隋朝继承西魏、北周的府兵制，并进行了一些改革。
西魏实行府兵制以来，府兵是职业军人，编入军籍，不属于军府所在地的州县官府管辖。府兵拖家带口，家属随军营流动居住，编为军户，不属民户。隋朝为了平定江南的陈政权，仅用于前线执行军事任务的府兵便有五十一万八千名之多。开皇九年（589），平陈大功告成，自西晋末年以来长达二百七十多年的分裂局面告终，国家复归于统一。隋朝初建时，人口只有北方将近三百六十万户，这时把江南的五十万户纳于麾下，总口数达到三千多万。国家的统一呼唤和平和安宁，金戈铁马退居次要地位，男耕女织由田园牧歌变成时代的主旋律。对于如此众多的府兵，在刀枪入库、马放南山的情况下依然由国家包下来，不但成为国家沉重的经济负担，也不利于利用闲置力量去发展社会生产。开皇十年（590），隋文帝下了一道改革府兵制的诏令。这位聪明的皇帝隐瞒了自己内心深层次的考虑，却侈谈自己如何怜悯战争年代府兵及其家属的痛苦景况。他在诏令中先说："魏末丧乱，宇县瓜分（国家分裂），役车（战车）岁动，未遑休息。兵士军人，权置坊府，南征北伐，居处无定。家无完堵（居家没有完整的墙壁），地罕包（苞）桑（驻地没有自己的树木），恒为流寓之人，竟无乡里之号。朕甚愍之。"然后表示为了解除士兵及其家属的困苦处境，国家做出这样的规定："凡是军人，可悉属州县，垦田籍帐，一与民同。军府统领，宜依旧式。罢山东（河南陕县崤山以东地区，因在河南灵宝市秦函谷关以东，又叫关东）河南及北方缘边之地新置军府。"（《隋书》卷2《高祖纪下》）这样，华北地区及沿边地区新设立的军府予以撤销，必然裁减下来一批府兵。保留府兵身份的人，依然编入军籍，归军府统领，但自己及家属又隶属于所在州县，同当地农户一样，按均田令分得土地，登记户口，建立籍帐（户口、赋役文书），有固定的住处和产业，从事农业生产。这就把兵民分治改变为兵民合治，将府兵制和均田制结合起来，兵农合一，寓兵于农。这是在国家统一后的和平环境里，百废待兴，人手不足，既要保持一支军队，又要利用劳动力从事生产，而在军事方面进行的改革。同时，隋文帝把军府命名为骠骑府，正副长官为骠骑将军、车骑将军；军府隶属于中央的十二卫。
大业三年（607），隋炀帝把机构和职官的名称作了一些改动。骠骑府改称为鹰扬府，正副长官为鹰扬郎将、鹰扬副郎将（两年后改称鹰击郎将）。十二卫名称的更改情况是：左右卫改为左右翊卫，左右备身为左右骑卫，左右武卫名称依旧，领军为左右屯卫，加置左右御，左右武候为左右候卫，等等；各设大将军一人、将军二人。这时，府兵主要的军事任务是宿卫京师，保卫皇帝，因而通称为卫士或侍官。他们分班轮流执行任务，分配到十二卫中，隶属于左右翊卫者称为骁骑，隶属于左右骁（骑）卫者称为豹骑，隶属于左右武卫者称为熊渠，隶属于左右屯卫者称为羽林，隶属于左右御卫者称为射声，隶属于左右候卫者称为佽（cì）飞。除了宿卫京师，扈从皇帝巡幸，府兵还承担征战、戍边任务。
大业五年（609），隋朝的户口统计数达到极盛，共有八百九十万七千五百三十六户，四千六百零一万九千九百五十六口。兵农合一同时意味着农民中的丁男（18-60岁，后改为22-60岁）都要承担兵役，因而兵源大为拓展，随时可以征发巨量的兵力。隋炀帝为发动收复辽东故土的战争，"增置军府，扫地为兵"。（《隋书》卷24《食货志》）农民不堪负担沉重的兵役，纷纷把自己的四肢弄成残废，失去披坚执锐、长途跋涉的能力，以逃避军旅生活，因为以祸得福，反倒把残缺不全的手足叫做"福手福足"。（《资治通鉴》卷196）尽管这样，大业八年（612）正月首次用兵，仅陆军就多达一百一十三万三千八百人，集结于涿郡（治今北京市），分批奔赴辽东战场。这次用兵历时半年，最终失败。紧接着的两个年份，又连续两次用兵，都没有收到预期效果。隋军失败了，但府兵并不是大量地暴尸沙场，而是乘机大批逃散。
隋军在辽东战场的失败，有多方面原因。天时、地利、指挥、运输等原因，这里不涉及，需要指出另外两方面的原因。其一，兵农合一以后，府兵等同于农民，把力量用于生产，军事操练必然薄弱，军事素质下降，不能适应战争的需要，自是符合逻辑的事。其二，府兵有了产业，打仗时必然存在后顾之忧，用心不专，斗志不强。在第一次征辽军队出发之际，隋炀帝下诏说：征辽府兵"莫不执锐勤王，舍家从役，罕蓄仓廪之资，兼损播殖之务"；因而责成官府对府兵家属的生产予以调剂，生活予以照顾，以便"行役无顾后之虑"。这次惨败出乎他的意料，他必然要对军事制度做出反思，制定对策。于是在第一次出兵的次年，即大业九年（613），先是正月下诏："征天下兵，募民为骁果，集于涿郡"；接着八月又"制骁果之家蠲（juān，免除）免赋役"。（《隋书》卷4《炀帝纪下》）可见和亦兵亦农的府兵不一样，骁果是从民众中招募而来的职业兵，脱离生产
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