武兼备，你应该亲自选择才行，要是让朝廷任命，怕不好控制。”王敦很赞同，问温峤谁可担当此任，温峤说：“我认为钱凤可以任用。”钱凤反过来又推荐温峤，温峤假意推辞，王敦不听，上表让温峤补了丹杨尹之职。温峤还是担心钱凤一旦明白过来会阻挠，就在王敦为他举行的饯别宴会上，起来敬酒，来到钱凤席前，钱凤还未来得及饮，温峤假装酒醉，用手把他的头巾打落，怒形于色说：“你钱凤是什么了不起的人，我温太真敬酒你竟敢不接受！”王敦真当温峤醉了，于是把他们劝解开去，临走时，握手话别，痛哭流涕，出了大门又进来，反复几次，然后才上路。等他起行后，钱凤进来对王敦说：“温峤和朝廷关系密切，和庾亮是至交，恐怕难以信任。”王敦说：“温太真昨天是醉了，和你产生了一点小冲突，怎么能就因这点小事在背后说他的坏话呢。”就这样钱凤未能得逞。温峤以计回到京师后，向皇帝汇报了王敦将要叛乱的情况，请朝廷要有应变的准备。
到王敦叛乱时，朝廷任温峤为中垒将军、持节、都督东安北部诸军事。王敦在给王导的信中说：“温太真离开我才这几天，竟做出这样的事。”王敦上表请诛杀朝中奸臣，第一个就是温峤。悬赏捉命，谁要捉住了温峤，他要亲自割下温峤的舌头。等到王含、钱凤都到了城下，温峤就烧了朱雀门外的木桥，以挫其锋芒。明帝为此发怒，温峤说：“目前我们防守力量薄弱，援兵还未赶到，要是贼兵突然攻城，天下社稷就难保了，陛下何必可惜那一座桥呢。”敌兵逼进河边，果然因桥毁而不能渡河。温峤亲自率军背水与敌作战，攻击王含，打败了他，又督促刘遐追击钱凤直到江宁。等到事变平息，封为建宁县开国公，赐绢五千四百匹，进号前将军。
当时按制度将王敦部下纲纪主簿之综理府事的属官削除名籍，参佐僚属都予以禁锢，温峤上疏说：“王敦刚愎不行仁义，残忍多行杀戮，亲信任用小人，疏远君子，朝廷不能控制他，亲人骨肉也不能容忍他。他在朝中人们都担心自己的安危，因此人人不敢讲话，路上见面只能以目光示意，确实使正人君子到了山穷水尽无路可走的境地，进入隐居不出等待时机的时期。王敦行叛逆之时，强迫士人为之效力，这些人自己无法摆脱，把真心都掩盖起来，哪里有安稳的时候呢。如陆玩、羊曼、刘胤、蔡谟、郭璞常对我讲起，我详细地知道这些情况。必定要严厉制裁，那自然有犯罪的人来承受，如果是迫不得已或误入奸党之中的，应该予以宽大。再说陆玩这些人一贯忠于朝廷，陛下也了解他们，如果让他们也同叛贼一样受到惩罚，这不是冤屈了他们吗？陛下仁爱心胸宽广，办事要求公允。臣平时交往广博，所操心的也不是我的分内之事，只是由于爱惜人才，不忘为朝廷着想以尽忠心。”明帝听从了他的建议。
当时天下百业凋敝，国家财政费用严重缺乏，明帝下诏让公卿以下的官员到京都讨论时政，确定哪些是最要紧的事情。温峤奏明军政要务。第一点是：“祖约目前退守寿阳，恐怕不久将有祸乱。现在两边防守，成功还比较容易。淮泗之地的都督军事，应全力予以资助。挑选享有盛名之士，配置征兵五千人，又为之择一偏将，领兵四千，以增强寿阳的力量，这样可以保证徐州豫州的安全，并随时可以驰援司州。”第二点是：“一个农夫不耕田，将会有人挨饿，现在不事农耕的农夫，数以万计。废除了春天劝农之制，冬季催租之令又特别严厉，没有见到给百姓什么好处，只听说向百姓要赋税。赋税当然不能没有，可应该考虑怎样使百姓们富裕起来。司徒之下设置田曹椽，每州一人，专管劝农桑兴稼穑，考察下面官吏兴农的才能业绩，如今应依旧制重新设置。一定选择那些清廉公正克己奉公，并完全能够传达朝廷的恩惠和教化的人，这样好处是很大的。”第三点是：“各外地州郡将领士卒及都督府不上战场的军队，一面屯垦一面守士。先朝曾使军营中兼耕农田，现今前、后、左、右四军军营有兵的，以及护军所统领的外州之兵，可分出二军来，驻扎到要塞之地。沿江上下，到处都有良田，让军队开荒，只须一年时间耕种就容易了。再者军人有妻室儿女家庭负担的，如果有军在打柴种菜帮助家庭的，也可以予以方便。”第四条是：“设置官职是为了治理国家，不能以此做人情，这样就会官员不多而人才精干。周时制度是六卿举事，春秋之时，官事入朝则任卿辅，出外则可统率三军。后代官职设置越来越多，是由于事类有繁简的变化。然而现今江南只有六州之地，尚且多有荒残，和过去承平之时相比，只能是十分之一。朝中三省及军校机构中已无兵员的，九府各寺署下属部门，可以相互合并，这样省去一半的人力财力，只是粗略地平衡一下工作任务的轻重繁简，然后可根据实际情况随时调整。已经荒废残败之县，如同在一城的，就将它们合并。这样选择守宰就可以求精，而他们的俸禄也可以随之提高，先给了他们较高的俸禄，然后就可要求他们清正廉明了。”第五点是：“古时天子亲自耕田，以所产粮米作祭品，旧时设置有籍田、廪牲之官。今天需要供品临时去购买，上对神灵不恭敬，下耗费民财，这不是虔诚供奉宗庙的祭祀之法。应该恢复旧制，设立籍田、廪牲之官。”第六点是：“越是派往边远地方的使臣，越要选能干忠心的人，这才能宣扬王化，延誉四方。因为人们都不乐意到偏远地方去为官，所以就派那些品低位卑的人，这将会有辱国命，产生后患。因此要特别重视这类官员的选择，不能让俸禄不到二千石的人去担当二品的职务。”第七点是：“有罪不加株连，是古时的制度。近来一些大逆大罪，实在是由于治罪过严所引起的。处刑过重，只能作一时权宜之计，现在施行重刑，并非是圣明之朝的法典，应如先朝那样，废除夷三族的制度。”经过大家议论奏请，这些建议多被采纳。
明帝病重，温峤和王导、郗鉴、庾亮、陆晔、卞壶等同时受诏委以后事。当时历阳太守苏峻收藏亡命之徒，朝廷对他不放心。征西将军陶侃在荆楚极有名声威望，所以对西夏方面要有所提防，因此派温峤扼守上流成支援之势。咸和初年(326)，温峤代替应詹出任江州刺史、持节、都督、平南将军，镇守武昌，政绩非常显著。他区别各类人才任用贤能，亲自祭吊后汉名士徐孺子之墓。上表陈说：“豫章是江州十郡中最为重要的地方，应设置刺史专门管理。寻阳紧依大江，都督应该坐镇于此。现在都督府与州府在一起，于两者进退都不方便。而且古代镇守将领多不兼领州府之事，这是因为武将文臣各自责任不同的原因。最好是单独选派一刺史专门掌管豫章郡，以负责地方上的事务，管理百姓。”朝廷下诏不同意这样做。在江州看到了王敦的画像，说：“王敦大逆无道，应该启棺戮尸，受到齐国逆臣崔杼一样的处罚。古人盖棺而后定论，《春秋》遵循常道，崇散王父之命，哪有被天子处以大刑的人，还把画像保留在下面的道理。”命人把画像削去。
温峤听到了一些有关苏峻的消息，担心会有事变发生，请求回朝作准备以防不测，朝廷没有答应。不久苏峻果然起兵反叛。温峤屯兵氵寻阳，派遣督护王愆期、西阳太守邓岳、鄱阳内史纪瞻等率水军前往救援京师。等到京师沦陷，温峤听到消息后放声痛哭，有人前来探望，他和探望的人相对悲泣。不多时庾亮逃奔而来，对他宣读太后诏书，加封温峤为骠骑将军、开府仪同三司。温峤说：“今日这样危急，应以消灭贼寇为行，我寸功未建而蒙受殊荣，这是前所未闻的事，怎好向天下人交待呢。”坚决不接受。当时庾亮虽是投奔而来，温峤处处敬重他，分兵让他统领。派遣王愆期等邀陶侃同赴国难，陶侃恼恨明帝临终顾命未召他参与，不支持此事。温峤开始就依从了陶侃，后来用部将毛宝之谋，再次劝说陶侃，其语在毛宝传中。开头，温峤与庾亮相互推为盟主，温峤的从弟温充对他说：“征西将军陶侃位高兵强，应该推举他为盟主才对。”温峤于是派王愆期去见陶侃，请他为盟主靖乱。陶侃同意了，派都护龚登率兵见温峤。温峤于是给尚书上书，陈述苏峻的罪行，带领七千人马，洒泪登舟，并布告四方各镇：
“贼臣祖约、苏峻狼狈为奸，同流合污，心生邪念。上天会夺去他们的魂魄，他们的死期就要到了。他们遭到天地的谴责唾弃，自绝于天下之人。贼寇不能让他们随意横行，应增兵予以讨伐捕剿。我则先屯兵湓口。当时护军将军庾亮来到江州，宣太后之诏，由于贼寇进逼宫城，致使王师败绩，诏告外郡藩国诸大臣，出谋出力以安社稷。后将军郭默、冠军将军赵胤、奋武将军龚保和我温峤部下督护王衍期、西阳太守邓岳、鄱阳内史纪瞻，率其所部，相即而到。叛贼逞凶，侵陵宗庙，火烧宫掖，箭射太极宫，皇帝皇后被幽禁威逼，宰相大臣处于困境，叛贼残酷的虐杀朝臣，劫掠百姓。人们一提到这悲惨的灾祸，无不魂飞魄散。我软弱无力，不能以身殉难，自觉愧疚，心内哀伤，辜负了先帝临终时的嘱托，决意全力以赴，死而后已。今天亲自统率所属部下，为士卒之先，催进各路人马，一起扫荡叛军。西阳太守邓岳、氵寻阳太守褚诞等接踵而来，宣城内史桓彝已领所部驻守江边要塞，江夏相周抚决定起兵征讨，大军已经出发。
“过去申包胥是楚国的微臣，万里奔波不辞劳苦以报效国家，其忠义之举感动了诸侯。蔺相如开始也只是赵国的一个小卒隶，耻于国君被辱，在秦庭按剑而起。汉朝之末年，董卓作乱，劫持献帝迁都，肆意迫害忠良，关东州郡的豪杰相继而起，会盟以讨贼。广陵功曹臧洪，本是郡中一位小吏，登坛歃血盟誓，热泪纵横，慷慨悲壮，使当场之人受到极大的鼓舞。何况今天我们这些人居高位，守州郡，列于名邦，世受国家之恩呢！不期而会，不谋而同，齐心灭贼，这样才对啊。
“祖约、苏峻二贼的兵力合起来，也不过五千，而且外要防胡虏的乘机入寇，内要对付城中无粮之饥，后将军郭默已于阵前消灭了敌军达千余人。逆贼虽然破坏了都城宫室，可城中原宿卫之兵当时就解散了，不为敌军所用。而且祖约性格多疑气量狭小，刻薄不仁，苏峻这小子唯利是图，残暴凶狠，他们之间貌合神离，只不过是临时的相互利用。江左诸郡兴起讨贼义师，以攻其正面，胡人乘机从背后发起攻击，我们再切断水路漕运，使敌人缺乏粮食等军需物资，这样内虚外孤，他们还能长久吗？“
诸公一起讨伐，是为了卫国雪耻。征西将军陶侃，德高望重，忠义显著，功勋卓越。各镇首领齐心协力，有断金之锐，大家一心一意，统一行动，报仇雪恨，匡扶社稷，不顾生死。温峤虽是怯弱无能，愧守一方，但依赖忠诚贤能之士的扶佐，文武臣僚的协助，君子尽智献忠，小人出力，高蹈林泉之人布衣而从戎，打柴种地的躬身前来听命，他们或带着家僮私仆，或携着自家的刀枪棍杖，人们的一腔忠诚，写也写不完啊，这哪里是无德的温峤所能办到的。现今士大夫怀忠抱义，庶民百姓感戴皇恩。再有护军将军庾元规公，是帝之大舅，德隆望重，率后将军郭默、冠军将军赵胤、奋战将军龚保三将，与我温峤并肩作战。得到他们的支持，使人又悲又喜，如同朝廷依然存在一般。诸将各自统帅其部，不要耽误了军机。赏赐的诺言如日月一样高悬。有能斩祖约、苏峻的人，封五等侯爵，赏布万匹。人以忠为德，以仁立身，各自远隔万里，仅此一书，忠义之责就不再讲了。”
当时陶侃虽答应亲自领兵东下，但一直没有动静，并又让已来江州的龚登回师。温峤又给陶侃写了一封书信。信上说：
“我听说军队出发只能前进不能后退，人数只可增加而不应减少。近日已将讨伐檄文传布远近，也在盟府之中宣布，等月半之后大举征讨，南康、建安、晋安三郡之军正在路途之中，火速赶来会师，只等你来行使指挥之权，便大军齐发。现你把龚登之军调回，使远近诸郡为之疑惑，成败之由，就在此一举。
“我才薄而任重，实在是仰仗着你的厚爱，秉承着你的规范。至于说首倡举义，当是不敢推卸的责任。我与你现如常山之蛇，首尾一体，相互依存，是唇齿一般的关系。恐怕有不明白的人不了解这深奥的道理，认为你对讨贼之事不积极，这舆论一旦传出，要追回来就难了。我与仁公一起受朝廷重托，担方岳之任，休戚安危，理应同当。况且你我往来密切，情深意厚，士人都
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