黎元洪及其党羽在屠杀湖北革命党人的同时，大肆挑拨同盟会与共和党，以及“首义三武”之间的关系。7月18日，黎元洪亲信孙发绪对孙武说：“居正、蒋翊武等人认为祝、江、滕3人被杀，是你主使，故对你欲兴问罪之师。”
孙武立即上书黎元洪，建议“速将所杀乱党罪状宣布，通告国中，以免同盟会先声诬我湖北，并诬我副总统也。”同盟会鄂支部得悉此信非常愤怒，立即致函诘问孙武：“足下致副总统书，任意诬蔑，谓系本会所主持，不知足下果何所据而云然？夫士君子立身行己，须堂堂正正，庶俯仰无惭，奚必鬼鬼祟祟，为倾陷异己之举哉！”
同盟会支部领导人虽然对会员祝、江、滕3人被杀深怀怨愤，但又不敢公开为3人申冤，只是竭力否认与3人之间的瓜葛，并指责孙武为事件的挑唆者。他们指责孙武出钱唆使祝、江、滕3人组织机关，然后又反过来唆使心腹向黎元洪告发，借以张大其事，波及无辜，为一网打尽之计，致使3人被杀。
同盟会既不敢为被害战友辩诬，使黎元洪更加猖獗，他屠杀了数十名革命党人之后，又藉口《大江报》刊登社会党首领江亢虎的的一篇鼓吹无政府主义的文章，是“妖言惑众”疗工作，后转向哲学研究。把存在作为哲学思考的出发点，认，“破坏共和”，于8月8日将该报查封，该报编辑何海鸣、凌大同逃往上海。黎元洪又发出通电，指控《大江报》“实属大逆不道，悖谬已极”，宣布将何海鸣、凌大同一体严缉，就地正法，以惩悖逆。
《大江报》在武昌首义前就是革命报纸，因宣传革命，曾受清廷当局查封，主笔副主笔詹大悲、何海鸣被捕入狱。1912年春，《大江报》复刊，发扬其一贯战斗作风，畅所欲言，毫不忌讳，对拥袁的共和党时加抨击，持论甚激昂。对共和党党魁黎元洪攻击尤为厉害，引起黎的忌恨。黎不顾一切地撕下“尊重舆论自由”的假面具，以“军法”惩治报界。
《大江报》被查封后，黎元洪遭到全国舆论抨击，上海《民权报》、《民立报》等7家报纸一致谴责黎“违背国宪，蔑视人权”，“以专制时代所不敢为者而黎公竟然为之”。同盟会南京支部亦愤怒表示：“共和国中，民命民权断不可任一二当道者随意蹂躏。”但黎元洪根本下听舆论忠告，倒行逆施，凌大同于9月自沪返鄂，化名凌乔，参与南湖马队暴动，被黎元洪抓捕枪毙。
《大江报》被查封后，同盟会在鄂喉舌《民心报》发表蔡寄鸥的《哀大江报》一文，抨击黎元洪：“夫黎元洪不过一庸常人耳，英雄不出，遂令竖子成名。吾虽爱黎按自己的需要任意选择，只要它能满足实用的价值标准就是，亦不能为之讳。”黎阅报恼羞成怒，拍案大呼：“何物狂生，敢呼余为竖子耶！《大江报》鼓吹无政府主义，而若辈公然庇护之，是非重办不可！”
黎元洪下令将蔡寄鸥拿至都督府，经蒋翊武等说情力保，方释出，但《民心报》被他查封。
对黎元洪执掌湖北政权威胁最大的“首义三武”之首的孙武，已在群英会事件后倒台，还剩下“二式”，其中以张振武是黎元洪的心腹之患，他决定除掉他。
张振武（1870—1912）原名尧鑫，字春山，湖北竹山人。肄业于湖北省师范学校，任小学教员，后加入共进会吠檀多经（Vedāntasūtra）即“梵经”。，为负责人之一。武昌起义时，他在群龙无首的情况下，与蔡济民共同挑起了指挥全局的重任。起义胜利后，出任军各部副部长，对于革命初期的政权建设、稳定革命秩序以及阳夏战争，都作出了突出的贡献。他思想激进，在武昌起义时，对旧势力的妥协思想较少，曾鲜明地反对黎元洪为都督，说：“我不相信他能够革命。”黎做都督后，他曾说过：“将黎元洪斩首示众。”汉阳失守后，黎元洪、孙武、孙发绪均支持放弃武昌的主张，张振武则激烈反对，怒斥：“敢言弃武昌者斩。”民国成立后，他发现革命果实有丧失的危险，见在黎元洪把持下的湖北政局日益恶化，便道：“鄂政不良，我等当再度革命。”他又在武昌国民公校开学典礼发表演说：“革命非数次不成，流血非万万人不止。”
军政府成立时，军务部长孙武住院，军务部由张振武掌握，他在湖北军队中有较大影响，得鄂军士心。他直接掌握的军队将校团，约有3000余人，以心腹之人方维为团长。黎元洪在群英会事件后，下令将校团解散，但未能成功。黎又千方百计使将校团摆脱张振武控制，派去一心腹任副团长，遭到该团拒绝。黎又下令将该团编入其亲信王安澜统率的第6镇，又遭该团强烈反对，不得不收回成命。黎又设计，企图将该团改为军官学校，此又没成功。
黎元洪下令遣散张振武直接掌握的另一支军队，这支部队是由原兵站总监所辖的6个大队，共1000余人。张振武则将这支队伍改编为军务司护卫队。黎元洪指责张“拥兵自卫”。
议和期间，张振武以军务部副部长身份去上海购置枪械，准备北伐。有人电告黎元洪，说张耗费公款，械不合用。黎元洪派人去清查他的帐目要著作有《数学原理》（与其学生罗素合著）、《科学与近代世，并电沪都督陈其美监视他
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