在清除了甘肃的叛乱回民之后，左宗棠期望前往新疆去抗御阿古柏和俄国人。早在1874年2月他经上谕批准后，便要求张曜进军哈密，着手在那里举办屯田。［1］ 但是，左宗棠本人要到一年多时间以后——即1875年5月——才受命指挥向新疆进军的事宜，他的由刘锦棠率领的主力部队也要到1876年4月才从肃州出发开往新疆。由于北京作出了政治决策和授权左宗棠能动用巨额款项，这才使得他能够制定出耗资巨万的后勤方案，终于把总数达六万多的人马开进了清属突厥斯坦。左宗棠的远征是中华帝国最后一次向“西域”的大举征伐。他本人把他的武功比隆于汉唐两代。［2］ 另外，这是一场中国人的种族战争，可比之于清代中叶或唐代的远征。左宗棠为使新疆变成清朝的一个行省并使更多的汉族移民前往定居铺平了道路。但是，尽管他取得了胜利并且俄国人最后撤离了除伊犁一段地带以外的全部地区，但俄国早就在经济上控制新疆了。
由于清朝过去一直把新疆的戍守主要交给八旗兵，所以它在1874年8月任命景廉为督办新疆军务钦差大臣。景廉是乌鲁木齐副将，曾收复迤东的奇台。作为陕甘总督的左宗棠只奉命给景廉输送给养。
从当时形势和历史传统来看，收复新疆是一项不可避免的任务。因为，蒙古在东干人的刺激下也开始有些不稳。最近的研究表明，在回民偶尔侵袭蒙古（例如，1872年从肃州来的一支部队侵入了科布多，并焚毁了作为该城骄傲的黄庙）以后，“大股大股的武装蒙古股匪仿效东干人的榜样，也在这里出现了”。［3］ 如果容忍阿古柏伯克或俄国人占有新疆，骚乱也可能在蒙古蔓延。只是在1874年10月台湾危机（由于五个月以前日本军队在这里登陆而造成）解决以后，才对清朝是否可以避免收复新疆这一代价昂贵的冒险行动的问题，又展开了讨论。李鸿章在12月的一份奏折中建议可以承认阿古柏为清朝的藩属，把计议中收复新疆的大笔开支节省下来，移作海防之用（见第二章）。但满人政治家文祥，虽然也和别人一样切盼建立清朝的新式海军，可是他还是支持左宗棠的观点，即必须刻不容缓地进行新疆战役。文祥争辩说：“倘西寇数年不剿，养成强大，无论破关而入，陕甘内地皆震；即驶入北路，蒙古诸部落皆将叩关内徙，则京师之肩背坏。”文祥还相信，左宗棠的军队在甘肃受过战争考验，因此他们很可能在新疆打胜仗。［4］
一定是这最后一个考虑，才促使清廷把新疆军事托付给左宗棠，但是，远征必要的财力和物力必须予以认真的解决。作为给新疆战事负责运输和供应给养的驻节兰州的总督左宗棠，在1874年后期取得清帝的批准，能够通过他在上海的代理人向外国行号举债三百万两，举债办法与1867—1868年的安排相似。左宗棠解释说，虽然甘肃战争的最后几年中每年在西征饷项名下得到的协饷曾增加到七百余万两，但事实上他每年只收到五百万两，他需要借三百万两债来偿还所欠中国商人的债务。现在他正积极筹划新疆战役的后勤事宜，他建议在1876年1月向外商举债一千万两来完成这一准备工作。左宗棠的朋友、曾被左宗棠任命负责福州船政局的沈葆桢，这时是驻南京的总督和经营海防的两员钦差大臣之一，他很反对左宗棠的这一建议；可是，清帝仍授权左宗棠向外国方面商借五百万两债款，同时命令户部立即支付给他二百万两（这笔款子事实上是出自指定作海防用途的专款）。与此同时，清帝命令十二个省给左宗棠解送总数达三百万两的款项，以凑足他所需要的巨款。1877年终于从汇丰银行借到五百万两，分七年偿还，而以广州、福州、上海和汉口的海关收入作抵。［5］ 在从1875年到新疆战役基本上大功告成的1877年底这三年时间内，左宗棠共收到二千六百七十万两，平均每年收到八百九十万两。1878年，清廷批准左宗棠续借三百五十万两，其中半数借自汇丰银行，半数借自中国商人。为了支持打完这场战争，左宗棠又在1878—1881年的四年时间内得到协饷共二千五百六十万两，即平均每年六百四十万两。［6］
七年之中总数逾五千二百三十万两协饷的支援，是支持左宗棠在新疆取得胜利的唯一的决定性因素。但是，他的成功也应归功于他的筹划和战略，以及他对复杂的后勤工作的措置得当。左宗棠早就决定他的第一个目标应该是东准噶尔。东干人在那里很活跃，所以左宗棠希望把阿古柏伯克引出他的基地——六城地区——而与之进行决战。为了达到这个目的，左宗棠首先需要使新疆东北部的巴里坤和奇台这两个城市获得充分的供应。为了通过甘肃走廊和这些城市之间的沙漠道路运送粮食和军火，左宗棠曾一次雇用了五千辆大车、二万九千峰骆驼及五千五百头驴和骡。粮食供应是个特别困难的问题。张曜所计划的在哈密实施的军垦虽然据说在1875年已开出一万九千亩土地，但并不产粮。甘肃的粮价本来就很高，在那里启运很不合算。左宗棠的经验表明，通过肃州和哈密之间艰难险阻的沙漠、随后又要穿越崎岖不平的山地把粮食运到巴里坤，这意味着沿途要损耗供应量的三分之
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