鎮守臺澎總兵官一員（駐劄府治，統轄全臺水陸一十六營官兵。雍正十一年，準照山陝沿邊之例，掛方印）
鎮標中營
遊擊一員、守備一員、千總二員、把總四員、外委五員（舊制六員，嘉慶十四年裁歸艋舺營一員）、額外三員、馬四十匹、馬兵四十名、步戰守兵七百八十六名，共八百二十六名，俱駐府治中路口。
鎮標左營
遊擊一員、守備二員（舊制一員，道光六年裁右營守備改添一員）、千總三員（舊制二員，道光六年再添一員）、把總五員（舊制四員，嘉慶十四年裁歸艋舺一員，道光六年裁歸北路右營一員，並將府治右營額裁歸三員共五員）、外委十員（舊制六員、嘉慶十四年裁歸艋舺水師一員，道光六年裁歸北路右營一員，並將右營原額六員裁歸）、額外五員（舊制三員，道光六年裁歸二員）、馬八十匹，配馬兵八十名（舊制馬兵四十名，道光六年將右營四十名裁歸）、戰守兵一千三百十二名（舊制八百零六名，道光六年裁一百名歸北路右營，將府治右營六百零六名裁歸），共一千三百九十二名，駐府治南北路口。
鎮標右營（道光六年裁）
舊制遊擊一員、守備一員、千總二員（嘉慶十四年裁歸艋舺一員）、把總四員、外委六員、額外三員（嘉慶十四年裁歸艋舺一員）、馬四十匹、馬兵四十名、戰守兵八百零六名（以上舊制），道光六年裁遊擊一員、把總一員、外委一員、戰守兵二百名，歸北路右營添防。其千總一員、把總三員、外委五員、額外二員、馬兵四十名、戰守兵六百零六名，歸府治左營兼管。
城守營
參將一員（駐劄府治，統轄左右兩軍官兵）、左軍守備一員（駐防崗山）、千總一員（與把總遞年輪防羅漢門、岡山等汛）、把總二員（一員隨防府治、一員與千總輪防岡山）、外委四員（遞年輪防鹽水埔、猴洞口、茂公、羅漢門等汛）、額外一員（協防府治）、馬二十匹、配馬兵二十名、步戰兵二百二十一名、守兵二百九十四名，共兵五百三十五名，內戰守兵二十八名，乾隆五十三年增設（道光五年裁歸噶瑪蘭營，添防戰守兵四十名）。現製馬步戰守兵四百九十五名（以八十五名隨防府治，以一百四十五名分防岡山汛，兼轄山頭、山腰、山尾等塘，以七十七名分防羅漢門，以八十一名分防猴洞口，以二十八名分防茂公汛，以一十九名分防鹽水埔，以六十名分防塗塹埕、南砲臺、港岡、埤仔頭、角帶圍、大湖、半路竹各塘）、右軍守備一員（駐防下茄苳汛）、千總二員（內一員乾隆五十三年增設，一員隨防府治，一員分防下茄苳）、把總二員（遞年輪防目加溜灣、大武壠等汛）、外委六員（內三員乾隆五十三年增設，遞年輪防舊社、大穆降、大排竹、麻荳、目加溜灣等汛）、額外一員（協防舊社）、馬二十匹、配馬兵二十名、步戰兵二百六十名、守兵三百五十二名，共兵六百三十二名（內戰守兵二百一十五名，乾隆五十三年增設，道光五年裁歸噶瑪蘭營戰守兵三十名）、現製馬步戰守兵六百零二名（以一百七十三名隨防府治，以七十名分防大武壟，以九十一名分防下茄苳，以四十一名分防目加溜灣，以四十六名分防大穆降，以四十四名分防舊社，以三十名分防麻荳，以四十五名分防大排竹，以六十二名分防北砲臺、柴頭港、蔦松、木柵、灣里港、茅港尾、鐵線橋、水堀頭、急水溪、八獎溪、北勢埔各塘）。
南路營
參將一員（駐劄鳳山縣治，統轄本營下淡水營官兵）、中軍守備一員（舊制駐防鳳彈下埤頭，乾隆五十三年移駐水底藔汛）、千總三員（內一員乾隆五十三年增設，一員隨防縣治，一員分防石井，一員分防水底藔）、把總四員（遞年輪防縣治、攀桂橋、石井、舊城等汛）、外委六員（遞年輪防蘭坡嶺、坪仔頭、蕃薯藔、竿蓁塘及隨防縣治）、額外四員（隨防縣治）、馬三十匹、配馬兵三十名、步戰兵四百零九名、守兵六百名，共兵一千零三十九名，以五百二十名駐防鳳山縣治，兼轄坪仔頭、打鹿潭、苦苓門等塘，以一百五十名分防水底藔汛，以一百六十名分防石井汛，兼轄蘭坡嶺、觀音山、小店、竿蓁、二濫、溪邊各塘，以一百一十六名分防番薯藔汛）。
南路下淡水營（乾隆三十三年分設）
都司一員（駐劄山豬毛口汛，管轄本營官兵）、千總一員（分防新園汛）、把總二員（遞年輪防萬丹、山豬毛口兩汛）、外委三員（遞年輪防阿里港、枋藔、東港等汛）、額外二員（隨防山豬毛口）、馬十匹、配馬兵十名、步戰兵三百四十四名、守兵二百一十五名，共兵五百六十九名（以二百五十九名駐防山豬毛口汛，以一百六十名分防新園，兼轄東港、枋藔各塘汛，以八十五名分防萬丹汛，以七十名分防阿里港兼武洛塘汛）。
北路協副將一員（駐劄彰化縣治，統轄本標三營官兵）
北路中營
都司一員（駐劄彰化縣治，管轄本營官兵）、千總二員（一員隨防縣治，一員駐防貓霧捒）、把總四員（遞年輪防燕霧、八卦山、南北投、外四汛、許厝埔等汛）、外委九員（內三員乾隆五十三年增設，遞年輪防大里■〈木戈〉、葫蘆墩、二林、貓霧捒、四張犁、八卦山、南北投、崁頂等塘汛）
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