及泰子賡、偽永城伯纘緒均赴泉州降；鳴駿授遵義侯，纘緒慕恩伯，賡左都督；諸來歸者各授爵。
二年六月，詔檄荷蘭夾板船同勦廈門、金門兩島、於是繼茂、率泰簡投誠軍及荷蘭船出泉州、提督馬得功出同安、梧及提督施琅出漳州。十月，大軍屯廈門，賊潰。琅以水師同荷蘭眾進擊，斬千餘級，乘勝克金門及浯嶼。錦與偽忠明伯周金斌宵遁；尋犯雲霄鎮，總兵王進功擊破之。
三年正月，偽都督杜輝獻南澳，授左都督；全斌亦降，授承恩伯。錦與偽永安侯黃廷等擁眾保銅山。三月，繼茂、率泰進攻，梧、琅先後以兵出八尺門，黃廷及偽將軍翁求多等率眾三萬降，遂拔銅山焚之，獲仗戰艦無算。錦載其孥渡海入臺灣，海上諸島悉平。七月，上以琅諳海疆軍務，特授靖海將軍，以承恩伯周全斌及降將左都督楊富為副將，進勦臺灣。荷蘭復以夾板船至，約期攻澎湖；會阻風，不得進。
四年，廷議撤兵，琅乃還。率泰遣知府慕天顏齎詔至臺灣諭降。錦請稱臣入貢如朝鮮例，上弗許。嗣錦陰遣人往來島上與沿海民互市，頗接濟為姦利；琅密奏：『若恣錦生聚，是養廱也，宜速勦』。
六年，召琅來京，又陳臺灣可取狀；下部議，以風濤險，制勝難，必寢其事。
十三年，耿精忠叛應吳三桂，據福建，結錦為援。錦乃仍稱由榔年號，糾眾渡海而西，陷泉州。事聞，上諭總督郎廷佐以耿逆宜勦，海寇宜撫。會潮州總兵劉進忠叛降於錦，錦遂入潮州，執續順公沈瑞及其孥。精忠復結錦圍漳州，梧恚卒，子芳度嬰城守，以計佯與錦和，拒精忠，命平南王尚可喜發兵援之。
十四年，芳度計泄，精忠圍益急，總兵吳淑等叛獻城，芳度督家丁巷戰，力盡赴井死，全家遇害。
十五年，康親王傑書奉命定福建，精忠降。錦遣偽總統許耀以賊二萬犯福州，連營烏龍江；康親王遣都統喇哈達等渡江奮擊，克賊營，追奔四十里，進兵規復興、泉、汀、漳四郡。
十六年，副都統穆赫林等克泰寧、建寧、寧化、長汀、清流、歸化、連城、上杭、武平、永定十縣，喇哈達等克泉州，斬許耀；錦棄泉州遁。
十七年春，康親王遣知府張仲舉招諭，錦不納；其黨復由海澄據玉洲等寨分犯石碼、江東橋，漳、泉復告警。偽總督林英犯泉州，提督段應舉擊敗之於日湖，生擒偽總兵林耀等。叛賊吳淑復由石碼登岸，海澄公黃芳世同都統孟安擊敗之，沈其船。副將汪國祥亦敗錦子克塽於廟嶺。上以海寇盤踞廈門諸處，勾結山賊，煽惑地方，由瀕海民為之接濟，詔如順治十八年例遷界守邊。四月，穆赫林、黃芳世會師灣腰樹禦賊帥劉國軒，失利；賊遂陷平和、漳平及海澄，段應舉、穆赫林與總兵黃藍皆死之。國軒尋圍泉州，命趨諸道軍會勦。於是將軍喇哈達、賴塔、總督姚啟聖由安溪出同安，巡撫吳興祚由仙遊出永春，提督楊捷由興化下惠安，總兵林賢、黃鎬、林子威以舟師由閩出定海。八月，大軍復平和、漳平、惠安，泉州圍解；啟聖同賴塔追國軒至長泰，大破之於蜈蚣山，斬四千餘級。九月，復同安，斬偽副將林欽。十月，賴塔敗賊於萬松關；啟聖、捷及副都統吉勒塔布等敗國軒於江東橋，又敗之潮溝；副都統瑚圖敗吳淑於石街，盡焚沉其船，賊黨遁據廈門、金門。命厚集舟師取二島。
十八年四月，以萬正色為水師提督。國軒之遁也，啟聖遣人入島招之，弗從。啟聖因疏言：『鄭錦以臺灣為穴，必不降，招撫無益。其偽武平侯劉國軒為賊渠魁，請赦罪，許授公爵；並赦偽將軍吳淑罪，許授侯爵。若二人解體投誠，則錦勢孤，海寇可立滅』。報聞。十月，副都統沃申敗賊於東石，斬林英，擒偽總兵陳深。
十九年正月，正色請以水師攻海壇，而令興祚赴同安與啟聖、捷督陸路兵規取廈門。正色尋分前鋒兵為六隊，逼海壇，親統巨艦繼之，又以輕舟繞出左右並力攻，以巨砲擊破賊船十六，溺死三千，餘賊悉潰，偽將朱天貴遁據南日、湄州等澳。二月，正色追擊至平海澳，與興祚師會；天貴糾偽將軍林陞據崇武澳。正色乘風自平海南下，賊迎拒，掩擊破之，斬偽總兵吳丙、偽副將林勳，湄州、南日、平海、崇武諸澳悉下，天貴降。沃申擊賊將張志於大定、小定，連敗之。我兵水陸進趨玉洲，國軒走廈門，偽總兵蘇堪以海澄降。啟聖亦分遣總兵趙得壽、黃大來隨賴塔擊陳洲、馬州、灣腰山、觀音山、展旗諸寨，興祚復同喇哈達等由同安追勦至潯尾，遂克廈門、金門，餘寇遁還臺灣。八月，命於廈門、金門留兵鎮守，康親主還京。
二十年正月，啟聖、興祚疏請展界，俾沿海民復業；從之。是月，錦病死，偽侍衛馮錫範等以錦次子克塽為延平王，其長子克■〈臧上土下〉被縊死。五月，上以臺灣賊眾內亂，仍命琅為水師提督，同啟聖剋期進勦。時續順公沈瑞被縶在臺灣，與偽行人傅為霖謀內應，事泄遇害。是冬，啟聖與琅議師期，啟聖欲用北風由圍頭進、琅欲用南風由銅山進，議不協。
二十一年，琅請簡水師二萬、戰艦三百，獨任討賊。又言：『不破澎湖，臺灣斷無取理；臣請先取澎湖，督臣留廈門濟餉』。允之。
二十二年春，國軒貽書啟聖，請如琉球諸國例，稱臣入貢。啟聖以聞，上弗許，趣琅進兵。時國軒擁眾二萬餘，據守澎湖甚堅。六月，琅軍發銅山，入八罩嶼，乘南潮攻澎湖，斬偽將軍沈誠等七十餘。復以大鳥船五十六，分八隊奮擊，沈其船二百，斬偽官三百餘、兵萬餘；國軒乘小舟由吼門竄去，餘眾悉降。
七月，克塽遣偽官鄭平英等乞降，琅請頒赦招撫。上赦諭鄭克塽、劉國軒、馮錫範等曰：『帝王撫御寰區，仁覆無外，即海隅日出之邦，無不欲其咸登衽席，共樂昇平。爾祖父自明季以來，出沒海洋，盤踞島嶼。本朝定閩，爾祖鄭成功竊據海隅，甘外王化，以及爾父鄭錦勾引奸徒，窺伺內地，屢經勦撫，頑梗怙終。爾方童稚，妄思效爾前人竄伏臺灣，恃為窟穴，倚險負固，飄突靡常，以至沿海居民，時遭兵燹。朕念中外兵民皆吾亦子，何忍聽其久罹水火。故特命提督施琅選將練兵，出洋進勦。旋奏報澎湖已克，臺灣指日蕩平。總督姚啟聖以爾等降疏奏聞，又據來使呈乞恩赦；朕體上天好生之德，特頒敕旨，前往開諭。爾等果能悔罪投誠，率所屬偽官軍民人等悉行登岸，將前罪盡行赦免，仍加恩安插，務令得所。爾等其審圖順逆，善計保全，以副朕宥罪施仁至意』。克塽既奉敕，遣偽官馮錫珪、劉國昌齎送降表。琅令侍衛吳啟爵持榜示入臺灣，諭軍民薙髮。八月，琅率大軍入鹿耳門，至臺灣。克塽及偽武平侯劉國軒、偽忠誠伯馮錫範率偽文武官迎降，收偽延平王金印一、招討大將軍金印一、公侯伯將軍銀印五。其地設府一，曰臺灣；縣三，曰臺灣、鳳山、諸羅。自鄭氏據臺灣二十餘載，至是始入版圖焉。是年克塽至京，授公爵，隸漢軍正紅旗。克塽死，爵除。
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