灣州仔尾、西港仔、灣里，鳳山喜樹港、萬丹港，諸羅海翁堀、崩山港，只容■〈舟古〉仔小船。再鳳山岐後、枋寮、加六堂、謝必益、龜壁港、大繡房、魚房港，諸羅冂仔、穵象領，今盡淤塞，惟小魚船往來耳。山後大洋，北有山名釣魚臺，可泊大船十餘；崇爻之薛坡蘭，可進杉板。
沿海暗沙險礁，哨船龍骨艱於駕駛。即有可以開駕者，必俟潮水平時方可進港，否則沙堅水淺，終於望洋港外；更值風暴，又無收泊之所。或云：當改製杉板■〈舟古〉仔數隻，質輕底平，隨波上下，易於巡防，隨處可以收泊。高知府鐸云：「朱逆之變，士民避亂，及平臺後，商旅貿易，乘■〈舟彭〉仔等平底船，在洪濤巨浪中，往來如織。康熙壬寅五月，水師營雇坐■〈舟彭〉仔出哨，遭風失桅，飄至浙江黃巖，人船卒致保全」。是在內港既屬相宜，即外洋亦可無患。
鹿耳門砲臺，今圯。砲十五位，中、左、右三營各五位；以木架之，中有一樞，隨向轉動，名曰轉輪砲。雍正甲辰，總兵林亮新修砲架，上橫梁前後各長四尺，中實三尺，下橫梁前後各長五尺，中實三尺，上下直梁各長四尺，梁柱各五寸，四方直柱各高四尺，接筍處俱裹以鐵，下坐板厚三寸、橫八尺、闊七尺，柱腳木九根，圍一尺八寸、長五尺、入地四尺五寸。蓋以木為之，如屋頂式，可以避風雨剝蝕；兩邊用環勾牽，然砲時掀下極易。
修造哨船工料：大吉木（八丈以上）、中吉木（六丈以上，俱杉木名）、浮溪木（松柏木）、高洋木（即土杉木，福州出）、舵、碇、龍骨（每丈配桅一丈二尺）、大桅（趕繒長八丈二尺、圍六尺五寸，篷艍長五、六丈、圍四尺五寸）、頭桅（趕繒長六丈、圍四尺，篷艍長四丈五尺、圍三尺五寸）、大櫓、小櫓、大小風篷、大小桅餅（大木圈，或十餘、或數個，用套大桅，便於起篷）、大小無底升（亦木圈。風篷掛於桅上、用木圈以動之。趕繒一千三百個，雙篷艍七、八百個）、樟梁、頭梁座、大桅座、頭桅座、頭尾托浪板、斗蓋、水櫃、頭禁水（鑲船頭木）、尾禁水（鑲船尾木）、上金（尾樓邊高起木）、下金（在船尾水內，用以拴舵）、招（船頂上招子，便於頭起也）、撐面（艙蓋）、扛罩（艙口直木。此木自官廳口起至大桅兜止，所罩艙之撐蓋，俱扛於此，故名；隔艙板木，乃橫木也，在大桅處名■〈人?口，上中下〉檀，又曰梁頭，在各艙則名堵經）、披枋（杉木板，隔船兩邊水）、笨枋（船頂板，在戰棚枋之下）、占櫃（鋪官廳頂蓋）、覆竹（船兩旁所釘樟木）、車戰棚（杉木板，重鋪笨枋上）、車耳（扯篷起碇索縛於此）、穩仔（水蛇下灣木）、大繚極（係大繩索木）、灣極、直極、頭尾八字極（俱樟木，用以鑲船）、屈尺極（媽祖堂前兩灣樟木；大趕繒用，雙篷艍無）、番
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