，石达开奉命率太平军西上增援，在湖口和九江大败湘军，扭转了西征军的不利局面。接着第三次攻克武昌，进军江西，控制了上游武昌、九江、安庆三大重镇，占领了安徽、江西和湖北的大部分地区，西征获得了巨大胜利。1856年上半年，驻守天京的军队在杨秀清直接指挥下，击溃了清军江北大营，接着又会同部分西征军击溃江南大营。太平天国在军事上和政治上达到了极盛的时期。
太平天国建都南京后，立即颁布了《天朝田亩制度》。这是一个包括政治、经济和社会生活各方面的农民革命纲领。纲领的基本思想在于反对地主占有土地的制度。它提出的办法是：田分九等，“凡分田照人口，不论男妇，算其家口多寡，人多则多分，人寡则寡分”。“凡男妇每一人自十六岁以尚（上）受田，多逾十五岁以下一半”，即16岁以上受全份，15岁以下减半。这样分田的主张，首先是从原则上否定了封建土地制度。
《天朝田亩制度》又进一步提出了“有田同耕，有饭同食，有衣同穿，有钱同使，无处不均匀，无人不饱暖”的理想。但太平天国的领袖们并没有找到实现这种理想的办法，只能提出一个绝对平均主义的方案。《天朝田亩制度》规定以25家为农村中社会组织的基本单位（称为“两”，以“两司马”为领导人），“凡当收成时，两司马督伍长，除足其二十五家每人所食可接新谷外，余则归国库。凡麦、豆、苎麻、布帛、鸡犬各物及银钱亦然”。这种想把个体生产的小农的产品收归公有加以绝对平均分配的办法，是一种农业社会主义的空想，显然不可能实现。事实上，《天朝田亩制度》所拟的分田和产品分配的办法都无法施行，许多地区“照旧交粮纳税”，地主阶级的土地所有制因而仍被保留下来。但是太平天国毕竟没收了许多抗拒革命的反动地主的财物土地，在革命政权的支持下，很多农民不向地主交租或交很少的租。后来太平军进入苏、常地区，这一带封建地主的反动势力较大，阶级斗争情况复杂，但许多地主也悲叹“无租可收”、“租米不还”、“各户无租”。这说明了封建剥削关系遭到了巨大的冲击，农民的生活和地位也就有所提高。
太平天国在所占领的区域内摧毁了各级地方封建政权，建立起农民的革命政权。凡县一级以上的负责人，一般都由太平军将领担任。一些农民担任了地方乡官。地方政权的建立使革命更加深入，在维护革命秩序和保证农民战争人力物力的支援上都起了重大的作用。虽然还有不少地主混进革命的队伍，窃据乡官的职位，但在上级革命政权和革命军队的控制下和群众的监督下，这些窃据乡官的地主一般不可能像清政权下的里正甲长那样肆意横行。
在经济方面，太平天国通过没收地主、官僚的财物，强迫地主缴纳捐款等方式，对地主阶级进行了沉重的打击。在革命政权支持下，农民反封建的抗租斗争更加普遍地展开。若干被杀的或逃亡的官僚、豪强的土地，实际上归了佃户所有。
财政方面，太平天国在各地征收钱粮，形式上沿袭清朝制度，但实际上由于废除了种种苛杂勒索，赋税大大减轻了。
太平天国起义时所创立的“圣库制度”，在建都天京后，继续在军队中实行。天京因为实行军事管理，也实行这个供给制度。这种制度对于保持革命队伍的团结和纯洁性方面有一定的积极作用。
太平天国反对封建宗法制度对妇女的歧视和压迫。在《天朝田亩制度》中就规定分田不论男女（“凡分田照人口，不论男妇”），并废除买卖婚姻（“凡天下婚姻不论财”）。太平天国也禁止娼妓，不准缠足。太平天国还设立了女官，建立了女军，并组织女馆中的妇女从事生产和其他工作 。
手工业方面，太平天国组织了“诸匠营”和“百工衙”（主要在天京），把手工业者按行业组织起来，生产军队和社会需要的军需品和日用品。
商业方面，除天京城内实行圣库制度、禁止私人开设商店外，其他地方商人都可自由贸易，商税很轻。
文化教育方面，太平天国颁印了大批书籍和文件，一般都用比较通俗的文体或诗歌体写成，以便群众传诵，并经常采用“讲道理”的方式向群众宣传。科举考试以太平天国领导人自己拟的试题来选拔人才。太平天国还专门成立删书衙，连几千年来被封建统治阶级看作神圣不可侵犯的儒家经典，也被删改了。
但是，农民阶级不是新生产力的代表者，它不能建立真正符合于历史发展的新社会。在革命发展过程中，太平天国的领导人逐渐暴露出了自己的缺点。一些高级领导人开始滋长了追求权力地位的不良倾向，相互间产生了猜疑和不满。革命领袖洪秀全和另一主要领导人杨秀清之间也产生了严重的隔阂。抱有严重个人野心的韦昌辉利用这种矛盾挑拨离间。1856年9月初，正当太平天国取得巨大的军事胜利，革命发展充满希望的时候，韦昌辉在洪秀全的纵容下，于9月1日晚发动内讧，几天之中，杀害了杨秀清 及其部下两三万人，使革命失去了一个杰出的领导者和大批优秀干部、士兵。韦昌辉甚至还要加害回京劝解的石达开。
不久，洪秀全在天京军民的支持下将韦昌辉处死，召石达开进京辅政。石达开有杰出的政治军事才能，在初期革命斗争中贡献很大，威望很高，得到大家的拥护。但洪秀全又猜忌石达开，多方加以抑制，使石达开在天京难以立足。1857年5月，石达开负气率领着大部分精锐部队离开天京，孤军“远征”，这使太平军在各个主要战场上的兵力大大削弱，给湘军在江西大举反扑造成机会。石达开军先在江西、福建活动，从1859年起转战湖南、广东、广西、湖北、四川、云南、贵州等省，多次击败清军，对各地的起义运动也起了促进作用。但由于远远脱离革命中心，他只能长期进行流寇式的战斗，没有多大作为，最后于1863年6月在大渡河边全军覆没。
太平天国在初期几年中的胜利发展，大大推动了全国的反清运动。各地人民的起义斗争如火如荼，在全国范围内形成了以太平天国为中心的农民革命高潮。
天地会系统的反清斗争在长江流域以南的广大区域到处爆发，很多地方的天地会都为响应或是迎接太平军而举起义旗，其中不少参加了太平军。但是分散活动、不相统属仍是天地会的主要弱点。两广、湖南一带，自太平军北上后，各种名目的天地会山堂不断举行起义。1854年，胡有禄、朱洪英等在广西灌阳县建立“升平天国”。同年，陈开、李文茂等在广东佛山起义，围攻广州城，1855年转入广西，在浔州建立“大成国”，到1861年失败。1853年9月，小刀会刘丽川起义，占领了上海县城及附近各县，到1855年2月才在清军和英法侵略武装的共同镇压下失败。此外，四川、江西、浙江、福建、台湾都有哥老会、小刀会、天地会等各种支派的起义。
白莲教系统的斗争遍及南北，鲁西和直隶南部一带是他们在北方的重要活动中心。在浙江、福建、湖南、贵州等省，有斋教、八卦教等的活动。1855年，贵州苗族雇农张秀眉举行起义，苗民参加者达数万人，并有白莲教的红号、黄号、白号三支起义军响应配合。
活动于皖北、苏北、豫东南、鲁西南一带的捻军，以破产农民、游民和散兵为主要成分。1853年，太平天国北伐军经过这一带，更推动了捻军的斗争。1855年，各路捻军会集于安徽亳州雉河集（今涡阳县城），推张乐行 为大汉明命王。此后，捻军成为黄河长江间最活跃的农民武装力量。
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