教後所取号，以纪念其领洗教名弥格尔，又自称弥格居士。
《代疑篇》原名《征信篇》 ，本意是阐明天主教信仰。因为“学者欲希圣希天为安身立命之事，未有不从信入。”但“西学深渺，与人言多不领□”，唯有“弥格善辨”，方能“昭揭靡遗”，如同“面证言说”，证实天主教信仰。但“信心不及，则疑事无名，疑行无功，未闻与道有入。”于是“弥格子急急望人疑，又恐人不疑而代为之疑”以求世人破除“旧闻”，使人“灵机”复活，“始乎有疑，终乎定信。”故更名曰《代疑篇》。
《代疑篇》共24节，分上下二卷。上卷十节，可分为五个部分。第一部分（一、二节）论证天主创造万有，掌管万有。第二部分（三、四、五、六、七节）是从天主教神学的角度对儒教和佛教理论进行批评辨驳，包括天堂地狱，天主与人物之异同、斋戒之义、佛教之非、和灵魂赏罚等方面。第三部分（八、九、十、十一节）回答的是中国人对西方国家图书之多、天文地理、西国之遥、西士衣食自给的疑问。第四部分（十二、十三节），是关于孝亲、娶妾、祭天礼仪的辨诘，第五部分（十四、十五节）是对西士道德品格的说明。可以说，上卷是在文化比较的层面上进行的对话比较和辨诘答疑，是普遍启示之间的对话。
下卷共九节，可分为四个部分。第一部分（十六、十七、十八、十九节）论述的是天主降生、圣母孕育、天主位格、天主受死的事迹考证和教理说明，第二部分（二十节）是对耶稣是天主的论证。第三部分（二十一节）论教会。第四部分（二十二、二十三、二十四节）介绍的是赦罪、告解、十字架的教理。可以说下卷主要是对天主教基督论教义的介绍，是对特殊启示的阐明。
代疑篇目录
代疑篇题解 155
代疑篇目录 157
代疑篇序 162
一、疑辩以求真知 162
二、疑非道中所禁 162
三、正疑与妄疑之别 162
四、嘉与不苦辨疑 162
五、始疑以至于终信 163
序旧题征信篇 164
一、安身立命当以信入 164
二、信以安身立命 164
二、疑辩征信 164
三、真信不必见 164
四、信始成终 164
代疑篇总论 166
一、大儒之疑 166
二、弥格子之答 167
代疑篇卷上 169
第一节 天主创造万有 169
一、天地万物非理气偶然生成 169
二、天地万物必由大主化成 169
三、全能之天主化成天地 170
第二节 天主掌管祸福 170
一、天主赏罚完全 170
二、天主掌管世间祸福 171
三、天主掌管鬼神 171
第三节 天堂地狱 172
一、佛教天堂地狱非正理 172
二、天主教天堂地狱说 173
第四节 天主与人与物之别 173
一、天地万物为一体之义 174
二、天地万物不同体 174
三、天地万物不同性 174
四、人性不同于天主性 175
第五节 持斋正旨 175
一、食鳝鳖释疑 175
二、食斋目的辟妄 175
三、西教大小斋 176
四、西士持斋目的 176
五、克己胜于持斋 177
第六节 佛教之非 178
一、佛教伪妄不经 178
二、佛教于理不合 179
第七节 灵魂与赏罚 179
一、天命之性正解 179
二、赏罚报应非属粗迹 180
第八节 西国义理书籍逾万 181
一、西国义理书籍确有万部之多 181
二、西国书籍并无滥竽充数 182
三、七千部图书可证西国图书之多 182
四、西国图书之多可证上帝特加宠佑 182
第九节 天文地理 183
一、地如圆卵 183
二、人居四面 183
三、地圆之证 183
四、天围绕地之理 183
五、天有十一重 184
六、三十三天皆可测量 184
第十节 西士九万里而来 184
一、职方可证西士来自远方 185
二、假托空名不能增重 185
三、西士不会自犯其诫 185
四、图藉可证西士所言属实 185
五、西士全为阐明天教而来 185
六、铎德皆国中上选 186
第十一节 西士衣食自给 186
一、西士居食之资非得自异术 186
二、西士食禄于本邦 186
三、教中为传教立法之意 186
四、吾人当深思明辨 187
第十二节 孝亲与娶妾辨 187
一、不奉祖先辨 187
二、娶妻娶妾辨 188
第十三节 弥撒礼 189
一、天子祭天之意 189
二、弥撒礼之意 189
三、耶稣亲定此礼 189
四、天主是人大父母，人人当事奉 189
五、弥撒礼简介 189
六、行弥撒礼不妨功 190
第十四节 窘难益德 190
一、形躯以顺为福乐 190
二、灵神以窘难为利益 190
三、患难能益信实德 191
第十五节 释西士之疑 191
一、诚接其人可去其疑 191
二、日本奴酋之疑不可信 192
三、西士受侮受疑可得天国 193
代疑篇卷下 194
第十六节 天主降生 194
一、天主全在全主 194
二、天主无形无声 194
三、天主在天与天主降生 194
四、天主降生考 194
五、天主之难测而可信 195
第十七节 童女孕育 196
一、天主降生真实可信 196
二、天主孕自母腹缘由 196
三、圣母童身孕育释疑 196
四、天主降生贫家之意 196
五、圣母抱婴图解 196
第十八节 三位一体 197
一、三位一体说未易窥测 197
二、三位一体说精解 198
三、三位一体说譬喻 198
四、天主三教 198
五、耶稣是天主 198
六、耶稣奉主之意 199
第十九节 十字架 199
一、被钉十字架以救赎人罪 199
二、以身相代至仁至义 200
三、一身可以遍偿世罪 200
四、十字架大善大福解 200
五、被钉之功过于化成天地 201
六、十字架神通问答 201
第二十节 耶稣是天主 201
一、天主绝非至人神人 201
二、天主降生因缘验证 202
三、天主升天后之验 202
四、耶稣是天主以信为本 202
第二十一节 圣公教会 203
一、天主教为公教 203
二、圣神相通功 203
三、真教之真 204
四、圣神之功 204
第二十二节 罪得赦免 205
一、天主教赦罪之法 205
二、天主教告解非同佛教忏法 206
三、定心忏悔以消罪 206
第二十三节 临终告解 207
一、临终告解为救人灵性 207
二、人身与灵魂之别 208
三、命终解罪，获大利益 208
第二十四节 十字架之功 208
一、圣体在架，功德全备 209
二、西国之教以十字为号 209
三、十字威力可以理测事验。 209
四、十字之功难以尽述 209
代疑篇序
一、疑辩以求真知
圣人之道无疑，鬼神斯不惑后圣。若信心不及，则疑事无名，疑行无功，未闻与道有入。而弥格子急急望人疑，又恐人不疑而代为之疑。遵何说哉？盖道之近人者，非其至也。故曰：及其至也，圣人有不知不能焉。非圣人安于不知不能而遗其可知可能，惟日孽孽以求知，至知终，故一息不敢少懈也。一翻新解必一翻讨论，一翻异同必一翻疑辩，然后真义理从此出焉。如石击而火出，玉砺而光显，皆藉异己之物以激发本来之真性。始虽若戾，终实相生，安见大异者之不为大同也。
二、疑非道中所禁
唯拘守旧闻，自矜拯致，妄谓世无域外之境界，人无超性之名理，局小心量灵机不活。圣人复起，其以为然乎？夫谓道优于古经，尽于圣，则《易》、《书》之后不宜有他书矣，经史之作奚为？《素问》之后不宜有医案矣，诸大家之出又奚为？此见义理原自无穷。《畸人》畸书应时而出，未宜尽废。既已畸于人，自必骇于俗求诸自心而不得，必生疑；质诸习闻，习见而不合，必又疑，而疑岂道中所禁哉。
三、正疑与妄疑之别
顾有正疑，有妄疑。正疑者，恐悖于理，伤于教，迷于人之性情，欲求一端至是，以窒彼之至非，此不可无也。妄疑者，吠声吠形，袭讹袭舛，不问有无虚实，谓兰蕙臭，谓莫邪钝，此不可有也。
四、嘉与不苦辨疑
西儒从绝域外泛重溟、浮天末来此，创寓匪第语言未通，性行未浃，即义理精微全凭书籍，而文教悬殊。此中以六书为体，有形而后有声；彼国以二十三字母为用，有声而后有形。不但密义难疏，即寻常浅解，有一字而费数十遍翻译。若欲摘疑生辨，逐支遂节皆是问端，安可置而无疑。彼泛泛嘉与无所违覆者，诸儒固最耻之，若谓彼嘉与者，不过奇我远国土风，诧我新巧制作，此何异贵翡翠象犀梅檀之入中国禽兽草木，我也贵；工倕之指，离朱之目，般输之斧，斤梓匠轮舆，我也是。故伪者之誉我，不若仇者之诘我，以此望人求疑求辩，共疑共辨，安得不急急哉？
五、始疑以至于终信
始乎有疑，终乎定信。自是一信之后，不复再疑，始知宇宙公理，果非一身一家之私物，吾何不以公心还之？其真同者，存为从前圣教之券，识东海西海之皆同；真异者，留为悟后进步之灯，覆命归根之有赖，无非寔益大道为公。孰与夫意见横分狭小天地，而自束缚其灵寸者哉？请以质诸有道，毋靳此疑也。
谅庵子题
序旧题征信篇
一、安身立命当以信入
孔子曰：“人而无信,不知其可也。”凡言不知，皆深绝之；之辞非心，不可行而已。善事理见前，由信得及，然后有心肯，由心肯，然后能身赴。信□粟可饱，自必食；信布帛可温，自必衣；信水火难，蹈萝葛伤生，自必避万；事成立，未有不从信始。故西学向天主三德，信为之首。十二宗徒各表所信为性薄珍，诚重之矣。
二、信以安身立命
木之发荣，托命在根，室之嵬焕，造端在基。根拔而基坏，有场所，大匠不能成功。故曰：所善当于五服，五服不得，则不亲；信无当于五常，五常不得，则不举。学者欲希圣希天为安身立命之事，未有不从信入。此西儒惓惓接引，首辟信门，而弥格子承其意，作《征信论》二十有四篇。有味乎！言之矣。
二、疑辩征信
先是西学深渺，与人言多不领□，幸儒者善疑，弥格善辨，举向来人情最不释然者，似已掊击殆书，昭揭靡遗。自今惟乎是编，即同面证言说，可无事乎？
三、真信不必见
抑西士又言，信者心之真嗜非必见，见非必闻，闻待见待闻而后信，其信犹浅浅者。信东鲁有尼父，未见圣如弗充圣，既见尼父，信善所用矣。信长安有天子，岂必身至阙廷，既与至尊接信，又不必言矣。此西国“信”字之诠解。
四、信始成终
而又云？有死信，有活信，信者行解齐到，知与乐好，一时都有。孔子云：“信以成之”，成始成终之理，漆雕之吾斯，武城之莞尔，足以尝之。死信则浮慕而已，衷不势，力不注，容究必中槁焉。于以希圣希天，奚繇至哉？敢并述所闻，以足弥格子之未备，不知有当否。是为序。
天启辛酉
关中王征谨撰
代疑篇总论
一、大儒之疑
有大儒问于弥格居士曰：儒者之学，希圣希天。凡言畏天命、事上帝，是吾儒本等学问、日用工夫，在西士不必哆为创见，在吾人不必疑为异端。即禅玄二门，未尝不尊天，安得于此中着一异同解？
（一）独所谓造化万物，一归主者之作用。未信也。
（二）生死赏罚惟系一主，百神不得参其权，未信也。
（三）有天堂、有地狱，更无人畜鬼趣轮回，未信也。
（四）物性不同人性，人性不同天主性，未信也。
（五）戒杀放生，释氏上善，西教不断腥味，何云持斋，未信也。
（六）佛由西来，欧罗巴既在极西，必所亲历，独昌言无佛，未信也。
（七）既说人性以上，所言报应反涉粗迹，未信也。
（八）西国义理书籍有万部之多，若非重复，恐多伪造，未信也。
（九）地四面皆人所居，天有多层重重皆可测量，未信也。
（十）九万里程，途涉海三年始到，未信也。
（十一）从来衣食资给，本邦不受此中供养，未信也。
（十二）人伦有五止，守朋友一伦，尽废其四，未信也。
（十三）礼惟天子祭天，今日日行弥撒礼非僭即渎，未信也。
（十四）谓窘难益德远于人情，未信也。
（十五）疑西教者籍籍果尽无稽可置勿间，未信也。
至西来诸士，观其笃行，真是不愧暗室，久习暂处无不只服，细谈理道亦多发人未发。然恐远方学术各自源流，未必尽有证据。
（一）如云天主有形有声，未信也。
（二）降孕为人，生于玛利亚之童身，未信也。
（三）天主有三位一体，生系第二位费略未信也。
（四）被钉而死，因以十字架为教，未信也。
（五）耶稣疑至人、神人，未必是天主，
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