退则群起入海，终于导致了起义的失败。
刘裕败桓玄（404年），灭南燕（410年），镇压农民起义（411年）以后，于义熙九年（413年）攻灭割据成都的谯纵。然后他再次大举北进，于义熙十三年（417年）灭掉建都长安的后秦。这些活动，使他成为炙手可热的人物。420年，刘裕废东晋，自立为帝（宋武帝，420—422年在位），建立宋朝。宋初夺得青、兖二州，西至关中，大致拥有黄河以南的土地，疆域在东晋南朝时期是最大的。
农民战争的风暴，东晋士族挟主专横的情形，对宋武帝来说，都是历历在目的教训。所以刘裕称帝前后，杀了奴客纵横的京口刁逵，把刁氏成万顷土地和大量家财分给贫民；以后，又杀了隐匿人口的余姚大族虞亮，以图限制兼并。他实行“土断”以清理侨人户籍，废除一部分屯田池塞以振百姓，禁止豪强封锢山泽。在宋武帝、宋文帝（424—453年在位）父子相继统治时期，史载“兵车勿用，民不外劳，役宽务简，氓庶繁息，至余粮栖亩，户不夜扃” 。这些话虽然带有夸张成分，但是宋初政治比起“纪纲不立”的东晋来，确实要好。
宋文帝元嘉年间，社会生产有所发展，国势比较强盛。元嘉七年（430年)刘宋派到彦之率军北进，被北魏打败，一度使“府藏武库为之空虚”。元嘉二十七年（450年），宋军分两路北进。东路王玄谟军兵精器利，是北进的主力。王玄谟进围滑台后，“河洛之民竞出租谷，操兵来赴者日以千数” 。他对于这些反魏力量不予妥善处理，反而任意割配给自己的亲信部属，引起他们的不满。王玄谟刚愎好杀，不以守备为务；又侵夺百姓财物，因而大失人心，终于被北魏援军打败。西路庞法起、柳元景军进入潼关，释放被北魏驱迫作战的汉人军俘，支援了北方人民的反压迫斗争，深得各族人民拥戴。但是东路军既已溃败，西路军孤立无援，也只得退归襄阳。
同年冬，魏太武帝率大军越过彭城、盱眙，到达瓜步（今江苏六合），扬言要渡江夺取建康。在这个危急局面下，建康附近丁壮全部参加战斗，沿江六七百里严加戒备。北魏后方不稳固，抄掠又无所得，人马饥乏，所以不战自退，转攻盱眙。盱眙守将沈璞、臧质率领军民，坚决抵抗。魏军用钩车、冲车攻城无效，只好驱掠人民北归。江淮间经魏军一进一出，赤地千里，南来春燕甚至无处筑巢，都在林中栖息。江南地区经过大规模的备战，邑里萧条，版籍大坏，所谓“元嘉之治”也就从此结束了。
瓜步之役以后，南北力量对比出现了有利于北魏的变化，北魏对刘宋处于攻势地位，刘宋在江淮地区的防守力量大大削弱，不断丧地折师。泰始三年（467年）刘宋边将背叛，淮北四州以及淮西之地尽失于魏。南北之间的战争虽然还是很多，不过随着北方各民族的逐步融合，民族斗争的意义已开始淡薄了。
宋文帝以后，宗室诸王和将帅发动了连年不断的内战。孝武帝为了制止内战，缩削扬、荆、江三州之地，以分镇将权势，并把亲信的寒人派作监督镇将的“典签”。但是这些措施都无济于事。
严重的剥削压迫和争权夺利的内战破坏了生产，使人民流离失所，备受苦难。早在元嘉九年（432年），赵广在益州发动起义，众至十余万，整个西南地区为之震动。泰始五年（469年），临海人田流发动起义，称东海王，杀鄞县令，震动东方诸郡。其余小规模的暴动，次数还很多。宋明帝曾重申旧制，“盗劫”者处黥刑，去脚筋远徙，拒战逻司者等一律处斩。但是严刑峻法的镇压，并没能消灭农民的斗争，也没有使宋代的统治延续多久。
宋末内战中掌握了禁卫军的萧道成，在479年自立为帝（齐高帝，479—482年在位），改国号为齐。
齐高帝按虞玩之的建议，设立校籍官，以宋元嘉二十七年版籍为准，进行校籍，企图恢复瓜步之役以前的户籍状况。但是版籍的破坏是政治经济条件改变的结果，单靠校籍是无法整顿的。而齐初的校籍又是弊端百出，贫苦人民常常被诬为户籍诈伪，受到“却籍”的讹诈，罚充远戍或筑城。与此相反，富有者（主要是寒族地主）用各种手段涂改户籍，却又逍遥法外。校籍的纷扰，加剧了阶级矛盾。永明三年（485年），富阳民唐寓之反对校籍起兵，在钱塘称帝，江南“却籍”户前来投奔的达三万人。他们攻夺郡县；逐杀守令，声势浩大。齐武帝发禁兵镇压，他们才归于失败。
在农民起义的打击和宗室内战的破坏下，萧齐政权非常衰颓，无力维持统治，汉水以北的南阳和淮河以南的寿阳地区被魏军夺去。中兴元年（501年），雍州刺史萧衍带兵攻入建康，第二年灭齐，自立为帝（梁武帝），建立梁朝。
梁武帝（502—549年在位）目睹宋、齐两朝宗室重臣内乱造成的危害，力图协调统治者内部的利益，避免内战。他改定北来士族的百家谱，以保障他们的社会、政治地位。东南士族不在百家之内，另为一部。他下诏于州、郡、县置州望、郡宗、乡豪各一人，专掌搜荐人物，实际上是为士族地主和寒族地主开辟做官的道路。他还大量增设州、郡、县，增加文武官位，以安插求官的地主。朝士有犯法的，他都暗示群下“屈法申之”。贪污聚敛的人只要不是存心造反，他都可以尽量优容。他提倡儒学，制礼作乐，恢复太学，建立州郡学，以图粉饰太平。他又大力提倡佛教，广建佛寺，用以笼络僧侣地主，麻醉人民。他自己还再三舍身同泰寺，让臣下用成亿的钱到寺院赎取。他采取这些办法使地主阶级的不同阶层和不同集团都能获得利益，因而缓和了他们之间的矛盾，减少了内战。但是在另一方面，梁武帝对待百姓却非常暴虐，百姓受不了剥削压迫，大量逃亡，他又制定法律：“一人亡逃，举家质作。” 在他的统治下，百姓处境更为恶化，暴动没有间断。何之元说：梁武帝时“民尽流离，邑皆荒毁，由是劫抄蜂起，盗窃群行……抵文者比室，陷辟者接门。眚灾亟降，囹圄随满” 。这就是何之元目睹的梁代民间生活的实际情形。
天监四年（505年），梁军攻魏，由于梁军主帅萧宏弃军逃归，魏军在天监五年、六年乘势围攻锺离，守将昌义之、韦叡力战，才转败为胜。北魏六镇起义发生后，魏扬州刺史李宪于普通七年（526年）降梁，梁军收复寿阳等城。中大通元年（529年），梁派陈庆之护送降梁的魏北海王元颢入洛争帝，但陈庆之军不久就败退回来了。
太清元年（547年），东魏大将侯景愿以所据河南之地降梁，不久即进据梁的寿阳。第二年，侯景勾结戍守长江的萧正德，渡江进攻建康。梁援军各路主帅多是梁武帝的子孙，他们觊觎皇位，互相猜疑牵制，无心接战。太清三年三月侯景攻破台城，繁华的建康被焚掠一空，梁武帝被困饿死。接着，侯景领军横行三吴，北折广陵，沿长江西进江陵，在那里被萧绎击败，退返建康，自立为帝。侯景所至之处屠城洗劫，残虐无比，他的野蛮行径，引起南方人民咬牙痛恨，到处起兵反抗。大宝二年（551年）萧绎派王僧辩和陈霸先率军东下。侯景战败后由海道北逃，被部属杀死。不久以后，萧绎就在江陵自立为帝，史称梁元帝。
西魏和北齐趁侯景之乱，分别向南略地，西魏取得益州，北齐取得淮南。梁雍州刺史萧詧投靠西魏，承圣三年（554年），西魏乘机派于谨、杨忠等率军攻下江陵，杀死梁元帝，立萧詧为傀儡皇帝，史称后梁。西魏军长驻江陵，监视萧詧，还把江陵财物抢夺一空，把江陵官吏和百姓几万人掠归为奴隶。
557年，陈霸先杀王僧辩，废梁自立为帝（陈武帝，557—559年在位），建立陈朝。
陈霸先称帝后，得不到各地武将的拥护；南方内地许多寒族豪强，也多乘侯景之乱，自署为州郡牧守，不奉陈朝法度。所以陈的政治局势很不稳定，既无力制止内战，又无力抵抗北朝的进攻。陈朝一度收复过江北之地，但是不久以后又放弃了。陈的经济也是凋敝不堪。陈宣帝屡下诏安置淮南流民，鼓励隐户归籍，但是均无实效。他命令罢任武将率所部到姑孰种田，“有无交货，不责市估，莱荒垦辟，亦停租税”；以后又令所有占田垦辟的人，所占公私荒田“广袤勿得度量，征税悉皆停免” 。这些办法促进了寒人地主经济的发展，而江南农业生产始终还是没有恢复到侯景之乱以前的水平。
隋代北周，于开皇九年（589年）进攻建康，俘陈后主，陈亡，南北统一。
在南北民族矛盾尖锐的东晋时期，门阀士族中曾出现过王导与谢安、祖逖与桓温这样一些人物，他们的某些活动体现了汉族人民的民族利益，得到人民不同程度的支持。但是民族矛盾一旦缓和，苟安局面一经稳定，士族奋励的意气也就消失殆尽。他们习于逸乐，沉湎酒色，“居官无官官之事，处事无事事之心” ，连实现统治的能力也丧失了。以善玄言著名的司马昱（即后来的简文帝），连稻也不认识，问别人“是何草” 。蓬头散带的士族子弟王徽之作桓冲的骑兵参军，“冲问：卿署何曹？对曰：似是马曹。又问：管几马？曰：不知马，何由知数？又问：马比死多少？曰：未知生，焉知死？” 士族名士精神腐朽，躯体脆弱，由他们组成的统治集团，经过农民起义的沉重打击后，被迫把统治权力拱手让给了以刘裕为代表的较低层次的士族地主。
南朝时期，实际上丧失了统治权的门阀士族，还力图凭借父祖余荫，巩固自己的社会地位，尽可能把士族原有的政治经济势力保存下来。他们除了仍旧尊官厚禄，威福自行以外，还通过婚姻和仕宦两途，把自己同其他的人严格区别开来，宣扬“士庶之际，实自天隔” 。他们越是感到没落和危殆，越要用自矜婚宦来挽救自己。南朝门阀士族以门第凌辱他人的事例特别多，实际上是门阀士族地位脆弱的表现。
门阀士族把婚姻关系严格限制在门阀士族的范围以内，并且极力排除非士族混入士流的可能性。门阀士族如果不严守这种限制，便被士族社会目为婚姻失类，受到排抑和诋斥。齐代王源嫁女给富阳满璋之之子，御史中丞沈约上章弹劾说：“璋之姓族，士庶莫辨”，“王满连姻，实骇物听” ，因此请求对王源免官禁锢。除了士庶之隔以外，门阀士族之间也还有门第高下的差别。王、谢、袁、萧是最高的士族，王、谢更是士族的冠冕。门阀士族一族之内的不同支脉，由于历史的或其他的原因，有时还有高下之别。江南士族以朱、张、顾、陆为高，但一般说来，他们的社会地位又低于北来士族，所以当侯景请求与王、谢为婚时，梁武帝答称：“王、谢门高非偶，可于朱、张以下访之。”
门阀士族虽然力求在婚姻上表现自己特殊的社会地位，但是他们的婚姻关系实际上已很紊乱。沈约在弹劾王源之时，就说到宋代以来“衣冠之族，日失其序，姻娅沦杂，罔论厮庶” 。门阀士族向大权在握的较低层次的士族攀缘姻娅，同样是他们保全自己的一种重要手段。
门阀士族以官位自固的办法，是独占清流美职，把清浊两途严格区分开来。清流美职，主要是那些职闲廪重，可以无所用心的职位。宰辅中的文职，品秩既高，又可以不勤庶务，自然是他们首先独占的对象。其余官职清浊虽然大致有定，但是也可依居其位者的身份高下而发生变化。南朝官吏从浊职转为清职，胜过品秩的升迁，反之则甚于降黜。为了适应门阀士族出仕的需要，秘书郎、著作佐郎等职，虽然品秩俱低，但是却被门阀士族严格独占，作为入仕阶梯，入署不到百日便得升迁。
但是南朝门阀士族不能胜任武职，因此他们的地位就得不到如同东晋门阀士族那种武力保护，事实上不得不听命于掌权的较低层次的士族。
齐梁以来，门阀士族仍致力于士族谱的撰叙编次，企图用家世源流和婚宦记录作为自己应享特权的凭证。伪造谱牒，篡改户籍，冒充士族的事，常有出现。门阀士族为了极力装饰所谓“礼法门风”，还把礼学发展到极其烦琐的地步。但是这也不能挽救他们衰颓的命运。齐明帝说：“学士（按指沈约、王融等士族名士）辈不堪治国，唯大读书耳。” 实际上门阀士族子弟终日“熏衣剃面，傅粉施朱” ，连有志读书的人也很稀少。侯景之乱时，他们“骨脆肤柔，不堪行步、体羸气弱，不耐寒暑，其死仓猝者往往而然” 。从此以后，作为南方一种社会政治势力的门阀士族，就更为衰落了。
宋、齐、梁朝政治，是以皇族为代表的、社会层次本来较低的士族掌握统治权力，日益衰落的门阀士族居高位而无所作为。在士族的这两个层次以外
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