应桂馨、武士英二犯落网后，袁世凯惶恐万状。3月29日，他密电程德全说：“连接南方私人来电，宋案牵涉洪述祖，是否确实，究何情节，宜速查复，以为凭核。”接着，他又电催程德全报告“证据”，以谋对付办法。他的机要秘书张一麟也多次密电程德全，要他把牵涉中央的证据向英厅索取，派人送京，并特别叮咛说：“可不作正式报告。”但是，袁世凯当时还不能完全控制江苏和上海一带。
4月16日、17日，上海公共租界会审公堂先后将应桂馨、武士英二犯解交上海地方当局。18日，公共租界会审公堂又将英、法总巡在应犯家中搜获的凶器五响手枪1支，密电码3本，封固函电证据2包，皮箱1个移交上海地方当局。公共租界捕房总巡也当堂移交在应犯家内搜获的函电证据5包。这些罪证都由程德全、应德闳同上海地方检察厅长陈英检查验收。经过整理后，将有关紧要各证据共同盖印，并拍照片。在孙中山和黄兴的强烈要求下，4月25日，程德全、应德闳不得不将查获的函电证据公诸于世。其中最重要的有以下各件：
1913年1月14日，赵秉钧致应桂馨函中有：“密码送请验收，以后有电直寄国务院可也”等语，外附密码1本，上注“国务院‘应’密”。
1月25日应致赵秉钧电：“国会盲争，真相已得，洪（指洪述祖）回面详。”
2月1日，洪述祖致应桂馨函：“大题目总以做一篇激烈文章，方有价值也。”
2月2日，应致赵秉钧电：“孙、黄、黎、宋运动激烈，民党忽主宋任总理。已由日本购孙、黄、宋劣史，……用照辑印10万册，拟从横滨发行。”
同日，洪致应桂馨函：“紧要文章已略露一句，说必有激烈举动。弟（指应）须于题前经电老赵，索一数目。”
2月4日，洪致应函：“冬电到赵处，即交兄手面呈，总统阅后颇色喜，说弟颇有本事，既有把握，即望进行。”
2月8日，洪致应函：“宋辈有无觅处，中央对此似颇注意。”
2月12日，洪致应电：“来函已面呈总统、总理阅过，以后勿通电国务院，因智（赵秉钧字智庵）已将应密本交来，恐程君不机密，纯令兄（洪自称）一手经理。”
3月10日，应桂馨致洪述祖电：“八厘公债，在上海指定银行，交足六六二折，买350万，请转呈，当日复。”
3月13日，应桂馨致洪述祖函：“《民立》记遁初在宁之演说词，读之即知近来势力及趋向所在矣。事关大局，欲为釜底抽薪法，若不去宋，非特生出无穷是非，恐大局必为扰乱。”
同日，洪述祖致应桂馨电：“‘川’密‘蒸’电已交财政总长核办，债止六厘，恐折扣大，通不过。毁宋酬勋，相度机宜，妥筹办理。”
3月14日，应桂馨致洪述祖电：“梁山匪魁（指宋教仁），四出扰乱，危险实甚，已发紧急命令，设法剿捕之，转呈候示。”
3月18日，洪复应电：“寒电立即照办。”次日又电：“事速照行。”
3月21日凌晨2时，武士英刺杀宋教仁后不到4小时，应致洪述祖电：“24分钟所发急令已达，请先呈报。”同日又电：“号电谅急，匪魁已灭，我军无一伤亡堪慰，望转呈。”
3月23日，洪述祖致应函：“号、个两电悉，不再另复。
鄙人于4月7日到沪。”
这些确凿的宋案证据公布后，舆论哗然，证据再明白不过地暴露了袁世凯是暗杀宋教仁的元凶。在孙中山、黄兴的要求和舆论的压力下，程德全、应德闳在公布宋案证据的同时，以案件牵涉到国务总理赵秉均，提出组织特别法庭审理此案。接着，孙中山和黄兴也在4月26日联名通电，要求严究宋案主名，他们所说的“主名”指的自然就是袁世凯。通电说：
宋案移交内地以后，经苏程都督、应民政长会同检查证据完毕。凡关于应桂馨、洪述祖、赵总理往来通电，已于有日摘要报告中央，并通电各省都督在案。此案关系重大，为中外人士注目，一月以来探询究竟者，无时不有。今幸发表大略，望即就近向都督府取阅原电。诸公有巩固民国，维持人道之责，想必能严究主名，同伸公愤也。孙文、黄兴。宥。
配合着程德全、应德闳对宋案罪证的公布和孙中山、黄兴要求严究宋案主名的通电，国民党人对袁世凯展开了更加猛烈的抨击。
孙中山自日本返沪的当天晚上，在黄兴寓所会商宋案对付办法。在座的有陈其美、居正、戴天仇等人。当时已经弄清刺宋由袁世凯指使已无疑问，孙中山对袁世凯的幻想完全破灭，主张速战，他语调低沉而缓慢地说道：
“袁世凯之出此，天性恶戾，反复无常，固其一端；他之所以敢于如此胡作非为，一是因为革命方略不行，这其中，我将临时大总统一职让袁，乃是我犯下的最大的政治错误；二是因为在中国，专制之毒麻木人心，习于旧污者，视民主政体为仇雠，伺瑕诋隙，思中伤之以为快，这些封建遗老和崇尚旧习者趋重于袁世凯，将挟以为推翻民国之工具，而袁世凯亦利用之以自便其私。积此两方面原因，袁世凯便有了铲除南方党人势力之计划，推倒民治，恢复帝制之野心，狙
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