调任扬州刺史。真宗即位后，他被升级调到刑部任郎中，当皇帝下诏求大臣们讲直话时，王禹翶上了一篇奏疏，谈了五件事：
一是谨慎地对待边防大事，与外国结盟通友好，使运输军资的人民得到休息。当今北有契丹，西有西夏李继迁。契丹虽不侵犯边疆，戍守的军队岂能削减？李继迁既然未归服听命于我朝，军队的兵饷就固然不能停给。关辅一带的人民，处于倒悬的困境尤甚严重。臣的愚见认为应严诫守疆的官吏，给辽国的大臣写信，使转达给他们的君主，请求寻求过去的友好。又下诏赦免李继迁的罪，将夏台一地还给他。他必定会感恩归服，且这样会使全天下都知道陛下您为了人民不惜委屈自己。
二是裁减冗兵，撤并冗官，使山林湖泽的富饶资源，渐渐流到百姓的手中。在乾德(963-968)、开宝(968～976)时期，朝廷控制的土地不广，财产赋税也不丰富，然而我们攻打河东、防守北边，国家的费用也足够、军队的雄武也很强，其原因何在？就是因为国家蓄养的军队精而不滥，任用将领专而不疑。臣的愚见以为应像开宝时期一样严格管理控制军税，就可以高枕无忧地治理国家了。而且开宝年间设置的机构、官吏很少。臣本是鲁地人，落籍在济地，未考进士前，一个州上只有刺史一人、司户一人治理，而当时未曾有缺废事情的现象。此后又增设一名团练推官，太平兴国(976～984)中，又增设了通判、副使、判官、推官，而且还增设监酒、榷税算的四名官员。各级州郡行政曹官之外，另增设掌狱讼的司理官员。问当时的租税，则比旧时减少了；问当时的人民，则逃亡的比过去要多。一州既是这样，整个全国也就可想而知。冗官在上面耗费，冗兵在下面耗费，这就是将山林湖泽的财富取尽，都不能够用的原因。那山林湖泽的财富，应与人民共同享用。自汉代以来，就取来收归国家使用，这是不可放弃的；但也不可用尽。只有像管茶的方法，从古就本不收税，唐朝元和(806～820)中，在齐、蔡地区用兵打仗，始对茶叶征税。唐史上称这一年征茶税得到四十万贯钱，如今则已有数百万了，人民怎能承受得了呢？所以臣说裁减冗兵、撤并冗官，使山林湖泽的富饶资源，渐渐流到百姓手中。
三是增加官员当选的艰难程度，使选入的官员不滥。古代由乡里选举，再由官方择人，读书人在家时学问品德兼优，然后才推荐到朝廷，历代虽有沿袭变革，但都不曾与古代有太大的差别。隋、唐时期开始有了科举，宋太祖时，每年考取的进士不过三十人，经学人才，也只有五十人。再加上王侯不准进献和征用官员，士大夫们极少有资格荫庇弟子做官，所以有的人终身没考中过举人进士，到老时也做不成一官半职。宋太宗在藩王府中受教育时，看到的就是这些。君临驾御天下之后，选择人才不求全责备，舍其短处任用其长处，选拔十个中，真正有用的只有一半。他在位将近二十年，考取的进士大概有近万人，虽有俊杰之才，也有随便就考取的人。臣的愚见以为数百年的选举考核太过艰难，所以前皇太宗才用广泛取材来补充；而二十年来的恩泽太滥，陛下又宜用旧章来纠正，希望将考场还给官吏来负责管理，就像从前一样。至于吏部铨选官员，也并非帝王亲自抓的事，自古以来五品以下的官员，叫作官方任命官，如今只有幕职和州县级官吏是这样由官方奉旨任命的，京官的选任名义上虽有官方限制管理，但多未施行。臣的愚见以为皇上应该将吏部的事还给吏部的专门官吏，可以让他们根据资历来任命、拟定各级官员。
四是淘汰僧侣尼姑，使疲惫的人民不再耗费。古代只有士、农、工、商四民，兵不在其数。大概古代实行井田法，农民就是兵。自秦代以来，战士不从事农业，因此四民之外，又生出一民，所以农民更加贫困。当然持刀枪捍卫国家，依理不应废弃。汉明帝之后，佛教流入中国，此后剃度人民修建寺庙，历代都有增加。不养蚕却穿衣，不耕田却吃饭，这样五民之外，又增一而成六民了。假设全国有万个僧人，每日吃一升粮食，每年用一匹绢，这是最节俭的了，还每月要耗费三千斛粮，每年用掉一万缣绢，更何况有五七万这种人呢？不叫人民的蛀虫可以吗？臣的愚见以为国家剃度的人滥了，建造的寺庙多了，要计算此项费用，何止亿万。前朝时国家不安乐，施舍又很多，佛如果有灵，怎会不蒙受幸福呢？事奉佛教无效，断然可知了。希望陛下深刻借鉴治理根本，尽快施行淘汰，如果认为即位初期，不想惊骇此辈，那么暂且在二十年内，不准剃度人民造建寺庙，使他们自行消亡，也是解救弊端的一种方法。
五是亲大臣、远小人，使得正直敢言的忠良之士，知道进取而不会有疑虑，奸险取巧之徒，知道退却而有所恐惧。那君为元首，臣为股肱，是说君臣同为一体。认为那人行就不要怀疑，认为那人不好就不要任用。凡评议帝王中的伟大者，岂不是都要说尧、舜时代，契做司徒官、咎繇任士官、伯夷任典礼官、后夔任 曲乐官、夏禹任治水官、益任虞官么？委派任务督责成功，因而尧有知人任贤的美德。虽然如此，尧时的用人之道太过遥远了，请让臣用近代的事来说。唐朝元和(806～820)中，唐宪宗曾命令裴土自铨选品评各级官员，裴土自说：“天子择宰相，宰相择各部长官，长官自己选择属官同僚，就会上下互不怀疑，而政治也就成功了。”舆论认为裴土自会讲话。希望陛下从远古吸取尧帝的经验，从近代借鉴唐朝的做法，既然选择了宰相，就大胆任用，不要犹疑。让宰相去选择各部长官，长官自己去挑选同僚下属，这样就可垂衣拱手，无为而治了。古代受过刑残的人不能留在君王的身边，《论语》说：“放郑声，远佞人。”所以周文王的左右，没有可以穿鞋结袜子的人，是讲都是贤人。那小人言辞机巧、面色伪善，先行揣测期望得到皇帝的旨令，做事时必定会危害正义，心里只妒忌贤人，非圣明的君王不能深刻的明察。旧例，南班三品官，只有尚书才能升殿见皇帝；近来三班奉职，有的因为遣派出使，也允许升殿拜见，迷惑扰乱天子的视听，没有比这还严重的。希望陛下整顿纲纪，加强视听方面的尊严，就在这个时候了。
臣的愚见又认为当今最急迫的，是先讨论军队，使军队的多少适宜，安排得当。然后讨论官吏，使清廉污浊分道，各级各部不混杂，然后再加强官员当选的艰难程度来堵塞奸恶的来源，禁止僧尼的发展以便减少耗费，这样自然会使国家费用充足而王道得到施行了。
疏书奏上去后，王禹翶被召回，又任知制诰。咸平(998～1003)初，参加修撰《太祖实录》，公直地记载当时的事。当时宰相张齐贤、李沆意见不合，王禹翶在他们中间的议论能决定轻重。后出任黄州刺史，曾写了一篇《三黜赋》以表达自己的志节。它的最后一章说“：使自身受委屈而不让道义受委屈，即使被贬谪百次又有何亏！”咸平三年(1000)，濮州的强盗在夜间进城，掳走了知州王守信、监军王昭度，王禹翶听说后上疏，大略说：
臣认为以朝廷为主体经营各地区，这是帝王保国的制度。《易经》说“：王公设险，以守其国。”自五代分裂动乱，各自割据城堡，像豆一样割瓜一样分，长达七十多年。宋太祖、太宗，削平僭位伪立的政权，天下成为一家。当时日事议程，就是令江淮地区各州郡毁坏城郭、没收武器、撤除武备，长达二十多年。由书生领导治理各州，大郡配给二十人，小郡减少五人，用来充当平常的差遣。名义上号称长吏，实际上与旅住客人相同；名为郡城，却空荡得像平地。虽推尊京师而压抑地方，是强干弱枝的方法，但也不符合这中间的正确原则。臣从前在滁州，当发兵拉运漕粮时，州城关卡就没人守御，只得用临时征集的白丁代替管理开关城门，当时城池颓废，武器装备也欠完整。等调到维扬，号称军事重镇，却与滁州无异。曾拿出铠甲三十副，交与巡守警卫的使臣，但搭弩张弓一射，竟十副中损坏四五副，大概是不敢擅自修理，上下因循，才导致这样。如今黄州的城墙武器盔甲，又还比不上滁、扬二州。万一发生水旱灾害，盗贼偷偷发动暴乱，那时即使想防备抵御，又拿什么来抵抗呢？大概太祖为了削除诸侯们跋扈的势力，太宗为了杜绝人们僭号伪立窥望皇位的心理，当年才不得不这样。这就像设立法律来救治世界一样，时间一久就会产生弊端，而救治弊端的方法，在于因时制宜。若一口气发展快得像飞转的圆规，固然不可再胶柱鼓瑟。当今江、淮地区各州，大的忧患有三个：一是城池颓废毁坏；二是武器装备不完备；三是士兵在当地水土不服。濮州盗贼的兴起，看得出是因为在防守上太懈怠了。希望陛下特例改变最高决策，允许江、淮地区各州郡，可以根据户口的多少，城池的大小，都设置相应的守卫部队。部队士兵最多不过五百人，练习弓箭刀剑，然后逐步修葺城池壁垒，修理甲胄武器，那么各郡城就有了抗御侵犯的防备，长吏也可免去被抢劫掳掠的担忧了。
疏文上奏后，皇上嘉奖采纳了这一建议。
咸平四年，黄州境内有两只老虎相斗，其中一只死了，还被吃了近一半。所有的鸡在夜间鸣叫，过了一月才停止。冬天响炸雷。王禹翶手撰一篇疏文借引《洪范传》述说警诫，并自己主动请求处分。皇上派遣内侍宦官乘坐驿站的专车前往慰问，并作醮请神灵禳除妖异，又询问日官，日官说：“守护当地的人应承受其责。”皇上怜惜王禹翶的才能，当天，下令调任蕲州刺史。王禹翶上表谢恩，表文中有“汉宣室中出现鬼神问罪，不奢望生还；茂陵中出现封禅的文书，只期求身后”的话。皇上感到奇怪，果然王禹翶到蕲州不到一个月就死了，年仅四十八岁。皇上听到讣信，非常悼念他，送给他家很厚重的丧礼钱。又赐给他的一个儿子官品。
王禹翶讲话治学都机敏丰富，遇事敢讲，喜欢品评人物，以身体力行道义为己任。曾说“：我要是生活在唐朝元和时期，在李绛、崔群手下做事，这一生也就无愧了。”他作文著书，多涉及规劝讽谏，因为这一点他不为流俗所容，所以屡次被排斥。跟他交游的必定是儒雅的人，对有才华文采的年轻晚辈，他总是极力称赞褒扬。像孙何、丁谓这些人，很多都游学到他的门下。他的著作有《小畜集》二十卷、《承明集》十卷、《集议》十卷、诗三卷。他的儿子王嘉..、王嘉言都很著名。
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