黄干，字直卿，福州闽县人。父亲黄王禹，在高宗的时候担任监察御史，以行为诚实、正直守道而闻名。黄王禹死后，黄干去见清江县刘清之，刘清之对他的才能感到惊奇，说：“你是将来会成大器的人，现时的学问并不适合于你。”因此，令他去朱熹门下受业。黄干家法严格，于是把这个话告诉他的母亲，当天就去了朱熹那里。当时下大雪，到了后，朱熹因有其他的事而外出，黄干因此而留宿在客栈，睡觉起床都在一榻之上，不解衣而卧有两个月，而朱熹才回来。黄干自从见到朱熹后，晚上不设置床榻，不解衣带，稍疲倦就微坐片刻，一靠坐有时就到了早晨。朱熹告诉别人说“：黄直卿意志坚定，思想苦心积虑，与他相处，甚为有益。”曾经拜访东莱吕祖谦，把从朱熹那里学得或听到的问题请他对证质疑。到广汉人张木式死时，朱熹给黄干的书信上说“：我的道义学业更加孤单了，对你抱有的希望很大。”后来，就把自己的女儿嫁给他为妻。
宋宁宗即位之际，朱熹命黄干奉表上奏，补任将仕郎，铨选中后，授予迪功郎，监察台州酒务。服母丧期间，很多学者跟随他一起讲学于他母亲的墓旁。朱熹修建竹林精舍成后，写信给黄干，其中有“将来适当的时候便可请黄直卿代他担任讲席”的话。到编《礼书》的时候，独以《丧》、《祭》二编嘱咐黄干编写，书稿写成以后，朱熹看后高兴地说：“所定立的规模次第，缜密而有条理，它日当取所编写的家乡、邦国、王朝礼，全部仿照这个来更改定稿。”病重之际，朱熹把制服及所写的书授给黄干，手书诀别语说：“我的学术思想就托付在这里，我没有遗憾了。”听到讣告，黄干在心中悼念老师三年后，调任嘉兴府石门酒库监察。
当时韩..胄刚打算用兵北伐，吴猎被召令赴荆湖北路任将帅，将要赴任之前，以兵事访问黄干，黄干说“：听到人们议论说，现在天下想实施大举深入北伐的打算，果然这样做的话，一定失败。这样什么时候可以进取呢？”吴猎很敬重黄干的名义德行，请他担任荆湖北路安抚司激赏酒库兼准备差遣，事有未当之处，一定心怀忠心，努力力争。
江西提举常平赵希怿、知抚州高商老举荐他担任临川县令，当年天旱，他劝粜捕蝗极其用力。改任新淦知县，官吏百姓都知道他在临川的政绩，都高兴，不出令而政教行。因提举常平、郡太守推荐，擢升任监尚书六部门，没有上任，改差任安丰军通判。淮西帅司邀请黄干审讯和州狱事，狱事故意存疑而没有判决，黄干释放了囚犯的桎梏而给他饮食，委婉审问，没有所得。一天晚上，梦见井中有人，第二天召捕囚犯审讯他说：“你杀了人，投之于井中，我都知道了，你不要来欺骗我。”囚犯于是惊服，果然在废井底中寻到了尸体。
黄干不久担任汉阳军知军。正值那年歉收，买进外地的粮米，开常平仓以赈济。制置司下令，想移本军的粟米而禁止他们买入外地的粮食，黄干回答说请待黄干被罢职后再这样施行，到援引鄂州的先例，十分之一告籴于制司。荒政都施行得很有条理。其他附近州县的饥民都集中到汉阳军来，他同样优抚惠顾，到春暖花开的季节愿意回归的人送给他粮食，不愿意回去的人可做茅屋居住下来，民众因此感到很高兴。黄干所到之地重视兴办学校，优先教化。在汉阳军任职时，即在郡邑治所凤栖山修建学校，立馆收教四方之学士，修立周敦颐、程颐、游酢、朱熹四先生的祠庙。因病请求祠官，主管武夷冲佑观。
不久，黄干起任为安庆府知府，到任的时候，金人攻破光山县，而沿边地区多有敌兵入侵之报警。安庆离光山县不远，民众的情绪因此震惊、恐惧。于是请求朝廷，修筑安庆城池以备战守，没有等到回答，即日动工兴建。城分十二料，先自筑一料，计算其工费若干，然后委任官吏、寓公、士人分料主持承担。集役民兵五千人，每人役作九十天，而按照人户的产钱摊派承担丁役负担，通役二万人，每人服役十天。承担劳役的人轮流进行，暑月天热每月休息六天，每天中午休息一个时辰，到秋天就减少一半休息的时间。黄干每天五更鼓响的时候就上衙署坐堂，负责城壕的官吏至此听他的命令，按照一天的成算授给他们：某乡民若干为役，某乡人夫若干为役，分布给某人的料分，或搬运某处土木，应完成某料的使用；某料民兵、人夫应当更换一批，应给他们几天的钱米。都授命完毕，乃治理府事，受理民事诉讼，接待宾客，检阅士卒，会见僚属佐吏讲究边防利病，然后巡视城邑检查修城之役夫情况，晚上到书院讲论经典史籍。筑城用的杵，用钱监没有铸造的铁，事毕之后就归还仓库。城池完工的时候，恰逢上元日张灯，士民扶老携幼，往来不断。有一上百岁的老婆婆，二个儿子抬着她，许多孙子跟随她，到府衙致谢。黄干用礼仪接待她，命摆酒招待她，又用金帛酬劳她。老婆婆说“：老妇之来致谢，是为了一郡的生灵百姓来感谢知府，知府的赏赐并不是我所希望的。”没有接受就离开了。这一年天大旱，黄干祈祷立刻下雨，未下，早晨就登临郡城的楼阁，望飅山再拜，雨就下下来了。后二年，金人攻破黄州沙窝各个关隘，淮东、淮西都因此震惊，唯独安庆凭依城墙之险如故，
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