力念佛，求出轮回。
十二月廿一日，重到云栖，受菩萨戒。后一日，撰《受菩萨戒誓文》。
大师甫受菩萨戒，发心看律藏。阇梨古德师试曰：“汝已受大，何更习小？”对曰：“重楼四级，上级既造，下级可废耶？”师曰：“身既到上层，目岂缘下级？”对曰：“虽升他化，佛元不离寂场。”
乙丑二十七岁
是春，就古吴阅律藏一遍，方知举世积讹。四旬余，录出《毗尼事义要略》一本。仅百余纸。此后仍一心究宗乘。
同二三法友结夏。
寄剃度师雪岭及阇梨古德师书。痛陈像季正法衰替，戒律不明。词至恳切。
乙丑、丙寅两夏，为二三友人逼演大佛项要义二遍。实多会心，愿事阐发，以志在宗乘，未暇笔述。
丙寅二十八岁
母病笃。四刲肱不救。痛切肺肝。
六月初一日，母亡。享年六十七。大师赋四念处以写哀。
葬事毕。焚弃笔砚，矢往深山。道友鉴空、如宁留掩关于吴江之松陵。关中大病，乃以参禅工夫，求生净土。
丁卯二十九岁
崇祯元年戊辰三十岁
是春出关，朝南海，觐洛伽山，将往终南。遇道友雪航檝公，愿传律学，留住龙居。是夏，第二次阅律藏一遍，始成《毗尼事义集要》四本及《梵室偶谈》。
是年，在龙居阅藏，于一夏中，仅阅千卷。夏初遇惺谷师，乃订交焉。时惺谷师尚未剃染。仲冬，又获交归一师。于是二友最得交修之益，同结冬。
刺舌血书大乘经律。撰《刺血书经愿文》，及《书佛名经回向文》。
过槜李东塔，见人上堂，有感。赋偈云：“树杪声声泣露哀，岸舟鱼背漫相猜，宗乘顿逐东流下，触目难禁泪满腮。”“一滴狐涎彻体腥，当阳鸦立法王庭，却惭普眼能弘护，犹使天人掩耳听。”“聋人听曲哑人歌，跛躄相将共伐柯，今日已成冥暗界，不知向后又如何。”
己巳三十一岁
正月十五日，为同学比丘雪航智檝师讲四分戒本，并刺血书愿文。
是春，同归一筹师送惺谷至博山，依无异舣禅师薙发。舣禅师见大师所著《毗尼事义集要》，喜之。即欲付梓，大师不许。
在博山，遇璧如镐师，详论律学，遂与订交。
随无异舣禅师至金陵，盘桓百有十日。尽谙宗门近时流弊，乃决意弘律，大师律解虽精而自谓“烦恼习强，躬行多玷，故誓不为和尚”。“三业未净，谬有知律之名，名过于实”，引为“生平之耻”。
是春，撰《持咒先白文》、《愿持灭定业真言》百万，《观音灵感》、《七佛灭罪》、《药师灌顶》、《往生净土真言》各十万。《次当结坛持大悲咒》十万。
母亡三周年，乞善友课持经咒。撰《为母三周求拔济启》，及《为母发愿回向文》。
秋，游栖霞，始晤自观印阇梨。赠以偈云：“举世不知真，吾独不爱假。羡君坦夷性，堪入毗尼社。”
是冬，同归一筹师结制龙居。第三次阅律一遍。至除夕，第三次阅律藏毕，录成六册，计十八卷。
撰《礼大报恩塔偈》、《持准提咒愿文》、《礼大悲铜殿偈》、《起咒文》、《除夕白三宝文》。
撰《尚友录序》。
庚午三十二岁
春，病滞龙居。正月初一，然臂香，刺舌血，致书惺谷。三月尽，惺谷同如是昉公从金陵回，至龙居，请季贤师为和尚，新伊法主为羯磨阇梨，觉源法主为教授阇梨，受比丘戒。经三阅律，始知受戒如法不如法事。彼学戒法，固必无此理，但见闻诸律堂，亦并无一处如法者。
是春，归一筹师作《毗尼事义集要跋》。
撰《阅律礼忏总别二疏》、《安居论律告文》、《为母四周愿文》、《为父十二周求荐拔启》。结夏安居，为惺谷寿、如是昉、雪航檝三友细讲毗尼事义集要一遍。添初后二集，共成八册。虽然尽力讲究，不意或寻枝逐叶，不知纲要。或东扯西拽，绝不留心。或颇欲留心，身婴重恙听不及半。其余随缘众，无足责者。大师大失所望。
拟注梵网，作四阄问佛。一曰宗贤首，二曰宗天台，三曰宗慈恩，四曰自立宗。频拈，得天台阄。于是究心台部，而不肯为台家子孙。以近世台家与禅宗贤首慈恩，各执门庭，不能和合故也。时人以耳为目，皆云大师独宏台宗，谬矣谬矣。
案：大师法语，示如母云：“予二十三岁，即苦志参禅，今辄自称私淑天台者，深痛我禅门之病，非台宗不能救耳。奈何台家子孙，犹固拒我禅宗，岂智者大师本意哉！”复松溪法主书云：“私淑台宗不敢冒认法派。诚恐著述偶有出入，反招山外背宗之诮。”然置弟门外，不妨称为功臣。收弟室中，不免为逆子。知我罪我，听之而已。”
撰《结坛水斋持大悲咒愿文》、《为父回向文》。
辛未三十三岁
是春，撰《毗尼事义集要序》于皋亭古永庆寺。先是真寂闻谷老人，博山无异禅师，劝将《毗尼事义集要》付梓流通。乃同璧如、归一二友商榷参详，备殚其致。惺谷以此书呈金台法主，随付梓人，至今岁于皋亭佛日寺刊成。
春，同新伊法主礼大悲忏于武林莲居庵。
撰《楞严坛起咒》及回向二偈。
八月，惺谷师示寂于佛日。师病时，大师割股救之。并赋偈云：“幻缘和合受兹身，欲剜千疮愧未能。爪许薄皮聊奉供，用酬严惮切磋恩。”
九月，入孝丰。取道武林，晤璧如师，不旬日，师示寂，著惺谷、璧如二友合传。
始入北天目灵峰山过冬，即灵岩寺之百福院也。有句云：“灵峰一片石，信可矢千秋。”时山中无藏，为作《请藏因缘》。
是冬，在灵峰讲《毗尼事义集要》七卷。次夏，续完。听者十余人，惟彻因比丘能力行之。
是冬，有温陵徐雨海居士，向大师说《占察妙典》。大师倩人特往云栖请得书本。一展读之，悲欣交集。撰读持回向偈。
壬申三十四岁
结夏灵峰。为自观师秉羯磨授具戒。
撰《龙居礼大悲忏文》，及《礼大悲忏愿文》。
癸酉三十五岁
是春，为灵峰请藏至，未装。
撰《西湖寺安居疏》。结夏金庭西湖寺，细讲《毗尼事义集要》一遍。听者九人。能留心者，唯彻因、自观及幻缘三比丘。
撰《前安居日供阄文》。前安居日，大师自念再三翻读律藏，深知时弊多端，不忍随俗肴讹，共蚀如来正法。而自受具，心虽殷重，佛制未周。爱作八阄，虔问三宝。若智旭比丘戒从心感得，十夏行持，当得作和尚阄。若得戒前，轻犯未净，当得礼忏作和尚阄，先行忏法。若未得不成遮难，或已得未堪作范，当得见相好作和尚阄，礼忏求相。若不成难而未得，当得重受阄，如法秉受，更满十夏。若成盗难而通忏，当得礼忏重受阄。若已成难，当得菩萨沙弥阄。若不许沙弥法，当得菩萨优婆塞阄。若一切戒法悉遮，当得但三归阄。若得作和尚等三阄，誓忘身命，护持正法。宁受剧苦，作真声闻。不为利名，作假大乘。若得重受等二阄，敦弟子职，誓不藐法。若得菩萨沙弥阄，誓尊养比丘，护持僧宝。若得菩萨优婆塞阄，誓以身命护正法，终不迷失菩提心。若得但三归阄，誓服役佛法僧间，种种方便，摧邪显正。并燃香十炷，一夏持咒加被。至自恣日，更然顶香六炷，撰自恣日拈阄文，遂拈得菩萨沙弥阄。撰《礼净土忏文》二首。
冬，述《占察行法》。
甲戌三十六岁
癸酉、甲戌之际，大师匍匐苦患。彻因比丘独尽心竭力相济于颠沛中，毫无二心。
是冬，在吴门幻住庵，讲《毗尼事义集要》一遍。听者仅五六人，惟自观、僧聚二比丘能力行之。
撰《礼金光明忏文》。
乙亥三十七岁
春，阻雨祥符。始晤影渠、道山（字灵隐）二师，为莫逆交。
是冬，大师遘笃疾，二师尽力调治，不啻昆季母子也。
撰《讲金光明忏告文》。
夏初，住武水智月庵，讲演《占察经》。是时即有作疏之愿，病冗交沓，弗克如愿。述《戒消灾略释》、《持戒犍度略释》、《盂兰盆新疏》。
丙子三十八岁
是春，大师自辑《净信堂初集》。
三月，遁迹九华，礼地藏菩萨塔，求决疑网，拈得阅藏著述一阄。于彼抱病，腐滓以为馔，糠秕以为粮，忘形骸，断世故。续阅藏经千余卷。
撰《九华地藏塔前愿文》、《亡母十周愿文》。
丁丑三十九岁
是岁夏、秋之际，居九子别峰，述《梵网合注》。先是如是昉公，远从闽地，携杖来寻。为其令师肖满全公，请讲此经，以资冥福。复有二三同志，欢喜乐闻。大师由赞是力疾敷演，不觉心华开发，义泉沸涌，急秉笔而随记之。共成玄义一卷，合注七卷。
案：《梵网合注》初刊之板，存金陵古林庵，后康熙丙辰岁，沈书准应成时师之请，重刻板，送嘉兴楞严寺入藏流通。（见沈书准跋）日本元禄五年所刊之板，即据此也。
撰完《梵网告文》、《赞礼地藏菩萨忏愿仪》。
自观印阇梨自武水寻大师于九子别峰，商证梵网佛顶要旨。大师见其躬行有余，慧解不足，设坛中十问拶之。
梦感正法衰替，痛苦而醒，写怀二偈云：“魔军邪帜三洲遍，孽子孤忠一线微，梦断金河情未尽，醒来余泪尚沾衣。”“休言三界尽生盲，珠系贫衣性自明。肯放眼前闲活计，便堪劫外独称英。”
戊寅四十岁
结夏新安，重拈佛顶妙义，加倍精明。
四十初度诗云：“物论悠悠理本齐，年来渐觉脱筌蹄。拳开非实掌元在，瞖去惟空眼不迷。流水有心终汇海，落花无语亦成溪，刹那生处生何性，却笑威音劫外提。”
自辑《绝余编》。
秋，践诵帚师之约，入闽。渡洪塘，往温陵。
十一月撰《陈罪求哀疏》。
己卯四十一岁
住温陵。
诵帚昉师及一切知己坚请疏解《大佛顶经》。大师感其意，兼理夙愿。在小开元撰述玄义二卷，文句十卷。
刊《佛顶玄义》，板藏大开元寺之甘露戒坛。
如是师示寂。助其念佛，并为撰《诵帚师往生传》。
撰《如是师六七礼忏疏》，挽如是师诗。
庚辰四十二岁
住漳州。
述《金刚破空论》（在温陵刊）、《蕅益三颂》、《斋经科注》。
辛巳四十三岁
结冬温陵月台。有郭氏问易，遂举笔述《周易禅解》，稿未及半，以应请旋置。
壬午四十四岁
是夏，自辑《闽游集》。
自温陵返湖州。
述《大乘止观释要》。
灵峰山中藏经装成。
撰《铁佛寺礼忏文》。
癸未四十五岁
结夏灵峰。
是岁结制。简阅藏经，仅千余卷。
崇祯十七年清顺治元年甲申四十六岁
是秋，居槜李，游鸳湖宝寿堂。撰《游鸳湖宝寿堂记》。
返灵峰。有句云：“灵峰片石旧盟新。”
九月，述《四十二章经》、《遗教经》、《八大人觉经解》。
是岁，大师退作但三归依人。
撰《礼慈悲道场忏法愿文》、《佛菩萨上座忏愿文》。
乙酉四十七岁
自去岁退作但三归人以来，勤礼千佛、万佛及占察行法。于今岁元旦获清净轮相。
夏，撰《周易禅解》竟。
撰《大悲行法道场愿文》。
是秋，住祖堂及石城北，共阅藏经二千余卷。
是岁，紫竹林颛愚大师遣七人来学。
丙戌四十八岁
晤妙圆尊者于石城之隈，同住济生庵。
撰《占察行法愿文》。
丁亥四十九岁
三月，述《唯识心要》，《相宗八要直解》。九月，述《弥陀要解》，《四书蕅益解》。
去岁，颛愚大师坐脱于紫竹林。门人以陶器奉全身供于林之山阳。今年弟子请归云居，于是金陵缁素以所存爪发衣钵，就山阳建塔供养。大师为撰志铭。
是冬，自辑《净居堂续集》。
居祖堂幽栖寺。除夕普说。
戊子五十岁
成时师始晤大师。大师一日顾成时师曰：“吾昔年念念思复比丘戒法，迩年念念求西方耳。”成时师大骇，谓何不力复佛世芳规耶？久之，始知师在家发大菩提愿以为之本，出家一意宗乘，径山大悟后，彻见近世禅者之病，在绝无正知见，非在多知见。在不尊重波罗提木叉，非在著戒相也。故抹倒禅之一字，力以戒教匡救，尤志求五比丘如法共住，令正法重兴。后决不可得，遂一意西驰。冀乘本愿轮，仗诸佛力，再来与拔。至于随时著述，竭力讲演，皆聊与有缘下圆顿种，非法界众生一时成佛，直下相应，太平无事之初志矣。
是冬，自辑《西有寱余》。
己丑五十一岁
九月，从金陵归卧灵峰。
撰《北天目十二景颂》。
腊月，
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