力疾草《法华会义》。翌年正月告成。
庚寅五十二岁
结夏北天目，究心毗尼，念末世欲得净戒，舍占察轮相之法，更无别途。
六月，述《占察疏》。
自癸酉迄今十余年，毗尼之学无人过问者，而能力行之彻因、自观、僧聚三比丘，又皆物故。毗尼之学，真不啻滞货矣。是夏安居灵峰，乃有心学律者十余人，请大师重讲。大师念向所辑，虽诸长并采，犹未一一折衷。又问辩、音义二书，至今未梓。因会入集要而重治之，兼削一二繁芜，以归简切。名曰《重治毗尼事义集要》。
六月二十一日，撰《重治毗尼事义集要序》。
安居竟，重拈自恣芳规，悲欣交集，慨然有作。赋偈云：“秉志慵随俗，期心企昔贤。拟将凡地觉，直补涅槃天。半世孤灯叹，多生缓戒愆，幸逢针芥合，感泣泪如泉。正法衰如许，谁将一线传，不明念处慧，徒诵木叉篇。十子哀先逝，诸英喜复联。四弘久有誓，莫替马鸣肩。”
八月初八日，撰《重治毗尼事义集要跋》。
与见月律主书。谈论律学，冀获良晤。
冬，住祖堂。
辛卯五十三岁
夏，结制长干。
九月，重登西湖寺。
是冬，归卧灵峰。重订《选佛图》。
壬辰五十四岁
结夏晟溪。
草《楞伽义疏》。八月，迁长水南郊冷香堂，乃阁笔。
秋，辑《续西有寱余》。
是岁腊月，草自传。先是是秋大师决志肥遁，缁素遮道不得，请述行脚。冬，憇长水营泉寺，念行脚未尽致，复述兹传，曰《八不道人传》。取中论八不，梵网八不之旨。又大师自云：“古者有儒有禅有教有律，道人既蹴然不敢。今亦有儒有禅有教有律，道人又艴然不屑。故名八不也。”
住长水，阅藏经千卷。
癸巳五十五岁
是春，大师过古吴。删改自述《八不道人传》。故从古吴传至留都，与长水本数处不同。后成时师谓传收著述未尽，请补，于是与古吴本又增数句矣。
夏四月，入新安。结后安居于歙浦天马院。五月著《选佛谱》，阅《宗镜录》。删正法涌、永乐、法真诸人所纂杂说，引经论之误，及历来写刻之讹。于三百六十余问答，一一定大义，标其起尽。阅完，七月作校定《宗镜录跋》四则。又汰《袁宏道集》，存一册，名《袁子》。
秋八月，游黄山白岳诸处。
冬，复结制天马。著《起信论裂网疏》。
甲午五十六岁
正月应丰南仁义院请。法施毕，出新安。二月后褒洒日，还灵峰。自辑《幻住杂编》。夏卧病。选西斋净土诗，制《赞补入净土九要》，名《净土十要》。夏竟，病愈。七月，述《儒释宗传窃议》。八月，续阅大藏竟。九月，成《阅藏知津》、《法海观澜》二书。
九月一日，撰阅藏毕愿文。计前后阅律三遍，大乘经两遍，小乘经及大小论两土撰述各一遍。
冬十月，病。复有独坐书怀四律，中有“庶几二三子，慰我一生思”之句。十一月十八日，有病中口号偈。腊月初三，有病间偶成一律，中有“名字位中真佛眼，未知毕竟付何人”之句。是日口授遗嘱。立四誓。命以照南、等慈二子传五戒菩萨戒。命以照南、灵晟、性旦三子代座代应请。命阇维后，磨骨和粉面，分作二分。一分施鸟兽，一分施鳞介，普结法喜，同生西方。十三起净社，撰《大病中启建净社愿文》。嗣有求净土偈六首。除夕有艮六居铭，有偈。
是岁多病。寄钱牧斋书云：“今夏两番大病垂死，季秋阅藏方竟。仲冬一病更甚，七昼夜不能坐卧，不能饮食，不可疗治，无术分解。唯痛哭称佛菩萨名字，求生净土而已。具缚凡夫损己利人，人未必利，己之受害如此。平日实唯在心性上用力，尚不得力。况仅从文字上用力者哉？出生死，成菩提，殊非易事。非丈室谁知此实语也。”
乙未五十七岁
元旦有偈云：“爆竹声传幽谷春，苍松翠竹总维新。泉从龙树味如蜜，石镇雄峰苔似鳞。课续三时接莲漏，论开百部拟天亲。况兼已结东林社，同志无非法藏臣。”“法藏当年愿力宏，于今旷劫有同行。岁朝选佛归圆觉，月夜传灯显性明。万竹并沾新令早，千梅已露旧芳英。诸仁应信吾无隐，快与高贤继宿盟。”
正月二十日，病复发。二十一日晨起病止。午刻，趺坐绳床角，向西举手而逝。世寿五十有七岁。法腊三十四。僧夏，从癸亥腊月至癸酉自恣日，又从乙酉春至乙未正月，共计夏十有九。
大师生平不曾乞缁素一字，不唯佛法难言，知己难得，亦鉴尚虚名之陋习，而身为砥也。西逝时，诫勿乞言，徒增诳误。大师著述，除《灵峰宗论》十卷外，其释论则有：《阿弥陀经要解》一卷，《占察玄疏》三卷，《楞伽义疏》十卷，《盂兰新疏》一卷，《大佛顶玄文》十二卷，《准提持法》一卷，《金刚破空论》附《观心释》二卷，《心经略解》一卷，《法华会义》十六卷，《妙玄节要》二卷，《法华纶贯》一卷，《斋经科注》一卷，《遗教经解》一卷，《梵网合注》八卷，后附《授戒法》、《学戒法》、《梵网忏法问辩》共一卷，《优婆塞戒经受戒品笺要》一卷，《羯磨文释》一卷，《戒本经笺要》一卷，《毗尼集要》十七卷，《大小持戒犍度略释》一卷，《戒消灾经略释》一卷，《五戒相经略解》一卷，《沙弥戒要》一卷，《唯识心要》十卷，《相宗八要直解》八卷，《起信论裂网疏》六卷，《大乘止观释要》四卷，《大悲行法辩讹》一卷，附《观想偈略释》、《法性观》、《忏坛轨式》三种，《四十二章经解》一卷，《八大人觉经解》一卷，《占察行法》一卷，《礼地藏仪》一卷，《教观纲宗并释义》二卷，《阅藏知津》四十四卷，《法海观澜》五卷，《㫋珊录》一卷，《选佛谱》六卷，重订《诸经日诵》二卷，《周易禅解》十卷，《辟邪集》二卷，共四十七种。又定嗣注经目，有《行愿品续疏》，《圆觉经新疏》，《无量寿如来会疏》，《观经疏钞录要》，《十轮经解》，《贤护经解》，《药师七佛经疏》，《地藏本愿经疏》，《维摩补疏》，《金光明最胜王经续疏》，《同性经解》，《无字法门经疏》，《十二头陀经疏》，《仁王续疏》，《大涅槃合论》，《四阿含节要》，《十善业道经解》，《发菩提心论解》，《摩河止观辅行录要》，《僧史删补》，《缁门宝训》，共二十一种。俱未及成书。
大师示寂，诸弟子请成时师辑《灵峰宗论》。辑成，成时师燃香一千炷，愿舍身洪流，一、报师恩，助转愿轮。二、供妙法，生生值遇，三、转劫浊，救苦众生。四、代粉 ，满师弘誓。五、忏重罪，决生珍池。
腊月十二日，成时师撰大师续传。后一日撰《灵峰始日大师私谥窃议》。后二日撰《灵峰宗论序》。越一日撰《灵峰宗论序说》。
丙申
丁酉
是冬如法荼毗。发长覆耳，面貌如生，趺坐巍然，牙齿俱不坏。因不敢从粉 遗嘱，奉骨塔于灵峰大殿右。
戊戌
己亥
是冬，《灵峰宗论》刻板成。
庚子
辛丑
庚熙元年壬寅
大师入灭八年，壬寅七月，门人性旦病逝，先书嘱语，面乞成时师并胞兄胡净广粉遗骨，代大师满甲午腊月初三日所命。先是成时师邀净侣礼佛说佛名经，旦就坛然顶灯，以报法乳深恩。至是复有此嘱。谨就八月集众修药王本事七昼夜而作法焉。
雍正元年癸卯（即日本享保八年）
是年孟春，日本京都《灵峰宗论》重刊版，老苾刍光谦序云：“（前略）昔尝读灵峰蕅益大师所著诸书，见其学之兼通博涉，其行之苦急严峻，因窃自叹虽荆溪、四明大祖师几不及也。（中略）古人有言曰，读孔明《出师表》而不堕泪者，其人必不忠。读令伯《陈情表》而不堕泪者，其人必不孝。读退之《祭十二郎文》而不堕泪者，其人必不友。余亦尝言读蕅益宗论而不堕血泪者，其人必无菩提心。（后略）”
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