吏，诡避差役，负担最重的仍然是少地无地的贫民。正如山西布政使高成龄上疏所说：“富者田连千亩，竟少丁差，贫民无地立锥，反多徭役。” 康熙晚年在四川、广东等地开始进行“统计丁粮，按亩均派”的试点。雍正皇帝则把试点方法推向全国。自雍正二年（1724年）开始，清朝政府把“摊丁入亩”的办法陆续推向全国。“摊丁入亩”也称“地丁合一”，即把康熙五十年固定的丁银（人丁2462万、丁银335万余两）平均摊人各地田赋银中，一体征收。从此以后，丁银就完全随粮起征，成为清朝划一的赋役制度。
永不加赋和地丁合一是明代一条鞭法的继续和发展，它最终结束了中国历史上人丁、地亩双重征税标准，把税收合并为单一的土地税，简化了国家税收的原则和手续。当时人认为施行的结果，“保甲无减匿，里户不逃亡，贫民免敲扑” ，这些话显然渲染过实，但也可以看出地丁合一的推行在当时有稳定社会秩序的作用，使无地少地的农民对国家的赋役负担有所减轻。无地的“市民”、“乡民”、“佃民”都不再纳丁银，纳地丁银的人也不再服徭役，而“官有兴作，悉出雇募” ，从此基本上不再按丁派役，国家对农民的人身束缚也削弱了。
清初的赋役除去地税、丁银之外，还有漕粮、白粮、经费、火耗以及各种杂项的差徭。火耗是从明代继续下来的在正粮项外的一种额外的加征，这项赋银主要是饱地方官吏的私囊，并不交给政府。康熙时，全国各州县官吏对火耗任意加增，视为成例，“重者每两至四五钱” ，甚至“税轻耗重，数倍于正额者有之” 。康熙五十六年（1717年），河南宜阳、渑池、阌乡一带以亢挺为首的农民，举行了反对征火耗的暴动，农民围攻县城，捉走县官，虽“总督、总兵不能压平” 。雍正二年（1724年），清朝施行了“耗羡归公”的办法，规定火耗每两不过二钱，由政府划一征收入库，然后再另给官吏“养廉银”。这项措施也减轻了农民的一些负担。
清朝在康熙、雍正、乾隆的统治时期，农业生产比以前有显著的恢复和发展。
农业的发展首先表现为耕地面积的扩大。据康熙二十四年（1685年）奏销册统计，直隶、山西、山东、河南、江南等地的耕地面积比以前都有一定的扩充。山东、河南比顺治时期各增约200万余顷。江南在顺治十八年（1661年）为95.3万余顷，康熙二十四年（1685年）至100万顷，乾隆十八年（1753年）为150余万顷。抛荒最多的四川地区，顺治十八年才1万余顷，到乾隆十八年已增至45.9万余顷 。
从顺治到乾隆的一百余年中，全国垦田面积的总额在不断上升。顺治十八年为549.3万余顷，康熙二十四年增至607万余顷，雍正二年（1724年）增至683万余顷，这已经接近了明代万历时期耕地面积的数字。乾隆十八年增至708万余顷，乾隆三十一年（1766年）增至741万余顷，到了嘉庆十七年（1812年）又增至790余万顷，这已超过了明代万历时期耕地面积的数字 。
但是这些数字还不能说明全国实际耕地的总数量，很多官田和地主隐瞒的土地均未计算在内，有一些少数民族地区的耕地，当时称为“回地”、“夷地”、“番地”、“苗田”、“瑶田”、“壮田”、“土司田”等等也都没有查丈，特别是黑龙江、吉林、蒙古、新疆、西藏、青海等地田亩，则根本没有计入 。
清朝政府在边疆地区如科布多、伊犁、哈密、乌鲁木齐、西宁、于阗等地，施行屯田。屯田有军屯，也有民屯，民屯亦称为户屯。乾隆三十一年（1766年），天山北路军屯地共17.7万余亩，户屯地14.7万余亩 ，到乾隆四十二年（1777年），军屯地增至22.7万余亩，户屯地28万余亩。在乌鲁木齐，维、汉两族原垦地为63万亩，至乾隆五十三年（1788年）又多垦余地达27.3万余亩 。
清朝把东北的大部分地区作为禁区，严禁汉人到那里开垦，但是仍有很多人私自出关，前往禁区从事垦殖。乾隆六年（1741年），奉天各属新编人口仅一万三千八百余人，至乾隆四十六年（1781年）已达三十九万余人。乾隆三十六年（1771年）吉林各属新编人口五万六千余人，至乾隆四十五年（1780年）已达十三万五千余人。垦辟土地的数量也显著增加。据雍正四、五年统计，奉天各属的旗地民田共八万五千三百余顷，至乾隆四十五、四十六年已达十五万六千七百余顷。乾隆十三年（1748年）吉林各属的民地仅一千五百八十余顷，至乾隆四十五年（1780年）已达一万一千余顷 。东北的农产品除供本地需用外，还不断往关内销运。
沿长城的蒙古地区也是不准开垦的，但也有人不顾禁令，私自前往开垦。康熙时，有数十万山东、山西、直隶、陕西的汉人，携家带口，到口外蒙古地区垦荒 。其中有的自耕，有的成为蒙古王公的佃户。当时口外出产的秫米、小米已经行销北京 。乾隆以后，热河、察哈尔、宁夏等地垦田愈多，仅郭尔罗斯游牧处所，垦出熟田已有二十六万五千余亩 。
在中原地区因为躲避粮差或失去土地的农民，往往逃入箐密林深的山区或西南各少数民族地区，有的佣工，有的力田，有的种靛、麻、茶、烟，也有的开矿、造纸，清政府一概称之为“棚民” 。棚民分散在四川、云南、贵州、广东、广西、福建、江西、湖广、江浙各省，披荆斩棘，把很多荒山旷野变为富饶之乡，他们开垦出来的土地，有一部分已被政府起科。
清政府虽然不准人民在政府封禁的地区“私垦”田亩，但是对一般的垦荒却采取了积极鼓励的措施。康熙时把垦荒起科的年限宽展到六年甚至十年，并且规定所垦的土地由官府“给以印信，永准为业” 。又采取借给牛种和雇工银两的办法，甚至用垦荒得官以招徕“有力者”，令其在指定的地区（如云、贵、四川）雇工开垦。清朝政府对少数民族地区的生产也很注意，除去在新疆、蒙古兴屯之外，对于一部分回族和苗族，还分别借给他们耕具、种子以及加修渠道牐坝的工本，并迁来有经验的老农教苗民耕种 。在福建、台湾的漳化、淡水地区，荒地极多，清朝政府规定高山族可以优先申请，拨地垦耕，这即鼓励了高山族的生产热情。乾隆时，又下令招抚西藏逃亡的藏民，散给他们口粮糌粑，“按人分给籽种，分地耕作”，一时归耕的有一千多户。清朝政府施行的这种垦荒政策，对当时耕地面积的增加、农业生产的恢复都起了一些促进作用。
清朝初年在兴修水利方面也取得了很大的成绩。康熙时，由于黄河多年失修，下游堵塞，黄、淮合流，不能入海，“北岸民田皆成巨浸”，南面的淮阳七州县也是“一片汪洋”，又影响运河阻塞，漕粮不能北达。康熙以靳辅为河道总督，采取疏导和筑堤的办法，约有十年时间（康熙十六年至二十六年，即1677—1687年），通过千万民工的努力，终于把“淮黄故道，次第修复，而漕运大通”。原来淹没之地尽变为民田，使河淮一带的农业生产在一段较长时期内，减少了水患的威胁。黄河在清朝屡次决口，河工也始终不断，但以康熙初年成绩最大，积累的经验也最多。
康熙五十二年（1713年），清朝政府又完成了永定河的修浚工程，主要是开掘了一条二百余里长的新河道，使旧河两岸的“斥卤变为膏腴” ，农民得以回到原来被淹没的地区从事生产。雍正时扩大修筑江浙的海塘也是当时最大的水利工程之一。海塘的修筑保证了沿海地区肥沃的水田免受海潮的侵袭，并且还将一部分海滩开为良田 。其他如修浚苏松的河道，开直隶的水利营田，疏通全国各地的河渠，清朝都很重视。在同一时期，还在宁夏开凿了大清渠、惠农渠、七星渠和昌润渠，原来的唐徕渠、汉延渠也都经过疏通和扩建。
清朝在水利工程方面取得的成绩，与清政府的重视与组织有关。康熙帝对水利学和测量学都有一些研究，还多次亲赴黄河和永定河工地进行勘察。他任用的河道总督靳辅，在治水方面很有才干。协助靳辅治河的还有陈潢。陈潢是清朝著名的水利学家，他在护堤工程中，采用了坦坡、减水坝等有效的办法。
清代稻米的单位面积的产量在江南、湖广、四川的膏腴之区，一般可达到两三石，湖广的黄梅、荆州以及江浙、福建、四川的某些地区，上田每亩所获至五六石或六七石 。江南、湖广、四川以及东南沿海等地的粮食总产量比较高，湖广从明末以来就有“湖广熟，天下足”之谣 。高产作物如番薯，从明末种植以来，很快便传布于沿海各省及河南、河北、陕西等省，浙江宁波、温、台等州且以此为“民食之半”。
农业经济作物的种植面积也增加了。桑、茶、棉花、甘蔗、蓝靛、烟草都成为当时极重要的商品化的农产品。原来已经种植了经济作物的地方，现在又有了很大的发展，松江和嘉定“种稻者不过十之三，图利种棉者则又十之七八” 。原来经济作物很少的地方，现在也普遍种植了。在河北冀、赵、深、定诸州，“栽培棉花者占十之八九” 。烟草最初只产于福建，康熙时已传布到湖南、广东、直隶、河南、陕西等省。据说福建所种茶、腊、苎麻、蓝靛之属已占全部土地的1/3，而烟草之植，又耗地十之六七 ，其言虽不免过于夸张，但说明福建的大部分土地都已栽种了经济作物。经济作物面积的增加，必须要有较充分的粮食供应为前提，在清代，作为商品的粮食也愈来愈多。
从康熙中叶至乾隆年间是清代农业生产逐渐从恢复走向发展的时期。这时候，大量的荒地被垦辟，原来因战争的蹂躏而生长了野草的土地又全部栽种了粮食和各种农作物，水利兴修了，商品经济在农业中也有一定的发展，这就为清王朝奠定了物质的基础。
农业生产恢复和发展的过程，也就是土地日益集中的过程。清朝前期，社会矛盾虽有暂时的缓和，但是土地兼并和地主对农民剥削的现象仍然严重。在北方，满洲贵族在圈占土地之外，又倚其权势继续强占和强买人民的田土，他们的庄头更是无恶不作。雍正时，满洲庄头索保住，在宛平县“横霸一方，田连阡陌，所招佃户，供其驱使”。满洲庄头焦国栋在宝坻县也是“横霸田土千余顷” 。一般汉族地主在此时也乘机兼并土地。《红楼梦》所反映的“几千顷地，几百牲口”的大户人家，在北方农村为数不少。山东的大地主也是“田连阡陌”，并普遍招募佃户为之耕种。而相反的，满洲的八旗旗丁在分得土地之后，却没有从土地上获得很多的利益，一部分旗丁把不准买卖的旗地，不断典卖给汉族地主，有的人也沦为佃户和雇工，遭受满洲贵族和地主的剥削奴役，与汉族农民陷入同样的命运 。
在南方，土地的兼并也在继续进行。康熙时，在商品经济比较发展的松江地区，“有心计之家，乘机广收，遂有田连数万亩，次则三四万至一二万者” 。大官僚徐乾学即“买慕天颜无锡田一万顷”，高士奇在浙江平湖置田亦有千顷。从康熙的诏谕中看出，当时南方各省的情况是“小民有恒产者十之三四，余皆赁地出租”。经过土地的日益集中，到乾隆时，湖北已是“近日田之归于富户者十之五六，旧时之人，今俱为佃耕之户”。广西也“田大半归富户，而民大半皆耕丁”，换言之，乾隆年间大概有一半以上的耕地面积已经被地主瓜分，很多以前有田的农民也都变成地主的佃户或耕丁了 。
蒙族贵族和上层喇嘛，维族的伯克和阿訇，藏族的农奴主和寺院主，也莫不倚仗其政治、宗教的特权，在各地强占农牧民的土地。西藏的土地绝大部分掌握在农奴主和寺院的手中，农民、牧民几乎没有土地。康熙时，美容的苗族土司田雯如在荆州、枝江、石门、宜都、澧州等地大买膏腴的民田。乾隆时，湘西的苗族地主藏谷数千石甚至达万石左右。汉族地主也往往与土司勾结，在少数民族地区兼并土地。
沦为佃户的农民受到地主极其苛重的地租剥削，有的“岁取其半”，有的“四六派分”，有的甚至把七八成的农产品交纳给地主。在满洲贵族土地上耕种的农民，除去遭受庄头地棍的凌辱之外，甚至还被迫预交二三年的田租，而且随时都有“增租夺佃”的可能。一般佃农在生活上毫无保障，丰年尚不足温饱，一遇天灾人祸，则不得不忍受高利贷的剥削，甚至卖儿鬻女以偿租债。地主对农民的残酷剥削，迫使农民长期生活在痛苦的深渊之中，即使在所谓
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