。将寺观和王公府第纵火焚烧。颐和园的珍宝古玩，装入箱内，用骆驼队运往天津租界，运送了几个月。有个名叫樊国梁的法国传教士，闯入户部尚书立山家，一次就抢走了1万两白银的财物。日军从户部抢去了300万两库存银子，并放火烧掉衙署。联军烧杀抢掠之后，做出进兵山西的姿态。
慈禧令李鸿章去北京议和，她便领朝官逃往西安。
那班洋人，各自争夺中国领土，俄国除了派兵攻打京津，又派了18万大军攻陷东北。英国怕俄独占中国，便联合德国派兵占领山海关，阻止俄军南下，又集中英国扬子江舰队，开到大沽，准备对俄一战。日本反对俄国独占东北。德军占了山东。那美国没有势力范围，便嚷着门户开放利益均分的腔调。
慈禧在西安仍放心不下，担心联军进攻西安，传谕发电李鸿章与奕貔：和谈可成不可败，议和条件即照八国所提应允。她要量“中华之物力，结与国之欢心”。
北京城内各帝国主义者代表，想瓜分中国，碍于各自争权夺利，很难取得妥协，不如维持清廷以维护各国既得权益，又提出议和条款：赔款4．5亿两，39年付清，加上每年摊还的利益，共计近10亿两，以关税、盐税作保；削平大沽及京、沽间一切炮台，天津城外10公里之内，中国军队不得进入和驻扎，北京和山海关之间12处要地，各国派兵驻扎；北京设立特殊的使馆区，占地120亩，华人不准居住在内，各国使馆可以自设军队；禁止中国人从事任何排外活动，惩办赞助义和团的官吏，惩治和禁止各地反帝社团，停止山西、直隶、东北、河南、湖南、陕西、浙江共45城的文武官科考5年；禁止中国从外国购买军火两年；废除总理各国事务衙门，改设外务部。
议和条款电奏西安行宫，慈禧一看，狠是狠了点，没有追究自己，便道：“传我的谕，让李鸿章、奕祃跟他们签了吧。”
条约签了，可以回京了。慈禧启銮回京。忽有电报传来，说李鸿章在京病死。慈禧叹口气说：“这些年来，没有顺心的时候。”遂传谕要袁世凯接替李鸿章署理直隶总督兼北洋大臣之职。
袁世凯带骑兵千人前来接驾。一行回銮队伍非常壮大，行箱笼就有3000来乘，这东西都是慈禧流亡西安行宫时，各地送给她的京饷，尤其是袁世凯，送的东西吃穿用样样周到。
慈禧回朝之后，准备正式任命袁世凯为直肃总督兼北洋大臣。但满族亲贵多半反对，向慈禧奏道：“袁世凯不能重用，当初吾朝向列强宣战时，袁与东南重臣划境自保，既未尽力谏阻排外，战祸既开。当以执干戈卫社稷为要务，举国对付洋人，才是办法，而他们袖手旁观，袁所部号称是北洋劲旅，与天津战场近在咫尺，却不出一兵一卒援津，甚至帮助洋人杀义和团，这不是居心叵测吗？”
慈禧劝说道：“满汉界限，不可分得如此清楚，吾朝力求中兴，非大大利用汉人不可，你们说袁世凯不能用，却又用谁呢？你们谁比他有办法？哪一个人能被朝廷依恃？至于你们所虑也是，我心里注意他就是了。”
于是慈禧谕旨：袁世凯为直隶总督兼北洋大臣、太子少保衔。慈禧和光绪以及两宫回銮北京，见宫内被联军破坏很重，袁世凯赶急筹款来置办宫内陈设用品。袁看向下摊派来不及，只好自己掏腰包，远远不够，就邀集直隶各属官前来商议，说要暂借他们的私款，来办皇上与太后的事项，以后再还。那些人便哭起穷来，袁办事极有分寸，就说算了。但他又派人悄悄地与天津的几大票号接洽，说是有一些公款要存在他们票号里，问他们利钱能给多少？回答说最高8厘。差人叫道：
“别的票号比这高，你的利钱要长一长才好。”
票号里的人便将帐簿拿了出来，翻开帐簿，用手指着某某官署，某个人的存款数字以及利息多少。那差人一一记清帐簿上的100余万两存款和存款人名字，回禀袁世凯。这袁世凯便把那些官儿找来，把票号里的事说了，并变色道：
“这些票号的掌柜实在太可恶，竟敢冒用诸公的名义来招摇撞骗，我惩戒了他们，已经把冒名的存款暂时收借。”
袁世凯用这笔款子，置办宫内陈设，那些官儿暗下叫苦不迭。
慈禧见袁世凯办事有方，便发下上谕，成立练兵处，总摄朝廷练兵事务，着袁世凯为会办大臣，在保定编练北洋常备军。
袁世凯有小站练兵的经验，又有一大批具备近代军事素质、忠于他的军官班底。他于1902年1月以“顺直善后赈捐款”项下，提出100万两银子，作为募练新军费用，定出《募练新军章程》，规定所募兵丁，须有确定籍贯并代扣赡家饷银等等，以保证军队稳定。派王士珍、王英楷赴正定、大名、冀州各地，会同地方官，选募壮丁6000人，分领训练，兵必合格，人必土著，按名注册，由地方官备案，以便稽考。6000壮丁共编10营，称为“新练军”。又制定《北洋常备军营制饷章》，规定常备兵支给全饷，每月饷银4两2钱。
袁世凯以新练军10营为基础，创练“北洋常备军”，简称北洋军。在保定成立北洋军政司，作为直隶全省军务总汇之所，袁世凯自兼督办，下辖兵备、参谋、教练3处，以刘永庆、段祺瑞、冯国璋分别担任总办。
慈禧对袁世凯十分满意，又叫他任京旗练兵大臣，从驻北京的旗兵中挑选3000人，分批到保定训练，称为“京旗常备军”。袁世凯怕娇生惯养的旗兵不听摆布，管制太严惹出麻烦，便奏请青年贵胄铁良为京旗练兵翼长。
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