从康熙（1662—1722年）中叶到雍正（1723—1735年）、乾隆（1736—1795年)年间，经济逐渐恢复，社会日趋稳定，各种社会矛盾相对的缓和，清朝的统治更加巩固。
清朝初年，中央官制如内阁、六部、都察院、大理寺等都仿自明代，组成这些机构的官员虽由满汉分置，但掌握实权的都是满官，汉官备员而已。清制，除内阁外，别设议政王大臣会议，亦称“国议”。议政王大臣会议由满洲贵族组成，汉人不得参预，其权力超出内阁、六部之上，凡军国大事，都由诸王大臣签议。康熙时，满洲大臣鳌拜、明珠相继擅政，各旗主也十分跋扈，这些人最后虽受到康熙的制裁，但议政王大臣会议的制度却没有废除。另一方面，康熙又在宫内设南书房，拣择较有才华的词臣，让他们拟进谕旨，汉官的地位也比过去提高了。
雍正七年（1729年），清朝政府在北京设立了军机处。军机处设军机大臣和军机章京，由皇帝选派亲信的满洲大臣和汉族大臣共同组成，最初是因用兵准部而设的一个暂时的军事行政组织，以后即成为处理全国军政大事的常设的核心机构。但这个核心机构“只供传述缮撰，而不能稍有赞画于其间” ，军机处的裁决权完全出自皇帝。皇帝的“上谕”有两类，一类“明发上谕”，交内阁发抄，是宣示天下的谕旨；一类是“廷寄上谕”，事涉机密，由军机处直接传达给地方的督抚。从此以后，“国议”已成空名，满洲贵族的势力有一定削弱 ，汉族大臣在名义上也可以参预机务。军机处的设立是清朝在中央官制方面的重大变革，主要是加强了皇帝的权力。
明朝重任六科给事中和监察御史，叫做“言官”，言官得上书言事，评论朝政。雍正时，以六科给事中改隶都察院，给事中的权力大为削弱。清朝又在康熙初年废除了巡按御史的制度，事权尽归地方的总督或巡抚。
清朝政府裁撤了宦官二十四衙门，以其事隶属内务府 。大臣所上章奏都由皇帝亲自审阅，不再委任宦官 ，明代司礼监专政之弊，至是革除。
清初地方官制也沿袭于明代，但是行省一级的官吏除去布政使、按察使、学政外，还设有总督或巡抚。明朝的督抚主要负责军政，而且大多因事而设，事毕即调任他处。清朝每一省、二省或三省设总督一人，如四川总督、陕甘总督、两江总督，又于每省设巡抚一人，如山西巡抚、山东巡抚。有的设巡抚无总督，有的设总督兼巡抚。巡抚是总揽一省军政、民政的最高官职。总督比巡抚事权更重，但以负责军政为主，兼管民政，对所属地区的人民进行管理。无论巡抚或总督都是皇帝的心腹，事无大小，遇疑难即呈奏皇帝，听候皇帝的指示。雍正时，河南总督田文镜、浙江总督李卫、云贵总督鄂尔泰都是雍正的心腹，李卫、田文镜严厉整饬吏治，鄂尔泰施行改土归流，他们在加强中央对地方的控制方面也有一定的建树。清朝的督抚也是满汉分授。康熙时，汉人任督抚的“十无二三”，乾隆初，巡抚满汉各半，总督无一是汉人 ，但是知府以下的官吏则多由汉人充任。
清朝政府在边疆地区采取了与内地不同的管理办法。首先在北京设置了一个专门管理少数民族政务的机构，叫做“理藩院”。理藩院的设置最初是为了处理蒙古事务，随着清朝对西北、西南各地区统治的进一步加强，理藩院管理的范围也逐步扩大到蒙古以外的新疆、青海、西藏、四川各少数民族地区，这些地区的行政，如铨选、诉讼、土田、游牧、射猎、封爵、贡纳、邮站、翻译等都归其统领。理藩院的官吏分由满人和蒙古人担任，汉人不得参加 。清朝政府在蒙古、新疆等地设立将军掌边疆军政，又设大臣如参赞大臣、办事大臣，在西藏设驻藏大臣，他们与理藩院并无隶属关系，而是由皇帝特派，和督抚一样，直接听从皇帝的指挥。在各少数民族地区的地方行政机构中，具体处理政务的都是各族的上层统治者，如维族地区的大小“伯克”，蒙古族地区的大小“扎萨克”（盟长、旗长），藏族地区“噶厦”的官员和大小喇嘛，但是遇有大事都要与中央派来的将军和大臣共同商议，官职也要由理藩院任命。理藩院的设置和将军、大臣直接对少数民族地区的管理，标志着中央与少数民族地区政治隶属关系的加强，说明了清朝中央对地方的控制已经深入到边区了。至于对满族留居人数较多的东北地区，则由满洲将军治理。清朝在盛京、吉林、黑龙江各设将军一人，总管该地的军政和民政。
满族贵族在人关前虽已初步建立了一些以加强皇权为中心的制度，但是满洲的八旗旗主们还保存有极浓厚的氏族的传统势力，旗主在他所属的旗内的地位像君主一样，皇帝的命令必须通过旗主才能对各旗发生效力。人关以后，八旗中的上三旗（镶黄、正黄、正白）已直接受皇帝的指挥，但下五旗仍由满洲贵族统领，奉旗主为君的传统关系并未改变。旗主广占土地，奴役满洲旗丁或佃农耕作，在政治上参加议政王大臣会议，限制君权，极为跋扈。康熙晚年，派皇子出办旗务，其目的是要加强对各旗的控制，但是这些皇子都倚仗各旗的势力，展开了争夺皇位的斗争。
康熙共有35子，除立次子胤礽为皇太子外，还有一部分人封亲王。他们多
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