郭正域，字美命，江夏人，万历十一年(1583)的进士。选为庶吉士，授职为编修，与修撰唐文献同时担任皇长子的老师。他们二人都经三次调官后升为庶子，没有离开过讲坛。每次讲授完毕，诸位内侍出来相互揖拜，只是他们两人从不跟别人交谈。
他出京担任南京祭酒时，学生们交钱就可以换取贡生资格，郭正域上奏罢除了此事。李成梁的孙子任都督，到魏国公徐弘基家中完婚，骑马经过文庙门，学录李维极抓住并鞭笞了他。李氏的奴仆数十人践蹋府第，徐弘基也去了。郭正域称：“现在天子尚且以常服拜祭先圣，臣子却从庙门外骑马奔驰这应该吗？况且公侯子弟上学学习礼仪，也是国子监的学生呀，学录并非鞭笞了都督。”命令他们相互道歉算了。
万历三十年(1602)他被征召为詹事，又担任东宫的教师。不久升任礼部右侍郎，负责翰林院。三十一年三月，尚书冯琦去世，郭正域回礼部主持事务。夏天，庙祭，遇上日蚀，郭正域说：“《礼》说，正祭祀时出现日蚀，牲畜还没杀，就作罢。初一应该是专门的补救时间，第二天早晨祭祀宗庙。”神宗依从了。刚出雨露陪同祭祀的人大都称病。郭正域称祭祀不虔诚，由于皇上没有亲自祭祀，皇上必须亲自参加。神宗认为该如此，却不能实行。
起初，郭正域进入学馆，沈一贯是教习师。后来他担任编修，没有行弟子之礼，沈一贯不会没有埋怨。此时，沈一贯是首辅，沈鲤是次辅。郭正域与沈鲤友好，却心中看不起沈一贯。遇上台官上奏日蚀的占卜，说：“太阳从上方受蚀，占卜预告是皇帝结识并任用了奸人，将亡国。”沈一贯恼怒地咒骂，郭正域称：“宰相忧患国家的盛衰，却不如乐官史官吗？”沈一贯听说后更恼怒。两淮的税监鲁保请求提供印信，兼管江南、浙江的织造，沈鲤坚持不同意，沈一贯打算授予他，郭正域也极力争辩。秦王因为嫡子很久没有诞生，请求分封他的庶长子做世子，多次下诏催促商议。前任尚书冯琦坚决不上奏，郭正域也坚持不同意。秦王又请求分封其他的儿子做郡王，又不同意，沈一贯派大宦官拿皇帝的命令威胁他们。郭正域在门前张榜称：“秦王由中尉受封，庶子应当仍做中尉，不能做郡王。王妃的年纪不到五十岁，庶子也不能做世子。”沈一贯没法为难他。等到他建议剥夺黄光升、许论、吕本的谥号时，沈一贯与朱赓都是吕本的同乡，称：“我们在位，谁敢剥夺？”郭正域执笔批驳：“黄光升应当授谥号，海瑞就该杀。许论应当授谥号，沈谏就该杀了。吕本应当授谥号，鄢懋柳、赵文华都是有名的大臣，不应当削夺官籍。”意见呈送上，满朝称是，却最终没有施行。
郭正域与沈一贯积怨后，沈一贯很憎恨他。遇上楚王华奎与宗族的华翧等人相互攻击，郭正域又与沈一贯产生意见分歧，因此几乎形成致命之祸。此前，楚恭王得绝症，隆庆五年(1571)去世，留下宫人胡氏的遗腹孪生儿子华奎、华壁。有人称宫中小臣郭纶将王妃的哥哥王如言的小老婆尤金梅的儿子冒充华奎，王妃的族人王如悖的家奴王玉的儿子冒充华壁。仪宾汪若泉曾经上奏揭发，事情交给抚按办理。王妃坚决否认，事情才平息。八年华奎继承王位，华壁也被封为宣化王。宗族人华翧一向强烈地反对，攻击楚王。华翧的妻子是王如言的女儿。当年派人攻击华奎是异姓人的儿子，不应当立为王。沈一贯嘱咐通政使沈子木，阻止把奏章呈交皇帝。一个月后楚王弹劾华翧的奏章送到了，才呈送此奏章。皇帝下令礼部评议。不久，华翧进京上诉。皇帝下令交给礼部处理。郭正域请求指令抚按大臣公平地核查，皇帝听从了。
起初，沈一贯嘱咐郭正域不要讲出通政司隐瞒奏章的事情，等到华翧的奏章呈上，郭正域主持调查。沈一贯称亲王不应当受调查，但应当体面查访，郭正域说：“事情关系到宗室，台谏应当也谈谈此事。”沈一贯微笑地说：“台谏绝对不会说。”等到皇帝听从了调查的主张，楚王惊慌，拿出百两黄金替郭正域祝寿，并嘱托不要清查楚王的事，将拿出一万两白银酬谢，郭正域严辞拒绝了。不久湖广巡抚赵可怀、巡按应朝卿核实上报，称详细审查却没有得到佐证，而且王氏态度很坚定，各位郡主、县主都说“不知道真伪”，请求特派官员再做查询。诏令公卿在西阙门发表意见，天晚了才散去。参加议论的有三十七人，各执一辞，每人的意见都不同。李廷机以左侍郎身份代替郭正域负责礼部事务，郭正域想详尽记录各人的评议，李廷机认为言辞太繁杂，先摘取要点上奏皇帝。沈一贯就唆使给事中杨应文、御史康丕扬弹劾礼部阻塞群臣的评议，不汇报实情。郭正域上奏辩解，并揭发沈子木隐瞒奏章、沈一贯阻挠勘查以及楚王馈赠钱财的情况。沈一贯更加恼恨，称郭正域派家仆指导华翧上奏，提议皇帝下令楚王避位听候审查，私下庇护华翧。
当时，郭正域偏袒楚王的宗人，大学士沈鲤重视郭正域，尚书赵世卿、谢杰，祭酒黄汝良却赞助楚王。给事中钱梦皋就迎合沈一贯抨击郭正域，话语牵连到次辅沈鲤。杨应文又称郭正域的父亲郭懋曾经受到楚恭王的鞭笞，所以郭正域趁机陷害楚王。郭正域上奏辩解，留在宫中没有答复。沈一贯
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