之遗风。乡射邹、峄，戹困鄱、薛、彭城，过梁、楚以归”。又在《五帝本纪·太史公曰》中说：“余尝西至空桐，北过涿鹿，东渐于海，南浮江、淮矣。至长老皆各往往称黄帝、尧、舜之处，风教固殊焉。”
司马迁曾做过汉武帝的郎中，并曾一度“奉使西征巴、蜀以南，南略邛、笮、昆明”。元封元年，回京复命。适武帝已赴山东，祭泰山；他的父亲，又病在洛阳，“发愤且卒”，因往见父于河、洛之间。《自序》中云其父执其手而泣曰：
余先，周室之太史也。自上世常显功名于虞夏，典天官事。后世中衰，绝于予乎！汝复为太史，则续吾祖矣。今天子接千岁之统，封泰山，而余不得从行，是命也夫，命也夫！余死，汝必为太史；为太史，无忘吾所欲论著矣。……
幽厉之后，王道缺，礼乐衰。孔子修旧起废，论《诗》、《书》，作《春秋》，则学者至今则之。自获麟以来，四百有余岁，而诸侯相兼，史记放绝。今汉兴，海内一统，明主、贤君、忠臣、死义之士，余为太史而弗论载，废天下之史文，余甚惧焉，汝其念哉！
司马迁俯首流涕，接受了父亲的遗命。曰：“小子不敏，请悉论先人所次旧闻，弗敢阙。”其父卒三岁（元封三年，公元前108年），司马迁被任为太史令，时年三十八岁。
司马迁继任太史令后，一面整理其父遗稿，即所谓“先人所次旧闻”；另一面，又博览皇家图书馆的古书，即所谓“史记石室金匮之书”。编列纲领，树立规模，经过了五年之久，至太初元年十一月（公元前104年）才开始《史记》的写著，时迁年四十二岁。
又五年（天汉二年，公元前99年），而司马迁遭李陵之祸。关于李陵之祸，据《汉书·李陵传》载，李陵系李广之孙，少为侍中建章监。李广利率大军击匈奴，武帝派李陵运送辎重。李陵不愿，求自领一军出居延，以击匈奴。武帝壮之，乃与以步兵五千。李陵即率步兵五千，深入沙漠，至浚稽山，单于以骑兵八万围之。李陵备战，终以矢尽道穷，援兵不至，降匈奴。这个消息，传到朝廷，文武百官，都谴责李陵。司马迁以李陵提步兵五千，与匈奴骑兵八万，连战十余日，纵横沙漠，所杀过半当。“虽古名将不过也。”而且看李陵的意思，“且欲得其当而报汉。事已无可奈何，其所摧败，功亦足以暴于天下”。适逢武帝以李陵事召问他，他就本着他的意思替李陵说话。他说他的动机，是“欲以广主上之意，塞睚眦之辞”。但武帝误会了他的意思，以为他把李陵投降的责任，推到统帅李广利的身上，替李陵游说。李广利是汉武帝宠姬李夫人的兄弟，与武帝有连皮带肉的关系，怎样能说他一个不字呢？所以司马迁就犯了诬上之罪，应处腐刑。在武帝时，本来有“出资者赎罪”的办法；但司马迁“家贫，财赂不足以自赎，交游莫救，左右亲近不为壹言”，结果下了蚕室，处了腐刑。实际上司马迁遭李陵之祸，真是盖天的冤枉。他在《报益州刺史任安书》中曾说到此事，其中有云：
夫仆与李陵，俱居门下，素非相善也。趋舍异路，未尝衔杯酒，接殷勤之欢。然仆观其为人，自奇士。事亲孝，与士信，临财廉，取予义。分别有让，恭俭下人。常思奋不顾身，以徇国家之急。其素所蓄积也，仆以为有国士之风。夫人臣出万死不顾一生之计，赴公家之难，斯已奇矣。今举事壹不当，而全躯保妻子之臣，随而媒孽其短，仆诚私心痛之。
由此看来，司马迁之为李陵辩护，并非受李陵之托，为之游说；而是因为他与李陵“俱居门下”，看出李陵的为人，“有国士之风”。同时又看见那些“全躯保妻子之臣”，逢迎皇帝，打击“出万死不顾一生计”的国士，所以慨然犯武帝之盛怒，主持公道。这完全是司马迁正义感的表现。司马迁的这种正义感，是他致祸之由，也是他能成为一个伟大的史学家的基本条件。
司马迁处腐刑后，汉武帝知道他并没有犯罪，所以又任为中书令，而且信任备至。这从任安要他推贤进士可以看得出来。但司马迁自遭腐刑以后，却认为是奇耻大辱，他的精神受了很大的摧残。以至“居者忽忽若有所亡，出则不知所如往。每念斯耻，汗未尝不发背沾衣也”。
中书令在武帝时，本来是以宦官充任，他主要的任务，就是传达皇帝的诏令于三公九卿。所以司马迁在《报任安书》中有曰：“今已亏形为扫除之隶，在阘茸之中。”又说，“行莫丑于辱先，而诟莫大于宫刑。刑余之人，无所比数，非一世也，所从来远矣。”
司马迁何以“就极刑而无愠色”？这就是因为他的《史记》“草创未就，适会此祸，惜其未成”。他知道他的“先人，非有剖符丹书之功，文史星历，近乎卜祝之间，固主上所戏弄，倡优畜之，流俗之所轻也”。假令他伏法受诛，“若九牛亡一毛，与蝼蚁何以异？而世又不与能死节者比，特以为智穷罪极，不能自免，卒就死耳”。又说，“仆虽怯软欲苟活，亦颇识去就之分矣，何至自湛溺累绁之辱哉！且夫臧获婢妾，犹能引决，况若仆之不得已乎！所以隐忍苟活，幽于粪土之中而不辞者，恨私心有所不尽，鄙没世而文采不表于后也。”
自是以后，司马迁乃“自托于无能之辞”，退而著史，以终其生。《自序》中曰：
七年而太史公遭李陵之祸，幽于缧绁。乃喟然而叹曰：是余之罪也夫！是余之罪也夫！身毁不用矣。退而深惟曰：夫《诗》、《书》隐约者，欲遂其志之思也。昔西伯拘羑里，演《周易》；孔子厄陈、蔡，作《春秋》；屈原放逐，著《离骚》；左丘失明，厥有《国语》；孙子膑脚，而论《兵法》；不韦迁蜀，世传《吕览》；韩非囚秦，《说难》、《孤愤》；《诗》三百篇，大抵贤圣发愤之所为作也。此人皆意有所郁结，不得通其道也。故述往事，思来者。于是卒述陶唐以来，至于麟止。
由此而知司马迁之著史，也是因为他“意有所郁结，不得通其道也”。而其所著《史记》，也是他“发愤之所为作也”。虽然，司马迁却并不是乱发牢骚，而是抱持着一种庄严的态度，把写著历史，当作一种神圣的事业。他在《自序》中说：
先人有言：自周公卒五百岁而有孔子。孔子卒后，至于今五百岁，有能绍明世，正《易传》，继《春秋》，本《诗》、《书》、《礼》、《乐》之际，意在斯乎！意在斯乎！小子何敢让焉。
由此看来，司马迁之写著历史，盖志在《春秋》。所以他在《自序》中又托为壶遂之问曰：“昔孔子何为而作《春秋》哉？”然后答曰：
余闻董生曰：“周道衰废，孔子为司寇。诸侯害之，大夫壅之。孔子知言之不用，道之不行也，是非二百四十二年之中，以为天下仪表，贬天子，退诸侯，讨大夫，以达王事而已矣。”子曰：“我欲载之空言，不如见之于行事之深切著明也。”夫《春秋》，上明三王之道，下辨人事之纪，别嫌疑，明是非，定犹豫，善善恶恶，贤贤贱不肖，存亡国，继绝世，补敝起废，王道之大者也。
余读司马迁书，想见其为人，而悲其遭遇，不觉慨然而叹曰：“从来贤圣废黜，何其如此相同也。身逢乱世者，固无论矣，以司马迁生当盛汉之隆，亦不能免于无妄之灾。是知贤圣之不容于奸佞也。世无分治乱，时无分古今。司马迁‘少负不羁之才’，长有四方之志，亦尝‘侧身下大夫之列，陪外廷末议’；亦尝‘奉使西征巴蜀以南，南略邛、笮、昆明’，何尝不思竭其材力，以效命于国家？但言之不用，道之不行，而且无罪而遭酷刑，结果，在西汉帝国大远征的大时代中，望着千军万马咆哮而过，而自己却闭门著史，垂空文以自见，述往事，思来者，安得而不愤！虽然，司马迁诚有自知之明，他深知汉武帝英而不明，只知用自己的皇亲国戚如卫青、霍去病之流，只知用豪富的商人如东郭咸阳、孔仅之流，只知用歌功颂德的文人，如司马相如之流。像他那样既富于正义感而思想又‘颇缪于圣人’的学者，绝不能得志于专制独裁的皇帝之前，其不死于非刑已可谓幸事；又能留下其著作，更为大幸。到今日，司马迁已死去两千多年，他的名字，和汉武帝的名字，同样的响亮。是知事业文章，各有千秋；又知权力之可得而摧残者，人之肉体；至于精神，则可以从血泊中，放出其光彩。司马迁曰：‘古者富贵而名摩灭，不可胜记，唯俶傥非常之人称焉。’如司马迁者，诚为中国史上俶傥非常的人物。”
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