殷仲堪，陈郡人氏。祖父殷融，做过太常、吏部尚书。父殷师，为骠骑谘议参军、晋陵太守，封爵为沙阳男。殷仲堪能清谈，擅长写文章，常说三日不读《道德论》，就觉得舌根僵硬。其谈论义理与韩康伯齐名，雅士们都喜爱羡慕他。
殷仲堪补任佐著作郎。冠军将军谢玄镇守京口，请他来担任参军。朝廷拜为尚书郎，不就职。谢玄任命他为长史，十分信任器重他。殷仲堪写信给谢玄说：
胡人石勒的后赵灭亡以后，中原子女被卖到江东的不可胜数，骨肉四处分散，终年受荼毒之苦，怨苦之气，大伤调和，确实是丧乱时期常见之事，但足以引起警戒，这不是皇恩广施养育苍生之意！当代王公大人慷慨激昂经略乱世，志在拯救苍生于水火，但治国之事竟至于此，实可叹息！愿将军弘扬道德，明辨是非，以仁慈怜悯之心爱民，制定法规禁止强暴，使足踏晋土者无忧伤之心，穷困之民莫不浸染皇天恩泽，仁义与武力并行，德心与功业俱盛，这就是人们对明德之人的期望啊。
近来听说官僚大户掳掠人口，其中多是采摘野生禾稻的饥民，年壮者想救活儿女，年少者志在奉养亲人，出外采食者一心想将筐中所得送回家门，居家者吁嗟叹息盼望行人归来。却不料惨遭囚禁，以致与亲人生离死别，其悲伤之情，甚为可叹。从前孟孙打猎擒获了一只小鹿，让秦西将小鹿带回家，母鹿跟随其后哀鸣不止，秦西于心不忍而释放了小鹿，孟孙赦免秦西的罪过并且让他做自己儿子的师傅。禽兽尚且不可分离，何况人呢！飞号鸟，是凶恶之鸟，吃桑葚，还能回报主人以美妙动听之音。虽说戎狄是不开化之人，但怎能没有感情呢！如果以实际行动感召他们，是不难感化他们的。这样做必将使边界无贪小利之人，无以强凌弱之事，大德之音一经传播，定会声震沙漠，西北苻氏、慕容氏二寇之党羽，闻风归降，何愁朝廷大军不能渡过黄河，进入函谷关呢！
谢玄深为赞同殷仲堪的政见。
殷仲堪兼任晋陵太守，在郡里禁止生子不养，久丧不葬，拘留逃亡者的父母作人质，勒令亡叛者返回，所制定的教令颇有道理。殷仲堪之父患病多年，殷仲堪寝睡衣不解带，亲自学习医术，研究其精妙，手上沾有药物去擦眼泪，因此弄瞎了一只眼睛。居丧期间哀痛过度而大伤身体，以孝闻名。服丧期满，晋孝武帝召为太子中庶子，彼此十分亲密。殷仲堪的父亲曾患有听力过敏之病，听床底下蚂蚁爬动之声，说是黄牛相斗。孝武帝早有所闻而不知此人为谁。至此时，孝武帝随意问殷仲堪道：“患此怪病者是何人？”殷仲堪流涕而起道：“臣面对此问不知如何回答。”孝武帝面有愧色。殷仲堪兼任黄门侍郎，孝武帝越加宠爱信任他。孝武帝曾将自己写的诗拿给殷仲堪看，并说道：“不要以你的高才而讥笑我的不才。”孝武帝以为会稽王司马道子不是辅佐社稷之臣，因而决定提拔自己所宠信的人以拱卫朝廷，便任命殷仲堪为都督荆益宁三州军事、振威将军、荆州刺史、假节，镇守江陵。殷仲堪将要赴任，孝武帝又下诏说：“卿离开京师许久不能相见，使人不觉心酸。常说卿永为朝廷之宝，而忽然变成荆楚之珍，实在让人遗憾慨叹！”孝武帝就是如此宠信亲近殷仲堪。
殷仲堪虽有美好的声誉，但议论者并不认为他能胜任朝廷重托。既已接受朝廷任命，身负镇守上流之重责，朝野注目，认为殷仲堪将有不同寻常的政绩。及至殷仲堪上任，并未进行大规模整顿，却施行小恩小惠，无论夷人还是中原之人都乐意归附他。在此之前，殷仲堪曾游览于长江之滨，见有棺材漂流水上，便上前截住埋葬土中。十天之间，门前大水沟忽然隆起为高地。这一天夜里，有一人来拜访殷仲堪，自称徐伯玄，说：“感谢足下的恩惠，无以报答。”殷仲堪借机问道：“门前出现高地是何兆头？”答道：“水中有高地，其名称作洲，足下将做一州之长。”说罢便消失了。至此，殷仲堪果然统辖荆州。桂阳人黄钦生之父已死很久，黄钦生欺骗外人穿上丧服，声言迎归父丧。府曹先依照法令判黄钦生诈言父母死亡该当斩首示众，殷仲堪却说：“律令规定诈言父母死亡而服丧者依照殴詈法斩首弃尸。推究这一法令的原旨，应该是父母都活着却硬说死亡，从情理上讲实为违乱叛逆之事，不可容忍，因此当与殴詈之类同罪，处以死刑以正国法。现在黄钦生的父亲确实已死，坟墓在故乡，事过多年相隔久远，才行骗迎办丧事，因此做了荒谬不法之事。这与父在而言亡相比，就相差很远了。”于是赦免了黄钦生的死罪。又因礼律不许异姓之人互相收养，因而规定无子女的人将亲族子弟过继立嗣，只允许一人主持祭祀香火，不准转移户籍以逃避劳役。佐史们都佩服殷仲堪的处理。
其时朝廷征召益州刺史郭铨，犍为太守卞苞就此劝郭铨率全蜀之众反叛，殷仲堪斩杀卞苞等人并报告朝廷。朝廷以殷仲堪未能在事先察觉，降其军中职号为鹰扬将军。尚书省下达命令以益州所统辖的梁州三郡一千人轮流戍守汉中，益州不肯接受差遣。殷仲堪便上书朝廷说：
控制险要地势镇守藩国，应当因地制宜，剑阁之险要，实为蜀地的关键。巴西、梓潼、宕渠三郡离汉中辽远，处在剑阁之内，其成败得
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