陳瑞同戶官鄭泰保護。五月，清滿州將軍達素合兵攻廈門；大將軍迎擊海上，大破之。
清以江南既定，乃命將軍達素、總督李率泰大蒐兩島。五月，部分滿、漢軍大船出漳州、小船出同安，檄廣東投誠許龍等引兵來會。賜姓以陳鵬督諸部守高崎，遏同安；鄭泰出浯洲，遏廣東；自勒諸部，扼海門。初十黎明，漳船乘風逼海門，賜姓遣五府陳堯策令諸舟按軍勿動，俟其齊出擊之；呼吸間，漳船乍至，諸船奉令莫敢先發，閩安侯周瑞先為漳船擊破，與堯策皆死焉。繼攻陳輝船，輝發火藥燒之，滿兵躍退，且戰且卻。賜姓自駕八槳板舟，往來視師。向午，潮湧風發，乃親率巨艦衝之；鄭泰復自浯嶼引兵合擊，北兵大敗，橫屍滿海。有滿兵數百乘船登圭嶼死力拒戰；馬信招降之，夜溺諸海。是日，同安船趨高崎，陳鵬約降，飭所部勿動；北兵恃有內應，船未及岸，涉水爭先。鵬部將陳蟒不與謀，曰：『事急矣，當決一死』！麾其屬與殿兵鎮陳璋合擊之，北兵披靡，蹈海死者十七、八，生擒首領呂哈喇，殺滿兵一千六百餘人。賜姓收鵬斬之，以蟒代其職。許龍等後二日至，知清兵已敗，奔回；達素率殘兵回福州，自殺。
冬、十月，監國魯王殂於金門。辛丑、十五年春、正月，永曆在緬甸。三月，大將軍興師攻臺灣。
臺灣，在東南海中，延亙數千里，土番雜處。天啟末，紅夷據其地；築二城：一曰赤嵌、一曰王城，與中國、日本、廣南貿易。以夷長揆一鎮之，立法甚嚴，土番皆聽約束，歷三十餘年無敢犯者。至是，賜姓以清世祖新薨、未暇戰征，遂決意取之。諸將咸有難色；通事何斌固請曰：『臺灣沃野千里，四通外洋，橫絕大海，足與中國抗衡。土番受紅夷欺凌，每欲反噬；以天威臨之，如猛虎逐群羊也。得其地足以廣國，取其財足以餉兵，進戰退守，勿踰於此』！且陳可取狀甚悉；協理戎政楊朝棟亦主取之。賜姓悅，以忠振伯洪旭、前提督黃廷居守思明州，戶官鄭泰居守金門所，自率文武官、親軍、武衛前進。夏、四月，大將軍入臺灣。
賜姓舟次澎湖，下令曰：『視吾鷁首所向』！至鹿耳門，水驟漲丈餘（港道紆回水淺，不能渡巨舟，至是驟漲），大小戰船啣尾而進，縱橫無礙。紅夷大驚，以為從天而下。賜姓以手加額曰：『此天所以哀吾而不委之壑也！天憐孤臣，必有寧宇矣』。引兵登岸，先取赤嵌城。紅夷敗，退保王城，酋長揆一死守不下；乃列營環圍以逼之，俟其自降。六月，銅山守將蔡祿、郭義叛歸清，忠匡伯張進死之。
進守銅山，恩威並著。蔡祿、郭義畏往臺灣，據城以叛；脅進同行，進不從。曰：『吾守土，有死而已』！密置火藥於署中，欲俟祿、義來，並焚之；祿等偵知，不赴，遣人促行，進遂舉火，闔室自焚。清兵遂入城，兵官洪旭會忠勇侯陳豹統水師復之。報至，賜姓感嘆，命厚恤進家；遣總監營翁天祐守其地。是役，原思明州知州薛聯桂亦同祿等歸清，授為江西督糧道。秋、八月，紅夷率甲板來犯，大將軍擊敗之。
先以甲板接戰，陳澤、陳廣等攻之；擊沉頭■〈舟宗〉，焚其次■〈舟宗〉。至是，復會甲板至，令陳澤督水師擊之；獲其巨艦二并小艇諸舟。自是，甲板不敢復出。冬、十月，清棄同安侯鄭芝龍於市。
初，芝龍在京屢以書諭賜姓就撫，不則恐見誅戮。賜姓復書有云：『兒昔者再三苦諫而吾父不聽，今事已差池，言之何益！設有不幸，兒當縞素復仇以結忠孝之局而已』！然清亦不之罪也。至是，世祖薨、新君嗣位，執政者與芝龍有隙，遂促殺之；以十月初三斬於燕京之柴市，子孫在京者皆與焉。清遷界，徙沿海居民於內地。
閩海以賜姓故，歷年用兵，捐師縻餉，清患之；蘇納海等議曰：『蕞爾兩島得遂猖獗者，恃沿海居民交通接濟。今將山東、江、浙、閩、廣濱海人民盡遷入內地，設界防守，片板不許下水、粒貨不許越疆，則海上食盡，鳥獸散矣』。從之；分遣滿員督遷。各省千年生聚，一旦流離，死亡疾病，慘不可言。十二月，紅夷酋長揆一降；縱其歸國，臺灣平。
賜姓督攻王城，平其砲臺；揆一懼，乞降，許之。凡珍寶、輜重，聽其搬回本國。揆一泣謝，率殘夷五百餘名歸荷蘭。壬寅、十六年春、正月，永曆在滇城。二月，大將軍開創臺灣府縣。
臺灣既平，賜姓改為安平鎮，赤嵌城曰承天府；設縣二：曰天興、曰萬年；總號曰東都。聞清遷界，賜姓憮然曰：『舉數省幾萬里魚鹽之地無故而棄之，塗炭生民，豈得計哉！清之技亦窮矣。吾養精蓄銳，天下事未可知也』！於是闢草萊、興屯聚、嚴法令，犯者雖親不貸；或諫以用法宜稍寬者，賜姓曰：『子產治鄭、孔明治蜀，皆以嚴從事。況立國之初，不加一番整頓，則流弊不可勝言矣』！眾皆拜服。三月，遣周全斌擊忠勇侯陳豹於南澳。
豹，精悍雄壯，守南澳近二十年，許龍、蘇利不敢犯，畏之如虎；但性傲，人多忌之。至是，為飛語所中，賜姓命全斌攻之。豹倉卒不敢自明，又不敢迎戰，乃舉家入粵投誠；清封為慕化伯。夏、四月，大將軍遣官至思明州殺世子經及董夫人，弗果。
賜姓治家嚴肅。世子居思明與乳媼通，生子
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