在唐代，无论是实行府兵制还是募兵制，最高的军事机构都是十六卫。
唐代十六卫由隋代的十二卫和十六府演变而来，名称几经变更，稳定的称谓是左右卫、左右骁卫、左右武卫、左右威卫、左右领军卫、左右金吾卫、左右监门卫和左右千牛卫。十六卫中，以左右卫为核心，总领五府、折冲府或彍骑。府兵制时期，左右卫各自直接统辖六十个军府，其余各卫统辖四十至五十个军府。剩余的军府归太子东宫六率府统辖。卫士分隶各卫，有不同的名称。归属十六卫的卫士，名称因袭隋代十二卫旧制，左右卫的称为骁骑，左右骁卫的称为豹骑，左右武卫的称为熊渠，左右威卫的称为羽林，左右领军卫的称为射声，左右金吾卫的称为佽飞。此外，归属东宫的卫士，左右卫率府的称为超乘，左右司御率府的称为旅贲，左右清道率府的称为直荡。
十六卫各设大将军一人，正三品，将军二人，从三品，以及一些负责具体事务的其他官员。贞元二年（786），唐德宗为了优宠功臣，又在十六卫各设上将军一人，从二品。十六卫长官的遴选，要考虑绝对忠于朝廷。贞观十六年（642），唐太宗表彰左卫大将军李大亮，说："公敦懿其心，诚善事主，每行夜自当丙夜（深更半夜），遣郎将、中郎将行甲乙丁戊等夜，身先于人，真将军也。"（《唐会要》卷71《十二卫》）又说："至公宿直（值），我便通夜安卧。"（《旧唐书》卷62《李大亮传》）李大亮死后，唐太宗非常悲恸，诏令陪葬于自己的陵墓昭陵旁。唐玄宗时期的宦官杨思勖（xù）、高力士，都被授以右监门卫将军的头衔，所以人们见到高力士，称他为高将军。左右监门卫有把守宫城各门、核对出入人员门籍（通行证）的任务，宦官在皇宫供职，因而可以担当这项职务，十六卫中其它职务，不能授予他们。杨思勖多次奉命出征，"以军功累加辅国大将军"，"又加骠骑大将军"（《旧唐书》卷184《杨思勖传》），但这两个称谓都不属于十六卫系列。十六卫大将军头衔也授予北方民族政权入朝、归顺的王公贵族。初唐突厥族突利可汗入朝，唐太宗拜他为右卫大将军；中唐回纥亡国，贵族嗢（wà）没斯来投，唐武宗拜他为右金吾卫大将军。这样做是为了安排、优宠外族首领，同利用其余被拜官者的能力来供职有别。
十六卫负责宫禁宿卫，被看作是天子禁军。天子禁军有所谓南北衙兵之分。十六卫驻守在宫城南面的皇城内，负责宫城、皇城的守卫，因而称为南衙兵。南北衙兵的同时设置，除了用以维持治安以外，还有互相牵制的用意。安史乱中，京师长安盗贼充斥，宦官李辅国请选五百名北衙羽林军骑士代替南衙金吾卫在城区巡逻。宰相李揆上《请罢选羽林骑士备巡检疏》，说："昔西汉以南北军相统摄，故周勃因南军入北军（陈寅恪说应作'因北军入南军'，见其《唐代政治史述论稿》第52页，上海古籍出版社，1982），遂安刘氏。皇朝置南北衙，文武区分，以相伺察。今以羽林代金吾警夜，忽有非常之变，将何以制之？"（《全唐文》卷371）唐肃宗于是作罢。
南衙十六卫的宫禁宿卫任务有一定的分工。核心机构左右卫依据名籍，把士兵分配到各卫，执行宿卫任务。左右卫的士兵平时在内廊阁门外分为供奉仗、亲仗、勋仗、翊仗、散手仗等五仗，坐在东西廊下。皇帝御临正殿，左右卫士兵以黄旗仗为标志，列队分别站在两阶，在正门内，以挟门队坐在东西两厢。在他们的下面，依次站着左右骁卫、左右武卫等士兵。正殿前举行大朝会时，左右骁卫的士兵以黄旗队和胡禄队坐在东西廊下，左右武卫、左右威卫和左右领军卫的士兵，分别身着白色、黑色和青色的铠甲，手执旗帜、兵器，列于左右两厢。
左右监门卫掌管宫城、皇城诸门禁卫和门籍，左右卫、左右骁卫也参与诸门值勤工作。凡官员朝见、奏事或奉敕入见，以及仪仗出入，左右监门卫都要勘验门籍或诏敕，检查出入人数。皇帝巡幸，左右监门卫依照一定的仪仗在皇帝起居的衙门之下监守。
左右千牛卫负责宫殿侍卫和供御仪仗。千牛备身左右手执弓箭，宿卫皇帝，皇帝坐朝时，在御前左右行施防护职责。
左右金吾卫负责京城的昼夜巡警，"以执御非违"（《旧唐书》卷44《职官志三》），因而任务最为庞杂繁忙。京师朱雀门大街以东的万年县为左街区，以西的长安县为右街区。金吾卫设置左右街使，分别负责左右街区主干街道的昼夜纠察巡逻。有时候，一些正常的人际关系，左右金吾卫也作为情报向上汇报。唐德宗《听朝官伏腊过从诏》对此加以阻止，说："比来朝官或诸处过从，金吾皆以上闻。其间如素是亲故，或会同僚友，伏腊岁序，时有往还，亦是常礼，人情所通。自今已后，金吾不须闻。"（《全唐文》卷53）在外郭城的城门和坊里的角落，设有武候铺，由金吾将士站岗、值勤，按照规定的时间启闭城门。大城门百人，大铺三十人，小城门二十人，小铺五人。白天金吾卫委派排门人远望，夜禁后委派持更人远听。二更时分，街使以骑卒在各条街上巡行叫呼，武官暗中察探。捉铺持更者夜间发现行人，要立即盘问，不回答就拨动弓弦以警告，再
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