与吏部尚书陈有年不徇私情，拒绝请托，根据品望合拟了七人名单上报，请神宗裁。不料，顾宪成他们提名的人，都是神宗所厌恶的，神宗不由分说，指责吏部有“徇私”做法，在吏部的奏疏上批了“司官降杂职”5个字，就把顾宪成文选司郎中的职务给撤掉了。陈有年作为吏部尚书，上疏引咎自责，认为有责任也在自己身上，不能追究下属，恳请恢复顾宪成的文选司郎中职务。其他正直的大臣也纷纷上疏申救顾宪成，奏疏共达几百封。不料，神宗一意孤行，将有些上疏申救的官员外放、降调、削职，顾宪成则被革职为民。从此，顾宪成结束了十几年的官场生涯，以“忤旨”罪回到原籍无锡。
顾宪成孜孜事，反而获罪罢官，朝野许多人士为朝中失去这样一位正直无私的官员扼腕叹息，也对顾宪成的品格十分钦佩，顾宪成的名望反而更高了。
主持东林书院坚持讲学议政
万历二十二年（1594年）九月，顾宪成从北京回到家乡泾里。顾宪成在朝中因公务繁忙，积劳成疾，再加遽遭削职，冤屈难伸，因此在长途跋涉回到家中后质极弱，病痛频发，好几次生命陷入垂危。然而他绝不放弃自己为为民的抱负，尽管已不能在朝中实现自己的志向，也要在故乡做些有益的事。顾宪成认为：讲学，可以传授知识，风范人……
[续明代进步思想家——顾宪成上一小节]物，扶持正论，为家培养人才，这和自己重人才、重舆论的政治思想是一致的。于是便把精力集中到讲学上来，顾宪成一生最辉煌的事业就此展开。
由于顾宪成在学界政界都有很高的声望，所以慕名来请教他的人很多。顾宪成不顾病，不管其贫富贵贱，一视同仁，热情欢迎接待。后来，他看到前来泾里的人很多，小小的泾里镇上，连祠宇、客栈和自己周围邻居家都住满了客人，还容纳不下，就与长兄成、次兄自成及弟弟允成商量，在自己住宅南边造了几十间书舍供来人居住，顾宪成的夫人朱氏给学生们烧饭做菜，使学生来了就像回到家里一样。泾溪南北，昼则书声琅琅，夜则烛火辉辉，一派日以继夜奋发攻读的景象。即使许多已有功名、才学亦高的学者也争相前来求教。
顾宪成在居家讲学的同时，还经常到苏州、常州、宜兴等地去讲学，经常与苏州、松江、常熟、太仓、嘉兴、宜兴等吴中学者聚会于无锡惠山天下第二泉畔研讨学术。在讲学活动中，顾宪成迫切感到必须具备一个固定的讲学场所，从而将分散的讲学活动变成一个有协调组织的统一活动，从而对吴地乃至整个社会产生良好的影响和作用。万历三十二年（1604年），经顾宪成和吴地学者的共同努力，官府终于批准在无锡城东门内的东林书院遗址重建兴复东林书院。重建工程开始于这年四月十一日，至九月九日告竣，共用了1200多两银子。作为首倡发起人之一的顾宪成捐银最多，又去策动吴地官员和缙绅捐资助修，出了大力。顾宪成又自为书院讲会审订了宗旨及具会约仪式，这年十月，顾宪成会同顾允成、高攀龙、安希范、刘元珍、钱一本、薛敷教、叶茂才（时称东林八君子）等人发起东林大会，制定了《东林会约》，顾宪成首任东林书院的主讲。顾宪成的讲学活动成为他一生事业的辉煌时期。
东林讲学是在特定历史条件下，适应时代、社会和学人的共同需要兴举起来的。它规定每年一大会，每月一小会，除了严寒盛暑外，定期会讲。这就将原来士绅的分散游学形式变为集中固定的有组织的讲学活动。而且书院不分尊卑、不限地区、不论长少、不收学费，只要愿意，均可参加，还提供食宿方便。讲授方式十分灵活，有时采用演讲方式，讲了一段时间后，就穿朗诵一段诗词以活跃气氛、开发灵，主讲者还随时回答提问。有时采用集讨论方式，沟通思想、交流心得。
东林讲学博采诸家合理之言，去短集长、不执门户之见，讲学内容也较为广泛、丰富、适用，主要以儒家经史著述为主，但也兼及并包括一些必要适用的自然科学知识和具实际的应用与管理方面的知识在内，还与评论政事得失、乡井是非连在一起，还把理论与实践结合在一起，要求学生身力行。由于东林讲会开创了一种崭新的讲学风气，引起了朝野的普遍关注。一些学者从全各地赶来赴会，学人云集，每年一次的大会有时多至千人，不大的书院竟成了当时内人文荟萃的重要会区和江南讲学者遥相应合。东林书院实际上成为一个舆论中心，这里的人们便逐渐由一个学术团形成为一个政治派别，从而被他们的反对者称为“东林”。那时所谓的“”，不同于今天的政，而是指政治见解大致相同、在政治活动中经常结合在一起的一批人。东林与朝廷中的腐朽势力展开了殊死的斗争，东林书院的主讲顾宪成则以其卓越的思想气度成为东林的精神领袖。
顾宪成思想的最大特点是重视社会政治，关心世道人心，充满了以天下为己任的救世精神。这种救世精神本是儒学祖师孔子、孟子的传统，但在汉以后封建专制统治下的儒生，不但多数沉溺为科举功名之士和从事考据、词章之士背离了这种精神，只是把它当作升官发财、猪取名利的手段，即使连标榜义理之学的儒生，也多半只是离社会实际地空谈玄理。顾宪成花了大量时间和精力，深入研究各家的学术观点，从现实和封建家利益出发，认为沉溺功名或空谈心都是有害的，因为这两种学术思都将导致人们对现实社会和具学问的漠不关心。他认为如今的政治形势已危机四伏，如同把干柴放到烈火之上那么危险，因此顾宪成强调研究学问的出发点必须是为了社会家民生所用，他认为如果眼光短浅，营营于一己之私，即使功名很高、学问很深、修养很好也不足挂齿，提倡士人不管是作官为民，身何境，都要明辨明非，注重气节，敢于和恶势力斗争。在东林书院的讲堂里，就挂上了顾宪成在青年时代写的那付对联：“风声雨声读书声声声入耳，家事事天下事事事关心”，把读书、讲学同关心事紧紧地联系在一起。
同时，顾宪成也以一庶民身份积极参与事务和评论朝政，将注意乡井民情和关心事落实到实际行动上。万历三十二年，以贩粮谋点微利的赵焕在江长泾（今江长泾）为税棍俞愚、金阳暗下设计，被活活打死，并将尸沉入附近河内。他的儿子赵希贤多次为父讼冤，由于乡宫相互包庇，一直得不到申雪。顾宪成为此一面写信信巡抚江南的地方官周怀鲁，请他代呈灾情，上达朝廷，以便量情及时给予救济。顾宪成又写信给漕运巡抚李三才，向他反映灾区情况，恳请他尽力通融接济灾民。顾宪成对朝局的败坏十分关心，但他鼓励东林这员不管时局千难万难，一定要坚守职责，直言敢谏，精诚谋，“即使天下有一分可为，亦不肯放手”，“天下有一分不可为，亦不可犯手”。意思是说，只要天下还有一线希望，就要坚决地干不去，切不可知难而退，归居林下，使一邦宵小全面控制朝政，同样，只要有一丝一毫不该做的，也绝不参与手，绝不能同流合污，使政局更为糟糕。
政局反复不改初衷
顾宪成等人在东林书院聚众讲学，因言行举止，竭诚坦荡，赢得了朝中一些正直官员的钦佩，而顾宪成的许多学生也已走入官场，这样就形成了一较大的政治势力。许多东林官员纷纷上疏推荐重新起用顾宪成。万历三十六年（1608年），顾宪成被正式任命为南京光禄寺少卿，顾宪成为了实现自己的救世理想，便奉旨动身前往南京赴任，由路放舟至丹阳附近，不料因头痛毛病复发，无法坚持，只得作罢，弃官折回，继续从事讲学议政。
万历三十八年（1610年）朝局反复，廷臣之间因东林官员李三才能否入阁发生了激烈的争。掌京畿道御史徐兆奎攻击朝廷内有许多官员与削职为民的顾宪成勾结一起，结成“东林”。这样东林书院公开卷入政治漩涡，许多士人惧怕因与东林书院有瓜葛而罹祸，因而对东林书院的讲学活动产生戒畏之心并抱回避态度。但顾宪成认为东林讲学不能因心有人攻讦，不能因为政局变化，就改变讲学议政的初衷，一年一度的东林大会也要按原定计划进行。
万历三十九年（1611年），是朝廷规定的京察之年，即对朝廷官员进行考察调整。主持此事的东林官员叶向高等希望积极设法解除以往纷争，秉公办事，澄清吏治，使政治朝局焕然更新。但不料其他派别的官员联合起来栽赃陷害，把目标集中在东林官员身上，全部意图就是想将朝中正人搞倒，由他们来控制内阁大权。徐兆奎更是将朝廷纷争的全部责任推到东林官员头上，说家吏治、人品、学术都因顾宪成的东林讲学而弄得败坏不可收拾，污蔑东林借讲学之名，行结营私之实，将功名利禄与学术气世统统混为一谈，弄得吏治人心大败。明神宗看了徐兆奎的奏疏后，对东林官员的提议不予采纳。这次京察，东林官员的努力没有实现。相反，一帮因祸得福，都纷纷挤到各要津重地，不遗余力地捏造借口打击排挤朝中正人。从此，家政治更加枯稿。被指控为“讲学东林。遥执朝政”的顾宪成境艰危，东林书院的景况也开始走下陂路，与会人员锐减，已只有“二三真正如苍然隆冬之松柏”的君子前来听讲，讲事也逐渐凋零。
次年，一生忧忧民的顾宪成走完了他62岁的人生历程。留下的著作有《小心斋札记》、《还经录》、《证篇》、《东林会约》、《东林商语》、《南岳商语》、《仁文商语》、《虞山商语》、《经正堂商语》、《明道商语》、《质疑篇》、《桑梓录》、《朱子二大辨序》等。
顾宪成一生，早年立志把求学与服务社会紧密结合，中年以后把讲学与议政活动结合起来，开辟了知识分子议政的风气。他的高风亮节和爱至深的精神也一直在鼓舞激励着后人关心事，热忱报。
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