在征服中国南部以及高丽和平定中亚以及漠北的同时，忽必烈不是没注意到在中国北部面临的困难。1260年他试图去统治的中国北部现在面临着需要他去解决的严重困难——尚未从1211年至1234年蒙古和金朝的冲突所造成的破坏中真正恢复过来。农民不能断定蒙古统治者的意图。应有人向他们保证，既不会没收他们的土地也不会对他们施加任意过度的赋税。但是，与阿里不哥以及南宋的连续战争阻碍了商业，并且由于缺乏可接受的法律条文造成很大的混乱。因为中国以前以科举为教育的中心科举的废止，使教育系统一片混乱。以前的宗教不符合忽必烈和蒙古人的政策标准。佛教上层僧侣集团知道忽必烈同情他们，但道教徒不清楚新统治者是否会歧视他们。儒家担心蒙古人会废除传统的宫廷仪式并且会降低儒士的地位。也许最重要的是，忽必烈的汉人臣民关心着自身的地位。他们肯定会被排斥在某些高级官职之外，但在其他方面他们也会受到歧视吗？
如果忽必烈希望在汉人社会里建立秩序，他必须对这些问题作出回答并且处理这些问题。他所设置的政府机构有重要的作用，但是需要方向上的指导。忽必烈需要将官员执行的政治、社会和经济政策连接起来。他必须公开他管理中国而不仅仅是剥削中国的计划，从而他的官员可以仿效他并协助他摸索对定居文明的统治。某些学者对忽必烈早年亲自参与指导统治决策感到惊讶，这一次他是会继续在设计政策和计划中起到积极的作用呢？还是仅仅由他的汉人幕僚向他呈交建议，然后不加思考地采纳这些建议？诚然，忽必烈的确没有制定许多随后被执行的政策。但他也没有袖手旁观仅仅等待着提议。他积极地征求建议。他的一位官员引用了一段诏书：“有上书陈言者，皆得实封呈现。若言不可采，并无罪责；如其可用，朝廷优加迁赏。”［1］ 一位当时的监察御史王恽，告诉人们忽必烈在朝廷上参与审议。例如，在1261年5月的一个星期的时间中，王恽得到忽必烈的三次召见，讨论政府事务。
忽必烈在有计划有条理地规定和阐明他的政治和经济观念之前，他必须先减轻中国北方人民的苦难。蒙古人接管之前的战争在中国北方造成巨大破坏并丧失了大量的人口。［2］ 很清楚这种劫难使幸存者承受着巨大的痛苦。在忽必烈统治的最初几年，他根据请求反复地对他的领地上的许多地区给予帮助和豁免。汉文史料记载他经常免去或减少遭受经济困难的地区的赋税。他还向受到自然灾害折磨的村庄提供纸币、谷物和布匹。［3］ 但是，除了这些应急措施，他还需要制定恢复中国经济的长期规划。
这个规划的中心点之一是鼓励农业。1261年忽必烈建立劝农司，劝农司挑选农艺学上有造诣的人去帮助农民更好地利用他们的土地。该机构每年向中央政府递交农业、蚕业和水利控制工程的报告。最终忽必烈组建一个庞大的官僚机构以促进更有效地利用土地和推动生产发展。他下令建造粮仓存储剩余的谷物，为歉收年份食品短缺提供安全保证。他对定居居民的关心表现在1262年的一个敕令中，这份敕令禁止牧民在农田中放养牲畜。他不希望自己的蒙古人民对宝贵的农业区域进行蚕食并且造成其他的损害。［4］
忽必烈还摸索着帮助农民自行组织起来恢复经济。1270年他给予称为“社”的组织正式的地位，以鼓励农业生产和促进垦植，社由约50户人家组成并且由社长或者村庄的长者指导。忽必烈命令各社适时耕作、植树、开荒、改善防洪措施及灌溉、提高丝绸产量以及在河湖中养鱼。忽必烈和他的幕僚把社设想为农民的自助组织，而且还想给社植入其他的功能。他们希望利用社恢复农村的稳定并且帮助进行监视和进行统计。［5］
也许政府的最有新意的目标是利用这个新组织促进普及教育。每个社都有为村里的儿童们建立学校的义务。当农田中只需要很少劳动力时农民的孩子就去上学。这一阶段的编年史对这个教育系统作出浮夸的判断。至1286年，按照《元史》的说法，有个社学。但是这个数字看来是言过其实的，因为社的领导者意识到期待他们做什么，从而可能向中央政府夸大他们的报告，虚报学校数量增加的假象。普及教育系统的幻想肯定从未实现，事实上，甚至在全中国普遍组建社的证据也是很少的。［6］ 然而这种幻想揭示忽必烈和他的幕僚们的观念：教育农民，让政府为他们的利益服务。中国的蒙古统治者不再认为自己只属于游牧民，所以农民也应该受到公正的对待。
更为明显的证据是政府在限制农民负担上的努力。忽必烈设计出一种固定的正规的征税制度，免除包银并且限制投下的权利。根据新制度，过去强迫农民交给投下的难以计数的钞和丝现在移交给政府，然后由投下和中央政府均分。农民每年交税粮但不需要再考虑投下领主强加的反复无常的征收。他们与包括手工业者和教士僧侣在内的其他人口一样支付人头税。他们其他的主要负担是可以和赋税一样沉重的徭役义务。忽必烈修建道路、都城、扩展大运河并且组织驿站系统，所有这些都需要大量的劳力投入。然而他寻求通过他的统治限制对农民的过
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