其他一些天主教书籍的基础上，从三十个方面对天主教进行了更深入细致的质疑和批判，包括天主的创造、主宰、全在、全能，天主降生，天主造人，天主即上帝，人生善恶，天主审判等方面。作者仍然是站在儒家的立场上，用理性来分析质疑天主教书籍中的一些观点和话语。
《天学再征》仍然是以儒家经典和理性逻辑为主反对天主教，因此把宗教的对话变成了纯理性分析和传统观念的碰撞，这就是很难揭示宗教的本来面目，也易掩盖天主教的特质。这对天主教以理性分析进行宗教对话的传教策略也有一定警示作用。
序言：《天学再征》由来
钟子作《天学初征》，客阅而笑曰：“甚矣！子之卤莽也。乍闻天说，曾未深究，遽谓不通而征之。子且再阅《西来意》、《三山论学记》及《圣教约言》，则不通者，乃在子而不彼矣。”钟子取而细读之，复为之征如左。
一、天主运行万物质疑
其言曰：上天自东运行，而日月星辰之天，自西循逆之度数各依其则，次舍各安其位，倘无尊主干旋主宰其间，宁免无悖？譬如舟渡江海，上下风涛而无倾荡之虞，虽未见人，亦知一舟之中，必有掌舵智工等。
征曰：舟之渡江海也，舟必各一舵工，未闻一舵工而遍操众舟之上下者也。又操舟者必非造舟人也，谓天惟一主，并造之，并运行之，可乎？
二、天主创造万物质疑
其言曰：凡物不能自成，必须外为者以成之。楼台房屋不能自成，成于工匠之手；天地不能自成，成于天主等。
征曰：工匠之成房屋也，必有命之成者，天主之成天地，孰命之耶？工匠成房屋，不能为房屋主，彼成天地者，又乌能为天地主乎？
三、惟一天主质疑
其言曰：天下之物极多极盛，苟无一尊维持调护，不免散坏。是故一家止有一长，一国止有一君，一人止有一身，一身止有一首等。
征曰：谓一身无二首，可也；谓一身一首之外别无他身他首，不可也。谓一家无二长，可也；谓一家一长之外别无他家他长，不可也。谓一国无二君，可也；谓一国一君之外更无他国他君，不可也。谓一天无二主，亦可也；谓一天一主之外，独无他天他主，可乎？又一身虽惟一首，首必与四肢百骸俱生，非首生四肢百骸也。一家虽惟一长，长必与眷属僮仆并生，非长生眷属僮仆也。一国虽惟一君，君必与臣佐吏民俱生，非君生臣佐吏民也。则一天虽惟一主，主亦必与神鬼人物并生，谓主生神鬼人物，可乎？
四、天主全在质疑
其言曰：天主非天也，非地也，而高明博厚，较天地尤甚；非鬼神也，而神灵鬼神不啻；非人也，而遐迈圣睿，乃至无始无终，无处可以容载，而无所不盈充等。
征曰：既无所不盈充，则不但在天堂，亦遍在地狱也。不但遍天地。亦遍在神鬼人兽草木杂秽等处也。若谓高居天堂，至尊无上，则盈充之义不成；若谓遍一切处，则至尊之体不立。
或救之曰：天主之尊，如日在天，光遍一切，虽遍而不失其尊，虽尊而光原自遍。
今再征曰：是仍有处所，有方隅，有形像也。日有形像，彼谓天主造之。天主亦有形像，又谁之所造耶？
五、天主即上帝质疑
其言曰：吾天主，乃经所上帝也。遂引《颂》、《雅》、《易》、《传》、《中庸》等以证成之。
１、天有三义
征曰：甚矣！其不知儒理也。吾儒所谓天者有三焉：
（1）苍苍之天
一者，望而苍苍之天。所谓昭昭之多，及其无穷者是也。
（2）上帝之天
二者，统御世间主善罚恶之天，即《诗》、《易》、《中庸》所称上帝是也。彼惟知此而已。此之天帝，但治世而非生世，譬如帝王但治民而非生民也。乃谬计为生人、生物之主，则大缪矣。
（3）灵明之天
三者，本有灵明之性，无始无终、不生不灭，名之为天。
２、本原是天命
（1）天命是性
此乃天地万物本原，名之为命，故《中庸》云：“天命之谓性。”
（2）天命非上帝之命令
天非苍苍之天，亦非上帝之天也；命非谆谆之命，亦非赋畀之解也。
（3）天命是本性
孔子曰：“五十而知天命。”正深证此本性耳。
（4）天命是中
亦谓之中，故曰：“喜怒哀乐之未发，谓之中。”“中也者，天下之大本也。”
（5）天命是易
亦谓之易，故曰：“易，无思也，无为也，寂然不动，感而遂通天下之故。”
（6）天命是良知
亦谓之良知，故曰：“知至而后意诚。”
（7）天命是独
亦谓之不睹不闻，亦谓之独，故曰：“戒慎乎其所不睹，恐惧乎其所不闻，君子必慎其独。”即孔子所言“畏天命”也。
（8）天命是心
亦谓之心，故曰：“学问之道无他，求其放心而已矣。”
（9）天命是己
亦谓之己，故曰：“君子求诸己。为仁由己，而由人乎哉？”
（10）天命是我
亦谓之我，故曰：“万物皆备于我矣。”
（11）天命是诚
亦谓之诚，故曰：“自诚明，谓之性。”“诚者，天之道也。”
（12）天命是天然性德
此真天地万物本原，而实无喜怒、无造作、无赏罚、无声臭，但此天然性德之中，法尔具足理气体用。
３、万物同体同理
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