在清帝国军队能够开进新疆以前，他们必须先打败陕西和甘肃的回民。1867年当阿古柏伯克在新疆建立他的汗国的时候，左宗棠还在征募新湘军（楚军），在为打败中国本部的东干人而筹措军费和安排交通运输事项。陕甘之役花了他差不多七年时间（1867—1873年），而他的部队参加新疆的实际战斗只不过用了两年时间（1876—1877年）——不算漫长的准备时间在内。
左宗棠在1867年7月到达陕西以后，他又不得不为了捻军之战而离开陕西十个月。在此期间，左宗棠的助手刘典作为钦命陕甘军务大臣，已清除了从甘肃折返的陕西南部回民叛乱分子。陕西回民现在在董志原筑垒自固，此地是甘肃东南部的一片肥沃平原，他们的“十八大营”从这里继续派人马四出侵扰。与此同时，在它的北边一些地方，新教领袖马化龙自从1866年投降清朝以来，已把金积堡建设成为经济和军事基地。马化龙的徒众包括长期在甘肃和内蒙包头之间做买卖的回民商人，他们做买卖时使用商队驿道以及向东航行到河套的皮筏。马化龙本人拥有两家字号，而且在他的许多徒众的企业中有投资。他所处的地理位置使他能够控制蒙古和甘肃南部之间的整个贸易。［1］ 可是，他的兴趣是在宗教和军事方面。他甚至从归化城（今呼和浩特）购买军火，并且把它们送到甘肃的其他一些新教中心去。马化龙也同董志原的陕西回民做生意，他卖出马匹和军火，购进粮食。当左宗棠1868年11月返回陕西任所时，他相信马化龙不仅与新疆有联系，而且对“大漠南北”的蒙古也有打算。［2］
左宗棠在甘肃的进攻准备已接近于完成。他的一些老军官已经从湖南给他征募了一支新部队，总数约五万五千人。此外，曾国藩已在1867年把他唯一的一支尚未解散的湘军队伍约一万人调来陕西，由他最优秀的将领之一刘松山率领。清帝还调拨了另外一些军队供左宗棠指挥：即黄鼎统率的川军一万人，郭宝昌统率的皖军七千人，张曜统率的豫军六千五百人。这些军队都有对太平军和捻军的实战经验，其中有七千五百名骑兵，他们加强了左宗棠自己搞到的五千匹马。［3］ 可是除了聘用吉林省的满洲军官来训练他的骑兵以外，左宗棠似乎很少注意操练他的部队。他很欣赏刘松山的部队擅长队形操练和精于射击。但左宗棠根据自己在太平军叛乱时期的经验，深信取胜的两个要素是士兵的勇敢和充足的给养。他只是在叛乱的后期在他的军队中一度试行过西洋操法，但他觉得喊口令不能用于士兵的大队形。左宗棠虽然用西洋火器装备了他的军队，不知何故他却认为，练习打靶十天，一天两次，就完全可以送部队去打仗了。［4］ 幸运的是，在他即将在甘肃展开的攻势中，他所进行的战争也恰恰是这样一种情况：即虽然地形比较险要，但主要仍是进攻栅寨和城池——这与对太平军的作战毫无二致。可是，左宗棠很珍视攻城大炮，他有几位老军官曾学过如何使用它们。
左宗棠也得到了要解决他的财政和后勤问题的保证。在饱受战祸的陕西和甘肃两省，食品匮乏，物价腾贵。左宗棠定下了一条规矩：必须有三个月的粮饷在手，他的部队才能打大仗。［5］ 不仅军火，甚至大量粮食也得从其他省份运入陕西和甘肃。左宗棠为了筹措给养，明确地要求北京同意从古以来历代王朝所通用的一个惯例：即以东南之资源，供西北之军需。1867年，清帝要求东南沿海五省对“西征饷项”每年助银三百二十四万两。这款项在清代财政上称为“协饷”，但只实行于这些省份已经征足北京或其他省份需要的各种捐助饷额之后。［6］ 左宗棠早在1867年就谋划促使各省提出满足其军事需要的定额。他要求清帝并得到清帝批准从外国商号得到一次总付的贷款安排；这笔贷款由通商口岸各税务司担保，并经各省巡抚加盖印信批准，限期由各省还款给外商。1867年5月，左宗棠驻上海的代理人胡光墉（约1825—1885年）就以这种方式获得了一百二十万两的洋商贷款。但是，在同年12月当左宗棠要求在同样安排下再次借贷外债二百万两时，清廷反对胡光墉所开出的高利息，而只批准了此借款的半数。四个口岸的税务司奉命借给左宗棠要求的余下的一百万两，不付利息。［7］ 因此，左宗棠暂时不得再向外商谋取另外的借款了。但是为了应付他的需要，清廷立即筹措了每年总数达六百二十四万两的“西征饷项”，增摊了原来五省承担的定额，还要求另外两省也予以捐助。其中大多数省份并未迅速解足它们的饷额。但是，左宗棠确从这些省份平均每年收到了四百万两（从左宗棠最初于1866年9月被任命来陕甘就职起到1874年2月止）。［8］
1867年，甚至在他抵达陕西以前，左宗棠就已在上海和汉口设立了两个局，承办军需。在西安他建立了一个衙署向各战区分配给养，设立了另一个衙署以保持与其他省份的通讯联系。在上海弄到的军火用外国人的汽轮运往汉口，再用帆船把它们和其他给养溯汉水运往陕西边境，然后经陆路运往西安。在四川购买的大米则用木船沿嘉陵江而上送往陕西的兵站。供应给陕北山区部队的粮食
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