临朝摄政。事情不符合他的愿望，因此很是怨愤，给兄弟桓冲写信说：“遗诏只不过让我依武侯、王公辅佐幼主的旧例罢了。王、谢二家身居要位，每天让人愤愤难平。”
到孝武帝继位时，下诏说：“先帝敕命说，‘侍大将军如侍吾’，在下命令答表时，用语要恭敬。”又诏令说：“大司马是社稷的希望所在，先帝把家事、国事托付给他，以后内外大事就由桓公决断。”又派谢安征召桓温入朝辅国，加赐前部羽葆鼓吹，带剑武士六十人，桓温执意不受。等到桓温入朝拜祭先帝陵时，又下诏说：“桓公功高望重，教诲保护朕身，因身染风寒疾病，在陵墓不必行敬拜之礼。”又命令尚书谢安等人在新亭迎接，朝中百官在大道两侧拜迎。当时已享有声望的人都恐惧失色，有人说桓温要乘此机会杀王、谢二家，因此朝廷内外恐惧。桓温到后，带着卢悚入宫，把尚书陆始逮捕后交给廷尉，责罚他怠慢的罪过。于是，去拜祭高平陵，左右亲信发觉他神色异常，上车之后，他对随从说：“先帝刚才显灵了。”却不说先帝说过什么，所以众人无人知道究竟，只见到他将要拜揖时连说“臣不敢”而已。又向左右问起殷涓的形状，回答的人说身体肥短，桓温说：“刚才也看见他在先帝身边。”起初，殷浩被桓温废除而死，殷涓很有骨气节操，再不拜访攀附桓温，却同武陵王司马..交游，因此引起了桓温疑心而被杀，但桓温始终不认识其人。至此，也见殷涓变成鬼祟，一惊而病。总共在京停留十四天，然后回到姑孰，随之卧病不起。暗示朝廷给自己加九锡，并多次催促。谢安、王坦之听说他病加重了，便秘密拖延这事。九锡诏书还未写成，人已死去，终年六十二岁。皇太后和皇帝亲临朝堂三天，下诏赐九命兖冕之服，又赐一套朝服，衣一袭，还有：东园秘器，钱二百万，布二千匹，蜡五百斤，以供丧事之用。等到下葬时，又以太宰安平献王司马孚、汉大将军霍光当年的旧制，赐九旒鸾辂，黄屋左毒县，鍂车京车，挽歌二部，羽葆鼓吹，带剑武士百人，又在前郡公封邑的基础上增封七千五百户，土地方圆三百里，赐钱五千万，绢两万匹，布十万匹，并追赠丞相。
起初，桓冲询问桓温拿谢安、王坦之怎么办，桓温说：“你们处理不了他们。”桓温知道自己在时他们不敢乱来，杀害他们又于桓冲等人无益，同时更失民望，所以停止了谋害谢、王的事。
桓温有六个儿子：桓熙、桓济、桓歆、桓..、桓伟、桓玄。桓熙字伯道，初为世子，后来因为才能低下，便让叔父桓冲领导众人。等到桓温病重，桓熙与叔父桓礻必阴谋杀死桓冲，桓冲知道后，将他们迁徙到长沙。桓济字仲道，与桓熙是同党，一起迁往长沙。桓歆字叔道，赐爵临贺公。桓..最愚蠢，分不清小麦、大豆。桓伟字幼道，平厚笃实，居守藩镇时深受人民爱戴怀念。多次持节出使，督秦、益、荆、宁、梁五州诸军事，安西将军，领南蛮校尉、荆州刺史、西昌侯，赠骠骑将军、开府仪同三司。桓玄继承了桓温的爵位，另外有传。
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