一日天明，成功至臺灣外沙線，各船絡繹俱至鹿耳門線外。此港甚淺，沙壇重疊，海道紆折，僅容數武，大船從無出入，故夷人不甚防備。是日，水漲丈餘，成功令小船由鹿耳門登岸。午後大小戰船齊進，泊水寮港，登岸扎營。令陳澤督虎衛將坐銃船扎鹿耳門，牽制紅夷甲板船，並防北線尾。守赤嵌城夷長貓雞實叮發砲死擊營壘並焚馬廄粟倉。成功恐焚及赤嵌衛，令楊朝棟督張志統兵防禦。
初三日，陳澤扎營北線尾。守臺灣城夷長揆一見海師未齊，遣頭目拔鬼仔率鳥銃兵數百直前邀擊。陳澤迎戰，一鼓殲之。拔鬼仔戰死，餘夷退走。
初四日，赤嵌城夷長貓雞實叮以孤城救之，成功遣楊朝棟招諭之，遂率夷人三百餘人出降。成功令赤嵌夷招夷長揆一等來降，不從。時夷人尚有甲板船在港，令陳澤、陳廣等攻之，沉其一隻，焚其一隻，走回一隻。成功督師移扎七鯤身以逼之，築土臺架砲攻臺灣城。揆一等於附城、銃城齊放大銃，頃刻土臺崩壞，海兵退回。夷人出城奪砲，馬信、劉國軒率弓箭手射之，乃退。成功遂令赤嵌降夷架銃擊其銃城，崩之。派馬信等扎臺灣衛固守不攻，俟其自降，成功又使人告之曰：『此地乃先人故物，今我所欲得者地耳，餘悉以歸爾』；紅夷乃降。
成功派各鎮分扎汛地屯墾。
五月初二日，二程黃安、劉俊、顏望忠、陳瑞、胡靖、陳璋等到臺灣。
成功集文武各官，審宣毅後鎮吳豪搶奪民財，兼匿米粟，斬之；右虎衛陳蟒同罪，革職綑責，以黃安管右虎衛。
成功既得臺灣，制律法，興學校，改臺灣為偽安平鎮，赤嵌城為偽承天府，委楊朝棟為府尹；一為天興縣，委莊文烈知縣事；一為萬年縣，委祝敬知縣事。
六月十六日，銅山守將蔡祿、郭義搶掠居民，脅忠匡伯張進投誠。進詐許，置酒請會，欲發火藥與之俱焚。蔡、郭知之，不赴。張進遂縱火自焚。初，後提督萬禮密約海澄公黃梧，欲據思明州投誠，後隨攻南京被獲而死，已祀忠臣祠矣，事洩，成功撤其木主；蔡、郭是其黨也，故懼而叛。大兵入銅山城，兵官洪旭會忠勇侯陳豹統水師追之，蔡、郭同大兵退走。報至，成功拔總監營翁天祐鎮守，而厚恤張進之家。
七月，紅夷會甲板船至。成功調右武衛前協裴德協守臺灣。
張志、黃昭等激變大肚社土番，楊祖與戰，中標槍死。土番圍張志營，黃安、陳瑞等擊走之。
八月，紅夷率甲板船來攻。成功令陳澤同戎旗左右協水師擊敗之，獲甲板二隻、小艇三隻。自是甲板退入臺灣港，不敢復出。
朝命戶部尚書蘇納海至閩，遷海邊居民之內地；離海三十里村社田宅，悉皆焚棄。先是，達素兵至，成功令思明州撤空，其北人來降者，家眷乘隙皆渡海逃去。成功右提督班秀奇亦逃回江南，埋名不出，而原任漳州知府房星曄者，為索國舅門客，遂逃入京，使其弟候補通判房星曜上言，以為海兵皆從海邊取餉，使空其地而徙其人，寸板不許下海，則彼無食而兵自散矣；遂從其策。陞房星曄為道員，病死無嗣。至是，上自遼東，下至廣東，皆遷徙，築短牆，立界碑，揆兵戍守，出界者死。百姓失業流離，死亡者以億萬計。
蘇納海歸，薦同安總鎮施琅為水師提督，移鎮海澄。
十月，同安侯鄭芝龍為其家人尹大器出首通海，時今上新即位，四輔蘇克薩哈與鄭芝龍有隙，以初三日磔芝龍於菜市，殺其子孫家屬凡十一人，囚鄭芝豹於京師，錮守之。報至臺灣，成功叱為妄傳，然中夜悲號，居常鬱悒。
十二月，守臺灣城夷長揆一等乞以城歸成功，而搬其輜重貨物下船，率餘夷五百餘眾駕甲板遠去。成功遂有臺灣，改名東寧。成功以各社田土分與水陸諸提鎮，而各令搬其家眷至東寧居住。兵丁俱令屯墾。初至，水土不服，瘴癘大作，病者十之七八，死者甚眾。加以用法嚴峻，果於誅殺；府尹楊朝棟以其用小斗散糧，殺其一家；又殺萬年縣令祝敬，家屬發配；於是人心惶懼，諸將解體。
壬寅（康熙元年、海上稱永曆十六年）
正月，成功嚴諭搬眷。鄭泰、洪旭、黃廷等皆不欲行，於是不發一船至臺灣；而差船來調監紀洪初闢等十人，分管番社，皆留住不遣。島上音信隔絕。
三月，成功令周全斌調銅山、思明州兵攻南澳，欲擒陳豹。豹短小精悍，號「三尺陳」，守南澳近二十年，許龍、蘇利皆畏之；但驕傲專恣，數違藩令。兵至，倉猝率眾搬眷下船，不敢十分迎敵，揚帆入廣東投誠，朝命封為慕義伯。未幾，病疫而死。
四月，成功有寵妾董夫人在思明州，長子經亂之，生子。子生，報臺灣，成功大喜，高宴累日，問所自出，皆雲不知。既而微知之，大怒，命工官楊都事齎令箭到思明州，欲殺董夫人及長子經，並左右五人。首洪旭，經妻父也。黃廷與洪旭密謀；『國姓以盛怒命殺其子，國姓無他子，倘後而中變，喜怒不可知，不若姑緩之，須後命』。遂殺楊都事，不奉令。又訛傳周全斌奉密諭欲殺諸將十餘人，於是人人自危。洪旭等候周全斌船回廈門港，即執而拘之。黃廷勸鄭泰殺全斌，全斌求救於董夫人，洪旭亦依違，乃得免。
五月初八日，成功病卒於臺灣，遺命『子經不肖，不堪負荷，文武各官俾輔幼弟為臺灣主」。提督馬信、鎮將黃昭等宣遺命，以其弟鄭世襲護理大將軍印。未幾，馬信、黃安皆物故，世襲以黃昭、蕭拱宸為腹心，拔劉國軒管鎮事，謀自立。報至思明州，鄭泰、洪旭、黃廷、工官馮澄世、參軍蔡鳴雷等皆不從，立鄭經為嗣，稱世子，發喪即位。
時靖南王耿繼茂移鎮福建，與總督李率泰遣中軍王明、賞功李有功至思明州議撫，鄭泰等議照朝鮮例冠帶不薙髮復耿、李，使疏請，而泰遣中軍官楊來嘉同入京待命；後不報，釋楊來嘉回。
八月，京中差戶部郎中賁岱、兵部郎中金世德入閩安城招撫。凡海中文武官投誠者，依例照品級升降補用。
十月，洪旭、鄭泰等以兵千餘人配船，送鄭世子入臺灣。鄭經以周全斌為五軍，馮錫範為侍衛（澄世之子），陳永華為諮議參軍。至澎湖，其將李思忠船飄至臺灣，知諸將有謀，逃回；鄭經隨即防禦，因乘風入鹿耳門登岸。全斌令連夜伐木為寨紮營。次早，黃昭、蕭拱宸謀奉世襲拒經，值大霧，晝瞑，咫尺不相見，諸將多迷誤失期。惟黃昭兵先至，攻其前。黃昭攀木而登，為流矢所中，墮下。全斌令斬其首，大呼示眾，軍士皆迎降。大霧忽晴，日已晌午。鍾宇等至，皆反戈而迎。鄭經入安平鎮，請世襲至，待之如初。世襲委罪於其僕蔡雲，雲自縊；鄭經收蕭拱宸、李應清、曹從龍等斬之，餘皆不問。諸將營兵，撥守汛地如故。
十一月，鄭經率周全斌等同其叔世襲回思明州。後世襲入京歸命，授精奇尼哈番；顏夫人、鄭芝豹自戍所發回，准在京同住。
癸卯（康熙二年）
正月，鄭經駐思明州。時洪旭守思明州，鄭泰守金門，黃廷守銅山。鄭經得鄭泰與黃昭往來書，欲襲取之，鄭泰不自安，稱病不出。
張煌言黨偽靖波將軍阮英率文武各官，詣溫州投誠；浙督趙廷臣以聞。
三月，鄭經命周全斌船入海澄港取糧，欲襲金門，見有備，乃止。
四月，參將陳永華謀以鄭經將回東寧而請鄭泰為居守戶官，統轄諸鎮，資其餉給兵，鑄「居守戶官」印，遭協理吳慎齎至金門。泰遣其弟鳴駿入謝，鄭經慰諭之。見陳永華，與鳴駿情好甚密。鳴駿回，永華力勸其行，泰遂於六月初六日帶兵船並餉銀十萬至思明州。是晚，入城赴席，鄭經以其前通書黃昭，面質之，遂交與洪旭監留。周全斌率兵並其船，獨蔡璋一船得脫。天未明，至金門，鳴駿倉猝與泰之子纘緒率諸將及兵丁眷口下船，入泉州港，向總督李率泰投誠；船凡二百餘號，兵八千餘。全斌等追之不及。後京中封鳴駿為導義侯，纘緒為慕恩伯，文武官吏班賞敘用有差。
初十日，鄭泰見其子弟家眷兵眾皆入泉州港，遂自縊而死。
七月，鄭經以黃而輝為思明州知州，黃廷之子也。
蘇利反叛。二十七日，朝命兵部侍郎碩圖、郎中沙海、正黃旗副都統木克必兔、刑部郎中希福往廣東征蘇利。廣東總督盧崇俊奏報：『八月十二日，兵至南塘，蘇利親領萬眾迎敵。平南王尚可喜合兵擊之，賊始潰散。將軍提督督陣，賊屍滿野，官兵馳圍碣石，賊夜開門潛遁，我兵搶門而入，提督兵丁李起鴻陣斬蘇利，驗明屍首，投誠員役認項有疙疸是實，臣捐銀三百兩、馬一匹、袍帽緞疋賞之，以示鼓勵。蘇利家口，先期出城下海遯去』。
黃廷自銅山入見，鄭經慰諭之。
海中自鄭鳴駿入泉州，人心解體，鎮將多叛。右武衛楊富、左武衛何義、精忠伯陳輝等，文官參軍蔡鳴雷、禮官都軍陳彭等，皆先後投誠。
九月，荷蘭國王糾集甲板船十六隻，番兵數千，會靖南王耿繼茂、總督李率泰，約共攻兩島，候事定之日，欲求浯嶼築城貿易，如廣東香山澳例（後準納貢互市）。李率泰遂議平島。
十月，調齊水陸官兵。陸路提督馬得功督鄭鳴駿以船數百號出泉州港，水師提督施琅同海澄公黃梧出海澄港，靖南王耿繼茂同荷蘭國王扎營於同安港之劉五店。至期下船渡海。守高崎正兵鎮陳昇先約降。
尚可喜奏：『十月二十二日，蛋賊李榮、周玉稱奉永曆勒印，號「恢粵將軍」，直犯廣東省城。臣隨同撫、提二臣，調令現在船隻，前往擊賊。周、李二賊，揚帆遁走，砲船追襲八十里，至魚珠纜尾海面，賊援已至，與兵船對敵。地多沙淺，賊乘上風順水，燒哨船三、砲船十及水師舟一。暮夜收兵。二十三、四日，賊船東西搶掠。二十五日。賊攻順德縣南門，捆知縣王允下船。賊懸張偽示，沿海鄉村，為其造船。二十八日，臣據鎮臣張國勛報，會同密遣擺牙喇參領劉國保統馬步兵一千，協鎮將軍標下甲兵五十，提督甲兵五十八，擒燒村寨船隻。臣密諭鎮臣張國勛、班際盛統領戰船，水陸並進。T十日，周、李二賊率船一百二十三迎敵，鎮臣張國勛、參領劉文煥兩鎮，各營遊擊薛成虎等，提標遊擊苗英等，統領頭敵船，直前衝殺。左翼鎮臣班際盛、協鎮將軍王運昌、水師游擊張友才、參將劉光宗、提督守備文自炳等，統二敵戰船抄出夾攻。自午至申，飛跳賊船，擒斬賊眾，拋擲火罐，焚燒賊船，各賊踉蹌落水。馬兵往燒村寨，從大石海旁邀擊，奔岸之賊盡殲焉。劉文煥生擒偽「恢粵將軍」周玉，奪回杻■〈金巢〉知縣王允。本標官兵生擒偽軍師林輔並周玉母粱氏。各標共擒賊二百七十人，獲賊大船二十四，快船二十八，鐵盔甲、綿甲七百四十一，大砲、班鳩、子母、三眼、百子鳥槍四百六十九，虎叉、大刀、槍、籐簰一千九百一十六，火藥五十罈；燒賊船六十四，斬首二千六百三十七，遁去三十餘舟。劉國保統步騎至市橋，陸路賊放砲對敵，砲傷甲兵馬匹。我兵奮力追勦，賊逃至河邊，潮田泥淖，步騎難前，斬首二百三十四級，焚燒已未成大小船隻一百三十一。隨收兵大石海旁，見水師方與對敵，夾攻逃岸之賊，盡行勦殺。粵東環圍皆水，兵船不過七千，陸兵盈萬，勢難飛渡。逆首李榮夜遁，必將糾合復來。逆船尚多，未可輕視。伏乞亟造戰船，以收緩急之用』。
靖南王耿繼茂統陸兵趨潯尾，總督李率泰統陸兵次嵩嶼，提督馬得功統泉州各標水師自圍頭進，提督施琅統漳澄各標水師自海門進。十月初二日，繼茂先發；旗下都統王大用、纛章京夏有功等將步騎自泉州發；別遣駐防漳州左翼總兵徐成功、右副都統江元勳等自漳州發。初五日，兩軍俱次潯尾，對廈門高崎。
鄭經率黃廷、周全斌等立營對海。荷蘭國船高而大，一船有大小砲銃千餘號，橫集中流，為耿王、李總督藩蔽。賊望見我師駕遊奕數十艘，砲擊我營，營中亦發大砲擊賊舟。初六日午時，鄭經、周全斌統大■〈舟宗〉往來轉戰，砲攻我營。我兵發兵相持。初六日晚，賊精銳千餘，乘夜潛渡登陸，直逼游擊史定國營，火器弓矢并發，向營盤垛口槍刀砍刺。定國帶甲兵殺出營門，都統王大用督兵策應，刀箭砍射，砲傷落水賊無數，奪盔甲十一副，火筒噴筒二十餘，賊敗奔舟走，經■〈舟宗〉引去，餘舟仍扎高崎島上立營。
靖南王耿繼茂督發泉州、閩安水師，及藩旗都司陳一明將甲兵六百，又投誠同安伯鄭鳴駿、忠靖伯陳輝標下總兵楊富水師數十艘出海，聽馬得功調度。十二日，
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