郑成功去世后，由他的长子郑经继位。郑经也可是郑氏家族自郑芝龙起第三代强人。新兴的清王朝念念不忘威胁自己王朝的南明势力，一日不除，如鲠在喉，既杀不死你，也要困死你，于是对台采取了迁界之策，将大陆沿海各省海边居民尽迁入内地，离海30里村居民宅全部烧毁，制造"无人区"，以此堵绝台湾与大陆的联系。因为清庭的封锁，台湾非常缺粮，郑经毅然决定在岛内大量开垦荒地以自力更生。他从大陆沿海招纳了大量流亡人口，使具有中国传统文化的中国人越来越多，最后远远超过了土著居民，奠定了台湾居民都是中国人这一基础。郑经除开垦荒地外，突破清庭封锁的另一个方法就是以商业立国，对外实行开放政策。当1670年6月23日英国商船驶至安平港外，郑经立即发炮庆祝，优待英国人，并与英商签订了通商协议。此后，每年有五艘英船戴着步枪、火药、精细器皿来台与台湾的香料、蔗糖等物质交换。在此政策下，使清廷的封锁政策对台湾没有什么效果，反而逐渐富裕起来了。郑经屡屡雄心勃勃，欲扬先父的雄姿收复中原，然而他心有余而力不足，其才能无法与郑成功相比，更不如郑芝龙，故而虽作出两次渡海出师西征福建之势，但败得很狼狈，手下20万大军投降者无数，他见大势已去，遂放弃在大陆的一切城池不得不乘船回台，因两次西征台湾之民力亦因支撑战争而消耗殆尽，壮志示酬而意志消沉，于1681年春病死，时年才39岁。
虽然台湾的郑氏政权延及澎湖、金门、厦门拥兵自重仍打的是南明的旗号，但雄才大略的清王朝康熙皇帝拒不承认对台的战争是国与国的战争，只是中央政府与地方政权内部的争斗。为了实现中华一统，他对台的方略是剿抚并用，甚至许诺只要台湾归顺清王朝，郑氏可以在台世袭为王。当1681年2月，康熙皇帝得到郑经暴死后诸子争位而郑经当年两次西征使台湾民力因支撑战争而消耗殆尽的情报，立即果断地启用精通海战原郑氏降将时任内大臣的施琅出任福建水师提督，全权负责攻台事宜。
1683年农历6月14日即公元7月8日，施琅亲率战舰230艘，二万余人自福建铜山出发，15日上午前锋船只抵澎湖。此时郑军由大将刘国轩亲率所有精锐坚守澎湖，除把水陆官兵2万余名，大小船舰200余艘集中澎湖外，还在要冲地点加筑炮城14座，沿海筑造女墙壕沟20余里，安设铳炮严防待敌。清军16日发起进攻，先后焚毁、击沉和俘获郑军大船89艘，其它小船107艘，杀死郑军将领头目300余人，士兵一万二千余名，其余的郑军纷纷投降。施琅在歼灭郑军后，立即安抚当地居民群众，对郑军将领以礼相待；士卒则给他们银米；有负伤的人也代为医治；有欲见妻子儿女的则派小船将他们送到台湾。投降的士兵把这一切在岛内辗转传述，岛内人心更加涣散，毫无斗志。施琅又派人以中华一统的大义游说刘国轩。刘国轩本是血性男儿，深明大义，战败回台后极力主张台湾与大陆结成一体，并派兵监视郑氏子孙以防率师南下吕宋即现在的菲律宾别有它图。1683年10月施琅率军登上台湾岛，迫于形势，郑经的儿子郑克慡只好上表求降。自此结束了郑氏在台湾的22年统治。
当台湾统一的捷报传到北京，满清王朝在欢庆之余，大事论功行赏。对满清王朝而言，统一台湾，只是消除了多年的边患，完成了大一统的心愿，而对于台湾的治理，却不十分重视。当时，对于台湾之处置有两种意见，一种认为台湾乃海外孤岛远离中土，并有台湾海峡相隔，按当时的交通工具，来往大陆实不方便，故台湾可不视为中土之地，无需耗费钱财在此，不如放弃台湾，迁走在台百姓使其地荒芜，这样，即使是海盗也无栖身之地。显然这是腐儒们的根本与枝叶之说，他们根本不懂得丢掉台湾无异于将自己的家门敞开，侵略者可以不远十万里、百万里，难道还怕台湾与大陆之间一个小小海峡的路程吗？他们更不懂得将郑氏家族苦心经营多年的台湾岛放弃掉，他们即使不怕洋人再来，难道就不怕再有第二个郑成功吗？为台湾的统一立下了汗马功劳的施琅，深知台湾的战略地位及其在国际关系中的重要性，他怒斥那些腐儒们的根本与枝叶之说，会害了整个中国。为此，他特向康熙皇帝上了一封《陈台弃留利害疏》，详述了台湾与东南海防的重要关系。他指出台湾与东南沿海诸省的地方相连，山川峻峭，港道迂回，是江、浙、闽、粤四省之左护。故没有台湾，沿海就不得安宁，它关系着四省之安危。施琅把台湾在我国海防上的重要提高到如此高的地位，在历史上这还是第一次，不愧是很有远见卓识的人物。他总结道："台湾虽属外岛实属四省之要害，勿论彼中耕种，犹能少资兵食，固当议留；即为不毛荒境，必借内地挽转运输，亦断断乎不可弃！"再三强调在任何情况下都不应放弃台湾，更何况台湾不但是肥沃之地，在经济上有无限的发展前途，可称之中华的宝岛。
精明的康熙皇帝接受了施琅的建议，最后决定将台湾收入中国版图称为台湾府，下设三县，由福建省巡抚管理。从此，台湾重新回到祖国统一大家庭的怀抱。
究历史而言，明末郑氏家族
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