清帝国在十九世纪第三个二十五年所发生的回民大叛乱特别难于研究，因为有关回民方面的可靠的文献资料太少。这几次回民叛乱不论就种族-宗教觉悟程度，或者就所处环境及地理位置来说，都各不相同。在中国本部，云南的回民叛乱（1856—1873年，又称为班赛[Panthay]叛乱）和陕甘的回民叛乱（1862—1873年，又称为东干之乱）都有其种族世仇的背景。它们起因于回民这个少数民族不论在与外界隔离的农村或聚族而居的城镇，都过着与众不同的生活，保持着他们的宗教习惯和特殊习俗。但新疆回乱的特点主要是外国的入侵，即清代前的六城地区伊斯兰教统治者的后裔玛赫杜姆和卓从浩罕打回了新疆；因为在六城地区喀什噶尔附近，此人的祖先坟茔仍然是回民信仰的圣地。新疆暴乱也引起了俄国侵占伊犁地区，以及英俄两国激烈争夺清属突厥斯坦至少达数年之久。
虽然中国本部的回民从来没有明确的、文化上得到支持的基础，以便向北京皇帝的权威矢志效忠，但他们已在中国生活了许多个世纪。他们的典籍里虽然保持着对真主的特殊尊崇，但也赞助儒家的三纲（即君为臣纲，父为子纲，夫为妻纲）。［1］ 在传统上，回民也受到历代清朝皇帝的相当优遇，回民能参加科举考试；许多人也能在文武两途出仕，尽管其职位通常并不很高。但从1762年起，清帝颁发了歧视他们的严厉的法律。例如，陕西和甘肃的回民犯了盗窃和抢劫罪必须充军到云南和贵州，有时还处以终生戴枷，这比其他中国人在犯同类案件时轻科的笞刑要重得多。［2］ 这种反回民的法律要比清代最早的重大回民叛乱早约二十年；当然，这些回民叛乱又加剧了清朝官员对以清真寺为中心的社会的疑惧。汉民由于十九世纪初年的生活日益困难，就更加把回民看成是土地占有和贸易方面的对手。汉民和回民打官司的时候，裁决很少对回民持平正态度。汉族官员本人有偏见，满族官员又通常左袒汉民。
云南
云南的回民叛乱爆发于1856年，是十九世纪四十年代燃起的血腥的村社世仇的扩大。但是，这一叛乱决不能单纯看做是回民之乱，而应看成是中国这一最西南省份社会秩序的总崩溃。它发端于汉民与回民为争夺云南中部一个银矿的控制权所进行的长期斗争。汉民多数民族与回民少数民族的械斗开始蔓延开来。1856年，在患偏执狂的满人按察使的怂恿下，至少有二三千回民在省府昆明被屠杀。在云南的许多县里，汉人绅士现在办起了团练来“屠灭”回民，回民也自己组织起来，攻占州县，杀害官吏。在这次大动乱中，有汉文修养的回民杜文秀（1828—1873年）于1856年在云南西部的大理建立了平南国，设立了包括回、汉民族出身的人在内的文武官制，并自任为大元帅和苏丹。另一支旗鼓相当的回民队伍由马如龙（1832—1891年）率领，此人的几个先祖都当过绿营兵的军官，他本人是武生员；他占领了云南中、南部的大部地方，但在1862年投降了清廷，并帮助清军来打杜文秀。［3］
马如龙的投降是得到了备受尊敬的宗教领袖马德新（1794—1874年）的同意的；后者曾朝拜过麦加和君士坦丁堡，而且他一生用中文写了三十多种关于伊斯兰教的书。在教义方面，马德新自己信奉伊本阿拉比的《甫苏思》（智慧的珠宝）经——十三世纪苏菲教派的经典。这部经典概述了以穆罕默德为顶峰的先知们的教训，并且着重阐述了寻求真宰“全体大用”这一神秘的理论。但马德新还论证说，伊斯兰教对于主宰的敬奉完全可以与理学的理和器的概念相并行而不悖。［4］ 马德新曾在1863年暂署驻昆明的总督，使许多回民归顺了清朝的统治；但是，他本人在云南叛乱结束时因清朝官员的唆使而被杀害。
杜文秀的“班赛王国”在一定程度上曾引起法国人和英国人的兴趣，因为在十九世纪六十年代中叶法国人在交趾支那和英国人在下缅甸分别站稳了脚跟。1867年法国海军军官特拉格来率领一个法国使团拜访了变节者马如龙（他那时在昆明当总兵），他发现已有一位法国牧师在帮助清军制造马如龙所拥有的现代武器的弹药。特拉格来的助手贾尼埃在1868年2月到达叛军首府大理，但他想会见苏丹杜文秀的要求遭到了粗暴的拒绝。与此同时，英属印度派遣了由斯来顿上尉率领的一个代表团来到伊洛瓦底江上游的八莫，准备从陆路旅行到云南西部。班赛王国的一位高级官员在边境城镇非常有礼貌地接待了斯来顿，并且谈到了和缅甸的通商问题。但是，斯来顿希望访问大理的要求却被拒绝了。［5］
关于杜文秀的行政管理，现存的材料表明他搞的是一套中国式的官僚政治，他曾声称：云南的三大宗教，即伊斯兰教、儒教和云南各部落的原始崇拜，都一视同仁地受到崇敬。杜文秀的武力曾一度统治了云南近半数领土。他委任汉人充任大部分文职，至少有三分之一的武官也是汉人。可是到了1871年，他的部队受制于新上任的干练巡抚岑毓英，因为岑毓英拥有现代武器，甚至还有法国教官。那一年，杜文秀派了一个异想天开的使团去英国。1872年4月，他
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