存兩卷。其缺卷是流傳到日本原缺還是以後散失，不明。此後有澀江氏所藏抄本，蓋有「弘前醫官澀江氏藏書記」的印記，現藏帝國圖書館。第三是小島尚質影抄本。小出滿二稱：「天保九年（公元一八三八年），高山寺本因故移來江戶（今東京），斯界的小島學士，親自影印。不知其抄本今在何處。」現在這個抄本在我國，係光緒年間為楊守敬所得，是院刻在我國的唯一抄本。
小島尚質影寫本卷五首頁有「佞宋」、「尚質和印」、卷八首頁有「江戶小島氏八世醫師」的篆文印記，佞宋是小島尚質的別號。卷八末頁有佞宋的短跋，它記明原抄本是天聖刊本，記其時日為「辛丑花朝前一夕」。這個「辛丑」是清道光二十一年（公元一八四一年），即高山寺本一度移至江戶後的第三年，與小出滿二所說符合。是該本抄成於一八四一年或稍早。小島抄本的影摹技術極為工整，並且所有侵蝕脫落處，都用細筆勾描出來，誠有如楊守敬所稱：「精好如宋刻」（《日本訪書志》卷七）。但原書文字蝕爛後筆劃走了樣，也很難描真，因此有個別字不免描錯。如「蛇桑」誤為「地桑」（卷五《種桑柘》篇。雖然「地桑」是對的），「蕪荑」誤為「燕荑」（卷五《種榆白楊》篇），「碓擣」誤為「●擣」（卷八《種紅藍花梔子》篇「殺花法」），以及同篇「必用一色純米」的「必」字因模糊沒有描出。「●」字小島已予校正：「質按●當作碓，宋版模糊似●，故傳寫遂誤。」「必」字雖也校到了：「質按「用」上一字，宋版模糊叵辨」，仍未校出是「必」字。其餘二字，則漏未校及。從對「●」字的校記，可以看出該抄本並非小島自抄，而是什麼人抄好後小島加以校對的。
小島影寫本除五、八兩卷外，尚多卷一和卷前《雜說》的殘頁二頁。這二頁在成書於一八五六年的日人森立之《經籍訪古志》中還提到過，但在一九一四年羅振玉影印的吉石盦本院刻中已經沒有，以後也沒有人提起，可見在一九一四年以前又已散失。殘頁的第一頁，其前半頁是《雜說》的最末，即自「六月拔諸菜」至「万不失一」止，一共八行，剛好滿格無空，全文結束，但每行十八字，和別處十七字不同；後半頁就是卷一的正頁，自「《齊民要術》卷第一」、卷一總目，至末行「樹穀曰田，象」止，和《雜說》之間沒有空隔行。第二頁是《耕田》篇的引《氾勝之書》「之和，適地之宜」起至《收種》篇的「生者亦尋」止。可注意的是這一頁的版心的頁碼還完好沒有被剝蝕，是第「十九」頁。明抄（見第五節）每行大小字數和院刻相同，只是改半頁八行為十行。從第一行「《齊民要術序》」起到這裏「生者亦尋」行止，在明抄共三○四行，剛好合到十六行本的院刻是整整十九頁。這說明院刻在自序和《雜說》之間及《雜說》和卷一之間，都是接連著刻印，中間沒有分篇的空白，而且頁碼是一直連貫計算下來的。這就和明抄以下的各本不同（有空白，頁碼各自為起訖），是辨別版本的依據之一。
一九一四年羅振玉借高山寺本用珂羅版影印，編入《吉石盦叢書》中，院刻殘本，始得流通。影印本線裝一冊，頁心較原本約縮少三分之一，印刷清晰，不受縮印影響。只五、八兩卷，比小島影抄本少二頁殘頁。羅氏後跋記其得書影印始末說：
「苦《齊民要術》無善本。明以來諸刻，訛脫不可讀。吾鄉袁太常昶以宋本校前七卷，刊板于中江官舍（按即漸西村舍本，見第十一節），號稱佳槧。……取以校皕宋樓《群書拾補》所載宋本（按即陸心源《群書校補》校宋本，見第四節），不盡合，蓋校者以意取舍之也。……庚子（一九○○年）冬，客武昌，亡友楊惺吾舍人（按即楊守敬）為言曾於日本高山寺影寫北宋殘本二卷，因出所刊留真譜見示？卷五第一葉數行，並以所作跋尾畀予觀之。予大喜，亟謀重刊。舍人則言：「此書既已從事校勘，但未寫定耳。……脫稿後，必見畀。」乃荏苒十年，卒不踐前約。意舍人所？，殆僅留真譜所刻數行，不及寫其全卷，故無以塞曩諾也。……及辛亥（一九一一年）東渡，……高山寺得允諾，……因取以校中江本，不僅第八卷未校以宋本者，訛字滿幅，即他卷據宋本勘正者，異同亦復錯見。……故不僅可校俗本，且可正南宋本。雖但存二卷，而正訛字已數百，豈非驚人之祕笈乎？亟影印以傳當世。」
而羅振玉《雪唐校刊群書敘錄》則稱：「庚子在鄂中聞楊惺吾舍人藏影日本高山寺北宋本殘卷，求借而授之梓。舍人謂欲取王禎《農書》所引校末二卷之無宋本者，校畢即見畀。予請自任之。則又曰：「曩固已從事校勘，第未清寫耳。盍稍俟之？」」實際楊守敬的影寫北宋殘本，就是小島尚質影寫本，於光緒年間為楊所得，不是他自己影寫的，即楊守敬《日本訪書志》卷七自稱：「余所得係小島尚質以高山寺本影鈔，精好如宋刻」者。《日本訪書志》又稱：「余又以聚珍本王禎《農書》校之，補脫釐誤，大有裨益，當出黃（指黃廷鑑）校本上。」用王禎《農書》校勘《要術》會和漸西村舍本得出同樣浮濫錯誤的結果，黃廷鑑所以不用王《書》校勘，正是他勝過漸西本的地方（詳見《宋以來齊民要術校勘始末述
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