处的特殊地位，和它在光复进程中的贡献，陈其美的沪军都督地位一时难以动摇。但已引起双方明争暗斗，颇为激烈。
陈其美与苏州的同盟会组织素有联系。在苏州同盟会以柳成烈为主脑，有骨干分子蒯际唐、删佐同、程宏、徐国华、吴康寿、朱葆诚等，都是策划酝酿苏州起义和响应革命的活跃人物。联军攻克南京时，朱葆诚、吴康寿、程宏等人都参加了沪军洪承点部队。攻克南京后，朱葆诚被提任为沪军先锋队第2联队队长，吴康寿为朱葆诚部第1营营长，程宏也是该部军官。1911年底，朱葆诚部调回苏州，扩编为“先锋团”。这个先锋团，名义上属江苏军政府，实际上却是沪军都督陈其美系统的武力。陈其美为便利蒯际唐、蒯佐同在苏州活动，特委任蒯际唐为沪军都督府特派联络员，蒯佐同则由上海“共和协进会”委派组织苏州分会。
陈其美用柳成烈、蒯际唐、蒯佐同和朱葆诚掌握的先锋团，联合驻苏州的原新军45、46标，准备在条件成熟时，发动兵变，把程德全赶下台。黄兴提出辞留守并荐程德全接收留守府，江苏就将完全被程德全控制。陈其美便决定发难倒程。柳成烈等组织了“洗程会”来领导这一行动。策划在6月1日由先锋团首先发难赶走程德全，举陈其美为江苏都督，陈不在苏州时，由柳成烈代理江苏都督。
但是，由于事机不密，被程德全所挫败。蒯际唐、蒯佐同、程宏、吴康寿4人被捕杀，先锋团被包围缴械，柳成烈逃走，朱葆诚被判永远监禁。
程德全在苏州处理了“洗程会”事件后，准备去南京接收留守府军政事宜。这时，谭人凤、范光启等，和同盟会南京支部幻想让袁世凯改委黄兴代替程德全为江苏都督，这倒像是让败下阵来的将军重新上阵。6月4日，谭人凤通电袁世凯说：
近且许黄留守请愿取消，而以10余师两月未发饷之兵，畀之老病龙钟之程都督，敢信其能维持现状乎？东南动摇，北面随之，民国前途，何堪设想！乞收回成命，或改委留守为江苏都督，则危局尚能支持。革命党断无拥兵自卫之心，如以谗慝之言存疑，窃恐贻误天下也。
范光启和同盟会南京支部也分别致电袁世凯，要求袁世凯改任黄兴为江苏都督，言词激烈。
但黄兴已授袁以柄，袁便“理直气壮”地复电曰：“此次取消留守，本因黄君再三电请，无计可留。参以实行统一大义相责，故不忍强迫以累其盛德。至程都督接收军队，即系黄君再三力保，且称于南方军队决不受其影响。来电谓政府猜忌英雄，利用老朽，实未知兹事真像。南北统一，方消化意见之不暇，岂宜轻动恶感，为谗拘者所中伤。务望竭力维持，以维大局。”
袁世凯据此回答，谭人凤、范光启等无言以对。黄兴在6月14日交卸留守职务、退居上海的第2天，北京便发生了袁世凯逼走唐绍仪的事件。
唐绍仪原来是袁世凯的亲信，但在上海议和期间，唐绍仪的态度已引起袁世凯一些猜疑。唐绍仪南下组阁加入同盟会后，在一些问题上站在同盟会一边，同袁世凯发生了分歧。
唐绍仪到南京组阁，参议院正式向唐提出由柏文蔚任山东都督，王芝祥任直隶都督。袁世凯答应王芝祥为直隶都督，作为革命党人放弃陆军部总长的交换条件，但却坚决反对柏文蔚任山东都督，由此引起双方激烈的斗争。革命党人所领导的烟台军队万余人反对周自齐任山东都督，在烟台的山东省临时议会也通电反对周自齐任山东都督。袁世凯则通电声明：并未令柏文蔚代周自齐山东都督。唐绍仪颇接近同盟会的倾向，他向孙中山建议，用政治手法对付袁世凯。他同袁世凯不断发生争执。
蔡元培等人在袁世凯策动北京兵变期间，曾同袁世凯达成临时政府北迁时可派军队护送的协议。现在袁世凯又口头上接受王芝祥为直隶都督，同盟会就要求袁尽快发表委任王芝祥的命令，并由王芝祥率领军队3000人护送参议院和在南方的国务员北上就职。唐绍仪就这两件事向袁提出后，袁世凯立即复电唐绍仪，表示拒绝。
革命党人并没有因袁世凯的反对而放弃派兵护送参议员北上的决心，决定派由广西开到南京的3000军队，在王芝祥带领下北上。袁世凯见通过唐绍仪阻止南军北上，未能奏效，一面利用报纸大造阻止南军北上的舆论；一面唆使北洋军将领冯国璋等人、北京的社团和黎元洪致电唐绍仪，反对南军北上。最后，驻宁赣军因军饷不足，发生兵变，派军护送参议员北上的事，才不了了之。
临时政府北迁之后，唐绍仪再次向袁世凯提出王芝祥任直隶都督之审，袁世凯仍一口应下。唐绍仪便电邀王芝祥进京就职。袁世凯表面上对王赞誉不绝，但直隶是他老巢，卧榻之旁，岂容他人鼾睡。他背后指使直隶北洋军5路将领通电反对王芝祥。直隶各团体针对北洋军的反对，纷纷通电表示拥护王芝祥为都督。于是，袁世凯命令国务院以传达他的命令的形式，通令不准直隶各界随意欢迎王芝祥，同时以军队反对为借口，改任王芝祥为南方军队宣慰使。
唐绍仪表示反对，他当面对袁世凯道：“政府不能以军队反对为理由失信于民。前既答应，现在何能食言？”
袁世凯赖账道：“是你答应的，我并未予闻。王系革命党人，若使督直，不啻引狼入室，将来他和南方联合，我们尚有余地吗？”
“这是责任内阁职权。国务院会议因不用王芝祥为直隶都督，将全体辞职。”
“吾为总统，乃受全国委托。吾之用人，乃以国家为前提，且以不违背约法为标准。国务员中如有告病者，可以告病。倘以同盟会为要挟工具，则吾将开全国大会公布天下。”
唐绍仪拒绝在袁世凯给王芝祥的委任状上副署，袁不顾唐的反对，公开破坏《临时约法》规定的大总统必须由内阁副署的规定，不经唐副署，将委任令交给王芝祥，并给王一笔远远超过实际需用的宣慰使公费，示意王可以包办一切，省下的公费一律不必上缴，要王芝祥立即返回南方，给唐绍仪以难堪。
在内阁各部组建过程中，在人员安排上，唐绍仪又同袁世凯发生矛盾。内阁会议决定，各部组织实行原来南北各部人员同时兼顾的原则。唐绍仪为了表示南北合作，主张多用南方人。但袁世凯则明令各部总长：“官制虽改，断不能全换新手，仍当照前委任，或略更调而已。”
袁世凯的亲信赵秉钧、段祺瑞得到袁的尚方宝剑，在用人问题上便同唐绍仪大闹起来。赵对唐大加诘责，词极严厉，彼此遂大起冲突，几至用武。赵秉钧并以辞职相威胁。最后，唐不得不退让，即与赵约决不干涉内务部中用人之权。陆军总长段祺瑞，在陆军部用人问题上同唐绍仪争吵。段祺瑞先是推荐其心腹、日本士官学校第8期毕业生徐树铮任陆军次长，但群滋不悦，不得不接受唐绍仪的意见，改任原南京临时政府陆军部次长蒋作宾任次长，并电其拣带司员北来。但又不等蒋作宾到京，抢先委任王赓等5人为司长，致使蒋由南带来80余人，无从一一位置，蒋大为愤懑，因之与段颇起龃龉。后经调停，于原订5司之外，添设3司安置南来诸员，并议定：“以后司长由段荐任，蒋不得预闻，科长以下则由蒋委任，段亦不干涉，并以段所推荐的徐树铮任秘书长。”
内务部和陆军部情况如此，其他外交、海军、财政各部，也大体相同。唐内阁虽然成立起来，但袁世凯不仅将内务、外交、陆军、海军、财政等要害部门夺去，而且在唐内阁成立后，千方百计地缩小内阁权限，企图把唐绍仪架空。
但是，革命党认为责任内阁制直接关系到民主共和制度的成败，绝不能听任袁世凯随意破坏。根据《国务院官制》规定，临时大总统公布法律、发布教令及其他有关国务的文书，须有国务总理或全体国务员或总理与有关国务员副署。如果不经国务院总理和国务员副署强行公布，那就是违法越权。这对袁世凯想推行专制独裁来说，无疑是一个很大的限制，这是袁世凯难以容忍的。而唐绍仪加入同盟会后，在政治上明显的倾向同盟会，在内阁中，每有要事，必就商于农林总长宋教仁、教育总长蔡元培。他们决心推行责任内阁制，事事咸恪遵约法，袁世凯以每有设施，辄为国务总理依据约法拒绝副署，致不能为所欲为，深滋不悦。袁世凯决心等待时机，把唐绍仪赶下台。
一波未平，一波又起。自黄兴在4月29日通电反对在苛刻条件下借外债、提倡开国民捐来解决财政问题以后，很快掀起反对在严酷条件下进行借款的声浪。这时，唐绍仪同4国银行团代表会晤，唐绍仪拒不接受银行团代表提出的对中国财政进行监督等条件，于是谈判陷于破裂。
谈判决裂的当天，唐绍仪同财政总长熊希龄一起去见袁世凯。唐绍仪同袁世凯、熊希龄在贷款问题上出现分歧。唐主张施行强迫公债及不换纸币等办法抵制外债。他说能出万元之资本家，中国尚不为少，得千人便是千万，且欲强行不换纸币。袁、熊均不以为然，并密电黎元洪、黄兴、孙中山征求意见。黄、孙赞成唐之政见，黎则极端反对。袁决定改派熊希龄负责同银行团谈判，同时指使拥袁报纸，就借款事对唐绍仪进行攻击。
在袁的策划下，参议院开秘密会议，内阁成员出席。会上，不少共和党籍参议员就借款问题对唐绍仪进行诘责，有人说唐总理失信于国民，外见嫌于邻国。现在时势统一南北之责任全在总理，而总理之责任几乎全在借债以济焦眉之急。唐总理于借债事件已误大事，若留以当国，于将来外交财政上，必大受其苦，定不日提出弹劾案。共和党参议员张伯烈攻击唐为“亡国总理”。另一共和党议员李国珍登台演说，指责唐在借款问题上的失败：“非彼唐总理一身之辱，实致吾民国将为埃及之恶因。”
唐绍仪在参议院受种种逼迫后，异常愤恨，到国务院时一言不发，裂眦咬牙，自谓非立时辞职不可。当晚，唐向袁世凯提出辞职。6月15日，出现了轰动一时的唐绍仪被袁世凯逼走的事件。
唐绍仪离职去天津，正中袁世凯下怀，但他表面上还派人赴天津对唐慰留。6月17日，袁世凯任命其亲信外交总长陆征祥暂行代理国务总理。
唐绍仪是为了民主共和制度、维护约法尊严才离职的，同盟会理应给唐以有力的支持，站出来公开揭露袁世凯的违法行为。但同盟会本部没有这样做，它于6月20日派代表张耀曾、李肇甫、熊成章、刘彦4人去见袁世凯，说：“唐内阁成立以来，一切政务不能着手进行，实因党派意见不一致之故；因为唐内阁不是纯粹的政党内阁，当然有此弊病。鉴于混合内阁的失败，今后应组织政党内阁或无党派的超然内阁，如果再组织混合内阁，同盟会决定不再参加。”
袁世凯明确地表示，他做总统期间，是不允许政党内阁出现的。他说：“诸君须知，吾国今日政党方在萌芽，纯粹政党内阁尚难完全成立。若再越数年，民国基础巩固，政党亦皆发达，人材辈出，届时余已退老山林，听诸君组织政党内阁可也。”
袁世凯表示将组织超然总理混合内阁：“非联合数党及无党派之人共同组织，则断不能成一完美之内阁。”
同盟会想通过袁世凯来实现在其议会中占绝对多数席位，并成立以同盟会为主体的政党内阁，这是与虎谋皮。袁世凯希望的是利用共和党去攻击同盟会，削弱同盟会在政府里的力量。
共和党视唐绍仪被迫离职为攻击同盟会千载一时之机会。它开秘密会议，决定对同盟会采取5项办法：
（1）为同盟会多布谣言，令机关报尽力攻击，使同盟会中人个个体无完肤。
（2）所有津、汉、沪报告均由党内寄稿，使一致进行。
（3）请某政治顾问谒袁，谓同盟会中人无健全分子，无学识无经验，更率引外人为后盾，谓外人不信用同盟会，要求袁世凯此后万万不可用会中人。
（4）今日再开全体职员会，广征意见，期藉此事将同盟会一网打尽。
（5）推举后补国务员，探闻拟定总理熊希龄、内务赵尔巽、外交刘成禺、陆军张勋、海军程璧光、（司法未详，有谓汤化龙或薛大可）农林那彦图、工商赵凤昌、财政叶景葵、教育梁启超、交通孙武。
共和党在上述5项方针下，开动宣传机器，大肆造谣，攻击谩骂同盟会和唐绍仪、宋教仁等。共和党本部发出通电说：“同盟会员实不宜再为总理。”共和党控制的报纸《神州日报》，以戏弄怒骂交加的方式
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