部曲，渡江北上。他在长江中流击楫发誓说：“祖逖不能清中原而复济者，有如大江。” 他的豪迈誓言，表现了反对民族压迫的壮志。
祖逖驻在淮阴，一面招集流散，扩充队伍，一面冶炼兵器，屯田积谷。他自己勤劳节俭，不蓄私产，与将士共甘苦。他进军太丘、谯城、雍丘（今河南永城、夏邑、杞县）一带，控制了一些坞壁的地主武装，利用它们对付石勒。不到几年，祖逖军队收复了黄河以南大部土地，迫使石勒不敢过河。正在这时，晋元帝害怕祖逖功高难制，于己不利，派戴渊都督北方六州诸军事指挥逖军，并扼制逖军后路。同时东晋统治者内部明争暗斗非常激烈，王敦之乱已经在酝酿中。这些情形，使满腔热忱的祖逖忧愤成疾，大兴四年（321年）病死军中。豫州人民感念祖逖“北伐”的功劳，到处为他立祠纪念。
祖逖死后，南北之间暂时保持着均衡的局面，东晋统治集团忙于内战，“北伐”的呼声沉寂了一个时期。成帝咸康五年（339年），掌权的庾亮在荆州请求率师“北伐”，郗鉴、蔡谟力加阻止。郗鉴认为他所统军民以北人为主，渡江后就会脱离自己的控制；蔡谟更是夸大石虎的力量，故作危言，主张坐守江沔，等待敌人灭亡。这种消极的论调，居然获得朝议的赞同。康帝建元元年（343年），庾翼请求“北伐”，抗命进驻襄阳，但仍以受阻而止。后来，荆州镇将桓温的势力逐渐强大，永和三年（347年）桓温率军人蜀，灭賨人李氏的汉国（即原来的成国），声势更盛。他屡次要求“北伐”中原，当朝大臣无法直接阻止，乃于永和五、六年相继派外戚褚裒和名士殷浩“北伐”，以图抑制桓温。褚裒进驻彭城，来奔的北人日以千计，鲁郡民五百多家起义附晋，河北民二十多万也渡河来归。在这种有利形势下，褚裒不但不努力向前，反而一触即退，使河北来归的人民在半道上陷入四面受敌的困境。殷浩北进，也以失败告终。
桓温利用褚裒、殷浩北进失败后朝廷暂时无力反对的时机，于永和十年（354年）率军攻击前秦，进入关中，受到关中人民的牛酒欢迎。但是桓温不愿在北方战场上过多消耗实力，所以在灞水停军观望，丧失了取胜的时机。秦军芟苗清野，深沟自固，晋军粮食匮乏，全部退回。永和十二年，桓温第二次北进，收复洛阳，徙民而归。太和四年（369年），桓温第三次北进，从扬州到达前燕邺都以南的枋头（今河南浚县境）。前燕在前秦援助下截断了晋军粮道，桓温弃甲烧船败回。
桓温以“北伐”为事，前后十多年。他受到朝臣的牵制，而他自己也把“北伐”作为个人集中权力的手段，所以“北伐”迄无成就。他在“北伐”途中见以前所种柳树大已十围，不禁感慨地说：“木犹如此，人何以堪！” 他不满朝臣“永结根于南垂，废神州于龙漠”的苟安态度，请求“一切北徙”，还都洛阳，上表至十余次，都没有得到允许。东晋朝臣反对桓温，除了权力之争的原因以外，更主要的是由于他们在南方产业已丰，无心北归。孙绰以“田宅不可复售，舟车无从而得”为理由，力排还都之议，认为还都洛阳是“舍安乐之国，适习乱之乡” ，这是当时士大夫中最露骨的自白。在这种情况下，虽然以后还有过“北伐”，每次“北伐”也都得到过北方人民的支援，但是南北统一的希望却始终无法实现。
宁康元年（373年）桓温死后，军权由其弟桓冲掌握。那时前秦已经统一北方，占领益州，威胁东晋。东晋统治者内部的矛盾，由于大敌当前暂时缓和了。桓冲把扬州让给当政的谢安，自己专镇上游，作防秦准备。谢安侄谢玄在京口组成了一支称为北府兵的军队，是东晋唯一的劲旅。
前秦夺得东晋的彭城、襄阳两大重镇以后，在东晋太元八年（383年）倾力南下，军队旗鼓相望，前后千里。十月，秦前锋苻融等军25万进至淮颍地区，陷寿阳，晋军谢石、谢玄等率北府兵8万人迎战，在洛涧（今安徽怀远境）与秦军相拒。苻坚派被俘的晋将朱序到晋营诱降，朱序把秦军情况密告谢石，并且说如果晋军能乘秦军还未完全集结时一鼓击破苻融，就可能操全局的胜算。谢石、谢玄获得这一重要消息后，立即部署晋军，从容应敌。
十一月，谢玄派北府将刘牢之以精兵5000袭击洛涧，歼秦军万余人，掳获大批粮草器械，取得了首战的胜利。苻坚在寿阳城头望见晋军布阵严整，又以为城外八公山上草木都是晋兵，始有惧色。
谢玄乘胜，与逼淝水而阵的苻融相约到淝水西岸决战。苻坚麾军后退，企图乘晋军半渡淝水时加以邀击。但是秦军内部不稳，一退不可复止，顿时溃散奔逃，自相践踏；晋军乘势猛攻，获得了巨大胜利。秦军溃兵在路上听到风声鹤唳，都以为是东晋追兵。
前秦的南侵师出不义，前秦内部隐伏着的民族矛盾，由于师出不义而加深了。淝水之战以前，苻融和一些氐、汉官吏，看到北方人民思念东晋，也看到前秦的鲜卑人与羌人可能乘机起事，都一再反对过南侵。怂恿苻坚南侵最力的，是想借机促成苻坚失败的鲜卑贵族慕容垂、羌人贵族姚苌等人。淝水之战中，秦军是由临时征集来的各族人民组成的，他们离心离德，意气消沉，不愿积极作战；秦军中的汉人面对晋军，更是不愿自相残杀。与此相反，东晋在强敌进犯之前，“君臣和睦，上下同心” ，北府兵又多为流亡南来的北方人或其子孙，他们深受民族压迫之苦，更是英勇接战，奋不顾身。因此在淝水战场上苻融麾军稍退的时候，各族士兵临阵奔逃，而晋军则以一当十，奋勇追击。被俘在长安的晋将丁穆，也乘秦军南下的机会，与关中汉人倡议，响应晋军，加重了苻坚后方的混乱。这种内外交攻的形势，不但决定了秦军的失败，而且更导致了前秦统治的瓦解。
淝水之战是中国历史上的一次以少胜多的著名战役。淝水之战中东晋的胜利，使南方人民避免了氐族统治者的摧残，使南方经济文化免遭破坏，在中国历史上具有重大的意义。
在东晋政权的庇护下，大批从北方来的“亡官失守”之士，在南方抢夺土地，占夺流民为部曲、佃客和奴婢；许多南方地主，也继续扩充经济势力。晋初执政的王导力图弥合南北地主的矛盾，所以他为政务求清静，不干预地主的掠夺行为。南方地主顾和还不满足，要求王导“宁使网漏吞舟”，而不要“采听风声，以为察察之政” 。谢安效法王导，为政“去其烦细”；他不许搜索被豪强舍藏的流民，竟认为“若不容置此辈，何以为京都！” 在这些世家大族相继统治之下，达官豪强贪污秽浊，恣意害民。豪将盗石头仓米达100万斛，东晋王朝不敢追究，反而滥杀管仓小吏塞责。郗愔以“深抱冲退”著名，但是敛财却多达几千万 。地方官吏贪污比京官还厉害，京官不能满足贪欲时常常求为县令。在这样的统治之下，人民受害之深可以想见。
东晋的徭役十分繁重，连京畿境内，徭役名目也多得惊人，庾龢为丹阳尹时，请求废除众役达六十余项。范宁上疏说：“今之劳扰，殆无三日休停，至有残形剪发，要求复除，生儿不复举养，鳏寡不敢妻娶。” 赋税在东晋中期以后也大为增加。太元元年（376年），东晋废除了度田收租之制，改为不论有无土地，也不论有多少土地，每口一律税米3斛；太元八年又激增至5斛。从度田收租改为按口税米，对于地主有利，而对于农民却非常不利。
不堪赋役压榨的农民，有些成批地向广州以及南方腹地逃亡，有些聚结在山湖深处，逃避官府搜索。统治者对待逃亡农民，更是极端残酷，史载海陵（今江苏姜堰东）逃亡民近万户聚在青浦的湖泽菰封中，毛璩率军千人围捕无效，趁大旱时四面放火，烧尽菰封，迫使亡户出降，然后把他们编为军队。
南方农民在东晋政权和地主的压迫剥削下，常常发生暴动。由于南北民族矛盾起伏不定，分散的暴动在很长的时期内没有汇集成大规模的农民战争。
淝水之战以后，北方胡族的威胁暂时解除了，东晋地主阶级内部矛盾立即趋于炽烈。隆安二年（398年）镇守京口的王恭和荆州的殷仲堪、桓玄等人，相继起兵反对当权的司马道子。经过复杂的斗争后，长江中游地区为桓玄割据，下游的京口和江北地区为北府将刘牢之控制，东晋朝廷的辖区，实际上只剩下江南一隅，赋税兵徭的沉重负担，就全部落到江南八郡农民身上。江南农民除了造反以外，再没有别的出路了。
王恭起兵后，新安太守、五斗米道教主孙泰借讨伐王恭的名义起兵，被司马道子诱杀了。孙泰侄孙恩逃到海岛上，继续以五斗米道招引流亡。隆安三年（399年），代司马道子执政的司马元显，征调江南诸郡“免奴为客”者，即从奴隶身份解放出来的佃客，称之为“乐属”，移置京师当兵。征发的时候，官吏还大量侵犯不是“乐属”的一般农民 。无辜农民受到驱逐徙拨，辗转流移，有许多都死亡在道路中。在这种情形下，农民纷纷举行暴动，以反抗东晋政权加于他们的不堪忍受的摧残。那时候，孙恩从海岛带领部众登陆，攻下会稽郡，同正在进行战斗的农民合流，形成有组织的起义斗争。江南八郡农民广泛响应孙恩，不到十天，起义队伍就扩充到几十万人。江南地主不愿东晋夺走佃客，也乘统治阶级内部矛盾和阶级矛盾交织的机会参加孙恩的反晋队伍，以图从中取利。
孙恩自号征东将军，转战于东南各郡，杀戮东晋的郡守县令，建立起义军的地方政权。会稽内史王凝之是有名的道教徒，他用道教仪式进行祷告，请求“鬼兵”帮他守城。起义群众并未因宗教相同的原因而饶恕他，仍然在攻下会稽时把他杀了。建康附近各县也常有小规模的农民暴动，与孙恩大军呼应。东晋派谢琰率北府将刘牢之等进攻孙恩，孙恩率众退入海岛。
隆安四五年间，孙恩连续几度攻入会稽等郡，杀东晋官吏谢琰、袁山松等人。隆安五年，义军十余万，战船千余艘，浮海进至丹徒（今江苏镇江），建康震动。北府将刘裕反攻义军，义军又退回海岛。
元兴元年（402年），割据江、荆的桓玄利用孙恩起义的机会，攻下建康，次年自立为帝，改国号为楚。那时孙恩再次登陆进攻临海，不幸战败，投海而死。继孙恩而起统率义军的卢循为刘裕所迫，浮海南走，于元兴三年占领广州。
刘裕乘义军远走的喘息时机，于元兴三年赶走桓玄，恢复晋安帝的皇位，把东晋实权掌握在自己手里。义熙五年（409年），刘裕出兵攻灭南燕，夺得了淮北河南的大片土地，进一步提高了自己在东晋统治者中的声威。
义熙六年（410年），卢循、徐道覆在始兴（今广东曲江）等地招集汉、溪等族居民为兵，两路北上，分别取得长沙、豫章等郡，顺流而下，直抵建康。刘裕灭南燕后迅速回军建康，抵拒农民军。卢循多疑少决，贻误戎机，使农民军不能取胜，只好退守寻阳。刘裕除了在长江中游节节进逼以外，还派军浮海占领广州，截堵农民军的归路。卢循兵败回师，围攻广州不下，转至交州。他在那里虽然得到俚、僚等族的支持，但终于战败身死。前后有成百万农民参加的转战东南半壁历时13年之久的农民战争，到此终于失败了。
孙恩、卢循起义，是东晋门阀士族也就是最高层的士族统治将近一个世纪以来阶级矛盾的总爆发。起义首先发生的会稽等郡，是南方土著门阀士族虞氏、孔氏、贺氏等家族集中之地，北方来的门阀士族王、谢等氏也都麇集在这个地方。他们竞相开辟田园，兼并农民，占夺佃客和奴隶。起义农民冲击了士族地主的田庄，杀戮了同他们对抗的许多士族人物，还迫使许多士族地主剥削无所得，在饥饿中“衣罗縠，佩金玉，相守闭门而死” 。门阀士族地主经过这次打击后，实际上丧失了政治上的统治地位，不得不把权力让给以刘裕为代表的门第较低的士族地主；而门第较低的士族地主在其统治的初期，不得不接受历史的教训，缓和一下对农民的压迫和剥削。因此，农民的生活得到了一些改善，社会生产出现了上升的景象，南朝早期的所谓“元嘉之治”，就是这样出现的。
孙恩、卢循出身门户较低的士族阶层 ，他们领导的农民战争，具有一些严重的弱点。孙恩“逼人士为官属” ，即把东南八郡许多聚众响应他的大地主，一概署为重要官吏，如吴郡陆瓌、吴兴丘尪、义兴许允之被分别署为吴郡、吴兴、义兴太守，家累千金的吴兴富豪沈穆夫，被署为余姚令 。这些人既不能坚决向东晋进攻，也不能为孙恩守土御敌。所以孙恩进则孤军无援，退
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