刘知几在泛论中国历史学各流派以后，于是集中其论点于纪传体。他就纪传体的各个部门，如“本纪”、“世家”、“列传”、“表历”、“书志”、“论赞”、“序例”等，展开其批判。
他论“本纪”，提出了三点意见。第一，“本纪”所以纪天子，非天子不应列入“本纪”。因此他对于司马迁之列周秦先世于“本纪”，认为“可怪”。列项羽于“本纪”，认为“乖谬”。《本纪》曰：
迁之以天子为本纪，诸侯为世家，斯诚谠矣。但区域既定而疆理不分……案姬自后稷至于西伯，嬴自伯翳至于庄襄，爵乃诸侯，而名隶“本纪”。……此尤可怪也。项羽僭盗而死，未得成君。求之于古，则齐无知、卫州吁之类也，安得讳其名字，呼之曰王者乎？春秋吴、楚僭拟，书如列国。假使羽窃帝名，正可抑同群盗；况其名曰西楚，号止霸王者乎？霸王者，即当时诸侯。诸侯而称“本纪”，求名责实，再三乖谬。
其次，他以为“本纪”所以纪年岁，显国统，故无年号者不纪，无国统者不书。所以《魏志》曹传，权假汉年；韦曜《吴史》，不纪孙和。盖以其子孙虽为天子，其祖先不能因之而亦称天子。如其祖先亦称天子，则当时固有天子，没有历史地位可以安插这位追尊的天子。所以他反对把追尊的天子，写入“本纪”。《本纪》曰：
盖纪之为体，犹《春秋》之“经”，系日月以成岁时，书君上以显国统。……而陆机《晋书》，列纪三祖（追尊晋代的三祖），直序其事，竟不编年。年既不编，何纪之有？
第三，他以为“本纪”的体裁，是以事系年，而且专载大事，以显示某一帝王时代的历史大势，不应把琐碎的细事，写入“本纪”。《本纪》云：
纪者，既以编年为主，唯叙天子一人。有大事可书者，则见之于年月。其书事委曲，付之列传。此其义也。如近代述者魏著作（彦渊）、李安平（百药）之徒，其撰魏（书）、（北）齐（书）二史，于诸帝篇，或杂载臣下，或兼言他事，巨细毕书，洪纤备录。全为传体，有异纪文，迷而不悟，无乃太甚。
他论“世家”，也提出了三点意见。第一，他以为“世家”所列的人物，必须有世可续，有家可承；否则即不应列于“世家”。因此他以司马迁列陈胜于“世家”为不然。《世家》曰：
“世家”之为义也，岂不以开国承家，世代相续？至如陈胜起自群盗，称王六月而死，子孙不嗣，社稷靡闻，无世可传，无家可宅，而以“世家”为称，岂当然乎？
第二，他以为“世家”所以录诸侯，不应录大夫。因此，他反对司马迁录三晋及田氏之先世于“世家”，而田完反没其名号。《世家》曰：
且诸侯、大夫，家国本别。三晋之与田氏，自未为君而前，齿列陪臣，屈身藩后；而前后一统，具归“世家”。……又（田齐）列号东帝，抗衡西秦，地方千里，高视六国，而没其本号，唯以田完制名。求之人情，孰谓其可？
第三，他以为“世家”所列诸侯，应该是专制一国、传世甚久的古代诸侯。而徒有其名的汉代诸侯则不应列入“世家”。《世家》曰：
夫古者诸侯，皆即位建元，专制一国，绵绵瓜瓞，卜世长久。至于汉代则不然，其宗子称王者，皆受制京邑，自同州郡；异姓封侯者，必从宦天朝，不临方域。或传国唯止一身，或袭爵才经数世；虽名班胙土，而礼异人君。必编“世家”，实同“列传”。而司马迁强加别录，以类相从，虽得画一之宜，讵识随时之义？
此外，他以为还有一类人物，即割据之君，“为史者，必题之以纪，则上通帝王；榜之以传，则下同臣妾。”亦宜列于“世家”。
他对于“列传”提出了五点意见。
第一，他以为“列传”所以列卿大夫，非卿大夫则不应编入列传。因此他反对陈寿在《三国志》中列吴、蜀二帝于“列传”。《列传》曰：
夫纪、传之不同，犹诗赋之有别。而后来继作，亦多所未详。案范晔《汉书》记后妃六宫，其实传也，而谓之为纪；陈寿《国志》，载孙、刘二帝，其实纪也，而呼之曰传。考数家之所作，其未达纪传之情乎？
第二，他以为“列传”主题，皆系人名，如非人名，即不应列入。《编次》云：
寻子长之“列传”也，其所编者，唯人而已矣。至于龟策异物，不类肖形，而辄与黔首同科，俱谓之传，不其怪乎？且《龟策》所记，全为志体，向若与八书齐列，而定以书名，庶几物得其明，同声相应者矣。
第三，“列传”中有“合传”，但他以为“合传”的人物必须同时并世，而其行事，又首尾相随，如“陈余、张耳，合体成篇，陈胜、吴广，相参并录”，这是可以的。至于以异代之人，列于一传，如：“汉之贾谊将楚屈原同列，鲁的曹沫与燕荆轲并编”，“老子与韩非并列，贾诩将荀彧同编”，这是不对的。
第四，“列传”中有附出之例，但他以为这种附出的人物，必须“名行可崇”而又“事迹虽寡”，不能独立成传，所以“寄在他篇，为其标冠。若商山四皓，事列王阳之首；庐江毛义，名在刘平之上是也”。若名行不可崇者，则无附出之必要。但“孟坚每一姓有传，则附出余亲。其事迹尤异者，则分入它部，故博陆、去病，昆弟非复一篇；外戚、元后，妇姑分为二录”
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