刘毅，字希乐，彭城郡沛县人。曾祖父刘距，做过广陵相。叔父刘镇，官至左光禄大夫。刘毅从小胸怀大志，不治家财产业，最初做官为州从事，桓弘召为中兵参军属。
桓玄篡位，刘毅与刘裕、何无忌、魏咏之等兴兵起义，暗中谋划讨伐桓玄，刘毅讨伐驻京口的徐州刺史桓..、驻广陵的青州刺史桓弘。刘裕率刘毅等行至竹里，桓玄派其部将皇甫敷、吴甫之向北进军抗拒义军，两军相遇在江乘，刘裕义军临阵斩吴甫之，义军进至罗落桥，又斩皇甫敷之首级。桓玄大为惶恐，派桓谦、何澹之进驻覆舟山。刘毅等率部进至蒋山，刘裕让瘦弱兵士登山，多树旗帜作为疑兵，桓玄不能判断敌情，更加恐慌。桓谦等士卒多为北府兵，素来慑服刘裕，不敢出战。刘裕与刘毅等将士卒分成数队，冲入桓谦阵中，皆拼命死战，无不以一当百。当时东北风刮得正迅疾，义军乘机纵火，浓烟滚滚，遮天蔽日，战鼓声喊杀声震撼京师，桓谦等人所率军马顷刻间仓惶逃散。
桓玄西逃，刘裕任命刘毅为冠军将军、青州刺史，与何无忌、刘道规一同追击桓玄。桓玄强逼天子与琅王牙王西迁，刘毅与刘道规及下邳太守孟怀玉等追上桓玄，在峥嵘洲一带大战。刘毅乘风势纵火攻击敌阵，士卒拼死争先，桓玄部众大败，烧毁辎重连夜逃走。桓玄部将郭铨、刘雅等袭击攻占了氵寻阳，刘毅派武威将军刘怀肃讨伐刘雅等人平定了氵寻阳。
桓玄死后，桓振、桓谦又聚集部众在灵溪一线抵抗刘毅。桓玄部将冯该率兵与桓振会合，刘毅发兵攻击，为桓振所败，退守氵寻阳，因战败获罪免去职务，不久官复原职。刘裕命何无忌受刘毅节制，何无忌认为督察地方政事很繁琐，便随己意解除了统辖之权。刘毅不满何无忌擅自行事，就免去了他的琅王牙内史之职。只让他以辅国将军的身份协助军事，何无忌从此便与刘毅不和。刘毅自己承认过失，当时议论认为他做得对。刘毅与刘道规再次从氵寻阳发兵西征。桓亮自号江州刺史，刘毅派刘敬宣率兵击退桓亮。刘毅率军驻扎夏口。当时桓振党羽冯该戍守大江两岸，孟山图据守鲁城，桓山客据守偃月垒，总计有万余人，战舰连接两岸，水上陆地相互支援。刘毅率众军进讨，未到夏口，遇大风吹来，飘走千余人淹死在大江里。刘毅与刘怀肃、索邈等又率部攻打鲁城，刘道规率兵攻打偃月垒，何无忌与檀祗将舰摆列在大江中间严阵以待，以防止敌舰逃跑。刘毅身穿甲胄，攻占了鲁城，只过半日而偃月垒亦被义军攻破，生擒了桓山客，冯该逃走。刘毅进而平定了巴陵。刘裕任命刘毅为使持节、兖州刺史，将军职号不变。刘毅号令严整，所经城邑，秋毫无犯，百姓安定喜乐。南阳太守鲁宗之起义，率军袭击襄阳，打败襄阳守将桓蔚。刘毅等率大军驻扎在江陵的马头。桓振挟持天子，盘据江津。鲁宗之又打败了伪将温楷，桓振亲自率兵攻打鲁宗之。刘毅乘机率何无忌、刘道规等各路军马在豫章口一举击败了冯该，又乘胜前进，占领了江陵城。桓振闻知江陵城陷落，便与桓谦北逃，天子得以反正复位，刘毅逮捕桓玄党羽卞范之、羊僧寿、夏侯崇之、桓道恭等，全部处死。桓振又与苻宏从郧城进兵袭击占领了江陵，与刘怀肃相持不下。刘毅派部将攻击桓振，杀死了桓振，并斩伪辅国将军桓珍。刘毅又攻占了迁陵，在临嶂将桓玄伪朝的太守刘叔祖斩首。其余聚众称王假号的十几伙叛贼，也全部被剿灭。江、荆二州平定后，朝廷任命刘毅为抚军将军。其时刁预等人作乱，盘踞出没湘中一带，刘毅派军将分路讨伐，将其全部剿灭。
当初，刘毅在家遵制守孝服丧，及至刘裕初举义旗，便身穿黑色丧服从事征战。至此，战事稀少，天下逐渐安定，于是上表朝廷请求返回京口，以终结丧礼，说：“以大道治国者，其义理的核心在于仁孝。诉说对归天者的悲哀，莫过于对自己的亲人了。愚臣也是平庸之人，本无什么大志，不能超凡脱俗，因此情感和常人一样。往昔年月国难深重，为此愚臣尽忠报国，惭愧苟活于世。去年春天虽然圣上回京复位，而狂妄狡诈之敌未灭，虽奸凶首恶已除，残贼逃匿，但圣上的威望和恩德还未能传布四方，文武将士依旧辛劳疲敝，愚臣微薄的心愿未得伸展，使愚臣不免顾影悲愤。如今皇威远扬，海内清平，心中悲愤难平，而今皇威远播，天下清平，愚臣深切的悲哀和艰难的困境，圣上都已知晓。又兼风湿之疾更加严重，且并发多种疾病，如今已衰败到无法履行人臣之责。愚臣的本心，本不甘于苟活偷生；倾吐了心事，也就可以去死了。请求圣上允许愚臣辞职还乡，终老于亲人坟前，希望能符合忠孝两全之道以得到天下的谅解和宽恕。”朝廷未许。诏令刘毅为都督豫州扬州之淮南历阳庐江安丰堂邑五郡诸军事、豫州刺史，持节、将军、常侍等职号不变，且本府文武官佐全部跟随刘毅西赴豫州。刘毅以匡复朝廷功勋，被封为南平郡开国公，兼都督宣城军事，配给鼓吹一部。梁州刺史刘稚反叛作乱，刘毅派遣将佐前往讨伐，生擒刘稚。当初，桓玄在南州兴建斋房，在斋房上全部画上盘龙图案，号称盘龙斋。刘毅小名叫盘龙，至此，刘毅就住进盘龙斋。不久刘毅晋封为卫将军、开府仪同三司。
及至何无忌被卢循打败
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