刘知几著作甚多，据《旧唐书》本传云：知几“自幼及长，述作不倦。朝有论著，必居其职。预修《三教珠英》、《文馆词林》、《姓族系录》；论《孝经》，非郑玄注；《老子》，无河上公注；修《唐书实录》，皆行于代。有集三十卷”。此外又撰《刘氏家史》十五卷、《谱考》三卷及《史通》二十卷。在他的著作中，以《史通》一书最为不朽之作。
《史通》一书，分内、外二篇，各十卷，合二十卷。内篇分三十九目，其中《体统》、《纰缪》、《弛张》三篇，有目无文。今所存者，仅三十六目。外篇分十一目，其中《杂说》一目析为上、中、下三篇，共合为十三目。这部书是刘知几的史学创作，也是中国史学史上第一部历史方法论的巨著。
刘知几之著《史通》，其主要目的，是在于纠正过去中国史学方法上的错误。故全书皆以批判的体裁作为写著的方法，而其论点则侧重于历史学方法。但除史学方法以外，其所涉及的范围亦至为广泛。如其外篇中之《史官建置》，则论史官制度；《疑古》、《惑经》、《杂说》、《五行志错误》、《五行志杂驳》，则皆系论历史资料。总而言之，刘知几在这部书中，可以说对他以前的中国历史学，作了一次总的清算工作。
刘知几对于他的《史通》一书，曾经在《自叙》中作过这样的介绍。他说：
若《史通》之为书也，盖伤当时载笔之士，其义不纯，思欲辨其指归，殚其体统。夫其书虽以史为主，而余波所及，上穷王道，下掞人伦，总括万殊，包吞千有。自《法言》已降，迄于《文心》而往，固以纳诸胸中，曾不芥者矣。夫其为义也，有与夺焉，有褒贬焉，有鉴诫焉，有讽刺焉。其为贯穿者深矣；其为网罗者密矣，其所商略者远矣，其所发明者多矣。盖谈经者，恶闻服、杜之嗤；论史者，憎言班、马之失。而此书多讥往哲，喜述前非。获罪于时，固其宜矣。犹冀知音君子，时有观焉。尼父有云：“罪我者《春秋》，知我者《春秋》。”抑斯之谓也。
即因《史通》一书“多讥往哲，喜述前非”，故当时“悠悠尘俗，共以为愚”，而“见者亦互言其短”。为了答复当时流俗之徒的恶意批评，刘知几曾作《释蒙》以拒之。但当时也还有几个知己，赏识其书。据《旧唐书》本传载：“徐坚深重其书，尝云：‘居史职者，宜置此书于座右。’”即因《史通》不见重于当时，所以他在《自叙》中叹曰：“夫以《史通》方诸《太玄》，今之君山，即徐（坚）、朱（敬则）等数君是也。后来张、陆，则未之知耳。”又在《鉴识》为之慨曰：“夫人废兴时也；穷达命也。而书之为用，亦复如是。盖《尚书》古文，六经之冠冕也，《春秋左氏》，三传之雄霸也，而自秦至晋，年逾五百，其书隐没，不行于世。既而梅氏写献，杜侯训释，然后见重一时，擅名千古。若乃《老经》撰于周日，《庄子》成于楚年，遭文、景而始传，值嵇、阮而方贵。若斯流者，可胜纪哉！”但是事实并不如他所想象之恶劣，《史通》一书并没有长期埋没。在他死后不久，玄宗便派河南府至其家，抄写以进。读而善之，并因此而追赠他为汲郡太守、工部尚书，赐谥曰“文”。而这又是他始料所不及的。
刘知几的思想，颇受王充的影响。他在《自叙》中盛赞王充的《论衡》。其言有曰：
儒者之书，情而寡要，得其糟粕，失其菁华。而流俗鄙夫，贵远贱近，转兹牴牾，自相欺惑，故王充《论衡》生焉。
案王充《论衡》有《问孔》、《刺孟》之篇，实为儒家的一位叛徒。而刘知几亦有《疑古》、《惑经》之作，其思想亦颇谬于圣人。他在《惑经》中说：
昔王充设论，有《问孔》之篇，虽《论语》群言，多见指摘；而《春秋》杂义，曾未发明。是用广彼旧疑，增其新觉。
他在《惑经》中，对于《春秋》之义，提出了十二个疑问，指出其虚妄者五端，大胆陈说，毫无顾忌。故刘知几的《惑经》，实即王充《问孔》的续编。至于其《疑古》篇，则系非难《尚书》；但在《序言》上，亦指斥孔子。其言有曰：
故观夫子之刊《书》也，夏桀让汤，武王斩纣，其事甚著，而芟夷不存。观夫子之定《礼》也，隐、闵非命，恶、视不终，而奋笔昌言，云“鲁无篡弑”。观夫子之删《诗》也，凡诸《国风》，皆有怨刺，在于鲁国，独无其章。观夫子之《论语》也，君娶于吴，是谓同姓，而司败发问，对以“知礼”。斯验世人之饰智矜愚，爱憎由己者多矣。
又如王充有《指瑞》、《验符》之作，指斥符瑞之虚妄。刘知几在《史通》中，即反对记录符瑞之《五行志》。《书志》曰：
古之国史，闻异则书，未必皆审其休咎，详其美恶也。故诸侯相赴，有异不为灾，见于《春秋》，其事非一。洎汉兴，儒者乃考《洪范》以释阴阳。其事也，如江璧传于郑客，远应始皇；卧柳植于上林，近符宣帝。门枢白发，元后之祥；桂树黄雀，新都之谶；举夫一二，良有可称。至于蜚蜮蝝螽，震食崩坼，陨霜雨雹，大水无冰，其所证明，实皆迂阔。故当《春秋》之世，其在于鲁也，如有旱雩舛候，螟伤苗之属。是时或秦人归襚，或毛伯赐命，或滕、邾入朝，或晋、楚来聘。皆持此恒事，应彼咎征，昊穹垂谪，厥罚安在？探赜索
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